TkA08G205040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G205040

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 53574527-53581707 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3964 bp · TkA08G205040|TK1151|cDNA

CAAATTTCCCTCATCTTCTGCAGAACACCCAAACACACCCCTCACCCCTTCTTCGATGCTCAGAAGAGAAGAAGCGCGAGCGCCTTGGTCCTTCTTGTACACACTTTCAGGCCCTATCAGCCCACCATTGCCATCTCTTCTTCTCTACTCATTACCTTCAACGCTCGCTTTCTCTCTAGGTATTAACGGTGGTGACTGGTGACTTCTGATCGGACGGCCCTCCTCTCGTGAGAATCATGACCATGATGACTCCACAACCG...

CDS

下载 CDS FASTA

3387 bp · TkA08G205040|TK1151|CDS

ATGACCATGATGACTCCACAACCGTTAGATCAAGAAGATGAAGAAATGCTTGTTCCACATACAGAACTAGTGGAAGGTCCTCTTGCTTTGGATGGTACTCCACCTGTTGTAGGCCCTCAACCTATGGAAGTCATGGGTCCAGCAGAAGTTGTTAGCACTGCAGAGAATCAACCAGCTGATGAAACTCAGGCATCTAGGTTTACATGGGTAATTGATAATTTCTCACGTCAAAGTAACAAAAAGATTTATTCAGATACTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1128 aa · TkA08G205040|TK1151|PROTEIN

MTMMTPQPLDQEDEEMLVPHTELVEGPLALDGTPPVVGPQPMEVMGPAEVVSTAENQPADETQASRFTWVIDNFSRQSNKKIYSDTFVVGGFKWRVLIFPKGNNVDNLSMYLDVADSSTLPYGWSRYAQFSLAVVNQIHTKFTMRKDTQHQFHGRESDWGFTSFMPLVDLYDPSKGFLVNDTCIIEADVAVRKVIDYWSYDSKKETGYVGLKNQGATCYMNSLLQTLYHIPYFRKAVYHMPTTENDMPTGSIPLALQSLF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G205040`
TK1151 ID	TkA08G205040
OH-1004 ID	LXL04_032793
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.670 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G205040

位置 Chr08:53574527-53581707 (+)

描述 Similar to UBP12: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g06600`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献
`At3g11910`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032793 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006307 DNA alkylation repair 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0010507 negative regulation of autophagy 生物过程

GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程

GO:0010803 regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G11910

ath:AT5G06600

hsa:7874

mmu:252870

spo:2541131

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.591

排名 1 · TkA08G205040 · TK1151

细胞核0.439

排名 2 · TkA08G205040 · TK1151

细胞膜0.090

排名 3 · TkA08G205040 · TK1151

线粒体0.071

排名 4 · TkA08G205040 · TK1151

内质网0.063

排名 5 · TkA08G205040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22486MATH_266-189 aa

PF00917MATH71-191 aa

PF00443UCH209-530 aa

PF13423UCH_1209-484 aa

PF00881Nitroreductase480-596 aa

PF14560Ubiquitin_2485-502 aa

PF16657Malt_amylase_C517-541 aa

PF00240ubiquitin530-561 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G205040	`PF22486`	MATH_2	66	189	1.6e-36	126.3
TkA08G205040	`PF00917`	MATH	71	191	8.2e-17	62.2
TkA08G205040	`PF00443`	UCH	209	530	4.2e-58	197.7
TkA08G205040	`PF13423`	UCH_1	209	484	2.9e-15	57.4
TkA08G205040	`PF00881`	Nitroreductase	480	596	0.065	14.1
TkA08G205040	`PF14560`	Ubiquitin_2	485	502	0.11	13.7
TkA08G205040	`PF16657`	Malt_amylase_C	517	541	0.14	12.9
TkA08G205040	`PF00240`	ubiquitin	530	561	0.0017	18.8
TkA08G205040	`PF22486`	MATH_2	546	621	1.6e-36	126.3
TkA08G205040	`PF12436`	USP7_ICP0_bdg	557	629	1.9e-78	263.9
TkA08G205040	`PF13423`	UCH_1	570	584	2.9e-15	57.4
TkA08G205040	`PF14533`	USP7_C2	600	642	2.5e-59	201.1
TkA08G205040	`PF00240`	ubiquitin	602	636	0.0017	18.8
TkA08G205040	`PF11976`	Rad60-SLD	604	634	0.085	13.4
TkA08G205040	`PF14560`	Ubiquitin_2	605	645	0.11	13.7
TkA08G205040	`PF28203`	CDI_Immunity_Comp	606	647	0.065	14.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FPT1`	拟南芥	sp\|Q9FPT1\|UBP12_ARATH Ubiquitin C-terminal hydrolase 12	82.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q84WU2`	拟南芥	sp\|Q84WU2\|UBP13_ARATH Ubiquitin C-terminal hydrolase 13	80.200%	Swiss-Prot	高置信

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