TkA08G211300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G211300

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 55259069-55263546 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1618 bp · TkA08G211300|TK1151|cDNA

GAAAAATATTTAGCTCCAAAAACCTATTTAATCTTGCATAAAAACCAGAGTTTTGGACTGTTCCTGATTTGGCTGCCGACTGGCTAGAAATCTTCTCCACAACAAAATCCAAAAAGAAGTCATAGTCCATTCACGGTCATTCCCAAGTTATTATTGTCAATTCCCAATTCAAATTTTACGAAATCGTCATGATTCGCTCTCTTTGATCCCCCAATTCCGTAAAATTGGAGGGAACAACGAACCAGAGGCATAAATGGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1233 bp · TkA08G211300|TK1151|CDS

ATGGAGAGCATAATACCCACATGGCAAGTGTCGTTTTTGTGTGGGGTTTTGACTTGGGTCGTTCTATCTTCGATGTTTAACGTGACCCAGAAGATTAGATCTTCGGTACAGCCATGGGTGTCTCGTCGTGTAATCTCCGGTACTTCAACTATTCTTCAGATCCAGAAATACCAGCATGGTTTTTGGGATGCTTTGTTCTCTGGGATATCTTGTGTTGTTTCTGTGCCCTTTTATACTGGCTTTCTTCCCTTGCTATTTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

410 aa · TkA08G211300|TK1151|PROTEIN

MESIIPTWQVSFLCGVLTWVVLSSMFNVTQKIRSSVQPWVSRRVISGTSTILQIQKYQHGFWDALFSGISCVVSVPFYTGFLPLLFWSGHGKLARQMTLLMAFCDYSGNCIKDMVSAPRPKSPPVRILTATKDEKENALEYGFPSSHTLNTICLSGYLLHYVFSCNENINAYYQVATFMFVCLFVALIGFGRIYLGMHSVIDIIGGVILGLTILAFWLRVHEYIDNFVTLGQNVTSFWIALSFLLLFAYPTPEHPTPSFE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G211300`
TK1151 ID	TkA08G211300
OH-1004 ID	LXL04_032886
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G211300

位置 Chr08:55259069-55263546 (-)

描述 Similar to LPPD: Lipid phosphate phosphatase delta

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g58490`	充当鞘氨醇长链磷酸盐磷酸酶。	Degradation of long-chain base 1-phosphate (LCBP) in Arabidopsis: functional characterization of LCBP phosphatase involved in the dehydration stress response.2012 · DOI: 10.1007/s10265-011-0451-9

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032886 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006665 sphingolipid metabolic process 生物过程

GO:0006670 sphingosine metabolic process 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0019722 calcium-mediated signaling 生物过程

GO:0030148 sphingolipid biosynthetic process 生物过程

GO:0046839 phospholipid dephosphorylation 生物过程

GO:0061469 regulation of type B pancreatic cell proliferation 生物过程

GO:0090332 stomatal closure 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0008117 sphinganine-1-phosphate aldolase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G58490

mmu:433323

sce:YJL134W

sce:YKR053C

spo:2543496

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.765

排名 1 · TkA08G211300 · TK1151

细胞核0.130

排名 2 · TkA08G211300 · TK1151

细胞质0.077

排名 3 · TkA08G211300 · TK1151

高尔基体0.074

排名 4 · TkA08G211300 · TK1151

线粒体0.064

排名 5 · TkA08G211300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01569PAP257-71 aa

PF076957TMR-DISM_7TM69-101 aa

PF01569PAP297-223 aa

PF076957TMR-DISM_7TM157-282 aa

PF01569PAP2246-285 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G211300	`PF01569`	PAP2	57	71	3.9e-21	75.9
TkA08G211300	`PF07695`	7TMR-DISM_7TM	69	101	0.0068	17.1
TkA08G211300	`PF01569`	PAP2	97	223	3.9e-21	75.9
TkA08G211300	`PF07695`	7TMR-DISM_7TM	157	282	0.0068	17.1
TkA08G211300	`PF01569`	PAP2	246	285	3.9e-21	75.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2G7`	拟南芥	sp\|Q9M2G7\|LPPD_ARATH Lipid phosphate phosphatase delta	66.400%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情