TkA08G201820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G201820

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 52752324-52753358 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

915 bp · TkA08G201820|TK1151|cDNA

ATGGAATTGGCTCTTACAAATGCCACCTACCGCCACCTCCCACGACCTCTTTCCCTCCACCACCACCGCCTCACATCCTCAAAATCAATCGTTTATCCGAAAACATCATTGTTTTCATCGTCAACGGCCATCAGAGCATCGCTACGAAACCCTAATTACGAAAGCTCTAAACTCAGAATGACAAAAATCGTAAACCCTACTCCCCTATCCTTCCTCAAAGCCACCTTCATCACTGGTGTCACCGTCACCGCACTTTTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

915 bp · TkA08G201820|TK1151|CDS

ATGGAATTGGCTCTTACAAATGCCACCTACCGCCACCTCCCACGACCTCTTTCCCTCCACCACCACCGCCTCACATCCTCAAAATCAATCGTTTATCCGAAAACATCATTGTTTTCATCGTCAACGGCCATCAGAGCATCGCTACGAAACCCTAATTACGAAAGCTCTAAACTCAGAATGACAAAAATCGTAAACCCTACTCCCCTATCCTTCCTCAAAGCCACCTTCATCACTGGTGTCACCGTCACCGCACTTTTCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

304 aa · TkA08G201820|TK1151|PROTEIN

MELALTNATYRHLPRPLSLHHHRLTSSKSIVYPKTSLFSSSTAIRASLRNPNYESSKLRMTKIVNPTPLSFLKATFITGVTVTALFFSRFTLKPAIAVPVSSPPPPASVETADSKSELLEDIKALKTLMELKIKNGKVQEAIGILNQLINLEPEDSEWQLLKYHLHSYSGDHDSAQLGFEQILTKDPLRVEAYHGLVMAASAKESPNDLKDVEARIMEGMEKCKKEKKKDDLRDFKLLLAQIRVIQGEYNDALKIYQDLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G201820`
TK1151 ID	TkA08G201820
OH-1004 ID	LXL04_025854
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	27.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 69.079 / OH-1004 65.231 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G201820

位置 Chr08:52752324-52753358 (-)

描述 Similar to SG1: protein SLOW GREEN 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18420`	对叶绿体发育早期阶段必需。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025854 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G18420

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.956

排名 1 · TkA08G201820 · TK1151

线粒体0.039

排名 2 · TkA08G201820 · TK1151

细胞核0.029

排名 3 · TkA08G201820 · TK1151

细胞质0.015

排名 4 · TkA08G201820 · TK1151

细胞膜0.010

排名 5 · TkA08G201820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11315Med30113-147 aa

PF30153TPR_YpiA_C115-155 aa

PF13097CENP-U115-142 aa

PF25295TPR_IFT122116-146 aa

PF17874TPR_MalT116-151 aa

PF03704BTAD121-155 aa

PF14559TPR_19122-162 aa

PF25064ARM_TT21_5th123-149 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G201820	`PF11315`	Med30	113	147	0.068	14.0
TkA08G201820	`PF30153`	TPR_YpiA_C	115	155	0.064	14.7
TkA08G201820	`PF13097`	CENP-U	115	142	1.1	9.9
TkA08G201820	`PF25295`	TPR_IFT122	116	146	0.087	12.7
TkA08G201820	`PF17874`	TPR_MalT	116	151	0.095	12.7
TkA08G201820	`PF03704`	BTAD	121	155	0.0032	18.6
TkA08G201820	`PF14559`	TPR_19	122	162	6.2e-10	40.0
TkA08G201820	`PF25064`	ARM_TT21_5th	123	149	0.0028	18.7
TkA08G201820	`PF16918`	PknG_TPR	123	185	0.032	13.7
TkA08G201820	`PF13428`	TPR_14	124	161	1.2e-08	35.5
TkA08G201820	`PF28559`	TPR_SusR	125	165	0.03	14.5
TkA08G201820	`PF09613`	HrpB1_HrpK	130	154	0.03	14.7
TkA08G201820	`PF13174`	TPR_6	131	154	0.00047	21.3
TkA08G201820	`PF13432`	TPR_16	133	161	0.004	18.3
TkA08G201820	`PF25060`	ARM_TT21_2nd	133	193	0.0063	16.7
TkA08G201820	`PF22241`	PSMD12-CSN4_N	133	172	0.091	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LS48`	拟南芥	sp\|Q9LS48\|SG1_ARATH protein SLOW GREEN 1, chloroplastic	28.600%	Swiss-Prot	低置信

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