RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G242330
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 63243093-63246298 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1313 bp · TkA08G242330|TK1151|cDNA

ACGTTGGTAATGATTTCAAAACGGGTGTGGCTATTTGCCTGTTTAACTTGCGGATATACCCTTTCGCATTGTTTATGCGACGTCAGGTTTATATCTATCTGGTAGCTCAGTTTTGGAAAAGGTTATCCATCGTAGCTCTATCGGCTCACGGAGGCATCATCGTCATCTCTCCCTCCGGTGGCCGTTTCCATGGCGTCTCAATTTATCCGTGAATGGAGTGGGATTCAGCAATTCCCTCCTGCTACCCAAGACAAGTTGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

906 bp · TkA08G242330|TK1151|CDS

ATGGCGTCTCAATTTATCCGTGAATGGAGTGGGATTCAGCAATTCCCTCCTGCTACCCAAGACAAGTTGCTACAATTGTTGGGAAAACTAAAGGAGAAGAAAAAAGATAGGTTAACGATCCTTGTAATGGGGAAAGGTGGAGTTGGAAAGTCTTCAACTGTGAACTCTATCTTTGGTGAAAGAGCAGTTACCGTCAGTGCCTTTCAGTCAGAAGCATTAAGACCTACAATGGTTTCGCGAGAGAGGTCAGGGTTCACATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

301 aa · TkA08G242330|TK1151|PROTEIN

MASQFIREWSGIQQFPPATQDKLLQLLGKLKEKKKDRLTILVMGKGGVGKSSTVNSIFGERAVTVSAFQSEALRPTMVSRERSGFTLNIIDTPGIVEGGYVNDQALEIIKRFLLNKTIDVLLYVDRLDAYRVDTLDGQIVKAITNTFGQEIWRRAIVVLTHSQLSPPDCLTYDDFLAKRSEALLKVVYNGARFTKQDIQSYSIPVGLVENSSRCNKNEKDEKILPNGTAWIPSIVETITEVSLTESKSILVDQKLIDGPN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G242330
TK1151 IDTkA08G242330
OH-1004 IDLXL04_033223
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 93.189
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G242330
位置Chr08:63243093-63246298 (+)
描述Similar to TOC34: Translocase of chloroplast 34, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g05000 GTPase 参与蛋白质前体导入叶绿体。
Two Toc34 homologues with different properties.2003 · DOI: 10.1021/bi034001q
The Arabidopsis ppi1 mutant is specifically defective in the expression, chloroplast import, and accumulation of photosynthetic proteins.2003 · DOI: 10.1105/tpc.012955
An outer envelope membrane component of the plastid protein import apparatus plays an essential role in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02024.x
Deletion of core components of the plastid protein import machinery causes differential arrest of embryo development in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1055/s-2005-873044
At1g02280 GTPase 参与蛋白质前体导入叶绿体。
Chloroplast protein translocon components atToc159 and atToc33 are not essential for chloroplast biogenesis in guard cells and root cells.2001 · DOI: 10.1104/pp.127.1.90
Two Toc34 homologues with different properties.2003 · DOI: 10.1021/bi034001q
Unusual nucleotide-binding properties of the chloroplast protein import receptor, atToc33.2003 · DOI: 10.1016/s0014-5793(03)00478-2
Dimerization of Toc-GTPases at the chloroplast protein import machinery.2003 · DOI: 10.1074/jbc.m305946200
The Arabidopsis ppi1 mutant is specifically defective in the expression, chloroplast import, and accumulation of photosynthetic proteins.2003 · DOI: 10.1105/tpc.012955
The roles of toc34 and toc75 in targeting the toc159 preprotein receptor to chloroplasts.2003 · DOI: 10.1074/jbc.m307873200
An outer envelope membrane component of the plastid protein import apparatus plays an essential role in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02024.x
In vivo assessment of the significance of phosphorylation of the Arabidopsis chloroplast protein import receptor, atToc33.2006 · DOI: 10.1016/j.febslet.2005.12.055
Phospho-mimicry mutant of atToc33 affects early development of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.febslet.2007.11.071
At3g16620 GTPase 参与蛋白质前体导入叶绿体。
Functional specialization amongst the Arabidopsis Toc159 family of chloroplast protein import receptors.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.023309

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033223 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0019750 chloroplast localization 生物过程
GO:0045036 protein targeting to chloroplast 生物过程
GO:0045037 protein import into chloroplast stroma 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0009707 chloroplast outer membrane 细胞组分
GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分
GO:0003924 GTPase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02280
ath:AT5G05000
cre:CHLRE_06g252200v5
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.250
排名 1 · TkA08G242330 · TK1151
细胞膜0.233
排名 2 · TkA08G242330 · TK1151
内质网0.167
排名 3 · TkA08G242330 · TK1151
线粒体0.152
排名 4 · TkA08G242330 · TK1151
细胞核0.150
排名 5 · TkA08G242330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00158Sigma54_activat12-29 aa
PF10609ParA15-32 aa
PF00158Sigma54_activat20-64 aa
PF13191AAA_1621-60 aa
PF00931NB-ARC21-70 aa
PF03193RsgA_GTPase25-97 aa
PF20703nSTAND125-56 aa
PF07693KAP_NTPase30-161 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G242330PF00158Sigma54_activat12290.07513.4
TkA08G242330PF10609ParA15322.48.2
TkA08G242330PF00158Sigma54_activat20640.07513.4
TkA08G242330PF13191AAA_1621600.004418.3
TkA08G242330PF00931NB-ARC21700.006516.8
TkA08G242330PF03193RsgA_GTPase25971.6e-0835.3
TkA08G242330PF20703nSTAND125560.2511.7
TkA08G242330PF07693KAP_NTPase301610.1412.1
TkA08G242330PF00735Septin371210.0001422.0
TkA08G242330PF04548AIG1381881.1e-33117.1
TkA08G242330PF02421FeoB_N391240.0001322.2
TkA08G242330PF01926MMR_HSR1401431.2e-1145.5
TkA08G242330PF00350Dynamin_N40640.00318.3
TkA08G242330PF04670Gtr1_RagA401240.02714.6
TkA08G242330PF00004AAA401290.1113.6
TkA08G242330PF10609ParA40542.48.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q38906拟南芥sp|Q38906|TOC34_ARATH Translocase of chloroplast 34, chloroplastic68.200%Swiss-Prot高置信
O23680拟南芥sp|O23680|TOC33_ARATH Translocase of chloroplast 33, chloroplastic59.200%Swiss-Prot高置信
Q9LUS2拟南芥sp|Q9LUS2|TC120_ARATH Translocase of chloroplast 120, chloroplastic34.600%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看