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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G159630
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 41620518-41623791 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1729 bp · TkA08G159630|TK1151|cDNA

GGACTATATAACCCGCCGTACAAGAGAACAGGAGCTGCTCAAAAGGCTTTGGAAAAGGAATGAGCAACTTCGGCAACGGCAAAGGGAAGCCGATGAACGGGGACGACGACGACGACGAAGATGAAGGAAACGAGAGAGACCTCGAAGCTTGGGAGAGAGCATACGCAGACGAGCGGTCCTGGGAATCATTACAAGAAGATGAATCTGGACTCCTTCGGCCAATCGATAACCAAGCTTTACATCACGCTCAATATCGCCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1263 bp · TkA08G159630|TK1151|CDS

ATGAGCAACTTCGGCAACGGCAAAGGGAAGCCGATGAACGGGGACGACGACGACGACGAAGATGAAGGAAACGAGAGAGACCTCGAAGCTTGGGAGAGAGCATACGCAGACGAGCGGTCCTGGGAATCATTACAAGAAGATGAATCTGGACTCCTTCGGCCAATCGATAACCAAGCTTTACATCACGCTCAATATCGCCGCCGTCTCCGTTCACTCTCCTCGGCATCCGCCGCCTCACGTATTCAAAAAGGCCTCATTCG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

420 aa · TkA08G159630|TK1151|PROTEIN

MSNFGNGKGKPMNGDDDDDEDEGNERDLEAWERAYADERSWESLQEDESGLLRPIDNQALHHAQYRRRLRSLSSASAASRIQKGLIRYLYLVIDLSRAAGEMDLRPSRMVVVAKQVEAFVREFFDQNPLSQIGLITIKNGVAQCLTDLGGSPESHIKALMGKLGCAGEASLQNALELVHEQLDQIPSYGHREVIILYSALSTCDPGDVLETIQKCKKSKIRCSVIGLSAEIYICKYLCQETGGLYSVALDEAHLKELILE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G159630
TK1151 IDTkA08G159630
OH-1004 IDLXL04_004459
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)96.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G159630
位置Chr08:41620518-41623791 (-)
描述Similar to GTF2H2: General transcription factor IIH subunit 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g05055 一般转录和DNA修复因子IIH（TFIIH）核心复合体的组分，参与损伤DNA的一般和转录偶联核苷酸切除修复（NER），并在与CAK形成复合物时参与RNA聚合酶II的RNA转录。
Arabidopsis homologue of human transcription factor IIH/nucleotide excision repair factor p44 can function in transcription and DNA repair and interacts with AtXPD.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02705.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004459 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002031 G protein-coupled receptor internalization 生物过程
GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程
GO:0009411 response to UV 生物过程
GO:0000438 core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex 细胞组分
GO:0000439 transcription factor TFIIH core complex 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005669 transcription factor TFIID complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G05055
bta:511829
ddi:DDB_G0272362
hsa:2966
rno:294693
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.439
排名 1 · TkA08G159630 · TK1151
细胞核0.398
排名 2 · TkA08G159630 · TK1151
高尔基体0.166
排名 3 · TkA08G159630 · TK1151
溶酶体／液泡0.162
排名 4 · TkA08G159630 · TK1151
细胞膜0.114
排名 5 · TkA08G159630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13519VWA_263-85 aa
PF00092VWA89-228 aa
PF13519VWA_290-197 aa
PF04056Ssl192-282 aa
PF01807Zn_ribbon_DnaG197-229 aa
PF27618Zn_ribbon_GTF2H2214-227 aa
PF01485IBR302-315 aa
PF07975C1_4304-315 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G159630PF13519VWA_263851e-0939.7
TkA08G159630PF00092VWA892280.0002621.9
TkA08G159630PF13519VWA_2901971e-0939.7
TkA08G159630PF04056Ssl1922821.4e-86290.0
TkA08G159630PF01807Zn_ribbon_DnaG1972290.1812.3
TkA08G159630PF27618Zn_ribbon_GTF2H22142273.2e-0730.5
TkA08G159630PF01485IBR3023150.00218.9
TkA08G159630PF07975C1_43043156.8e-1865.4
TkA08G159630PF18439zf_UBZ3043145.97.4
TkA08G159630PF27618Zn_ribbon_GTF2H23063363.2e-0730.5
TkA08G159630PF01807Zn_ribbon_DnaG3343710.1812.3
TkA08G159630PF01485IBR3584070.00218.9
TkA08G159630PF07975C1_43644126.8e-1865.4
TkA08G159630PF18439zf_UBZ3833915.97.4
TkA08G159630PF27618Zn_ribbon_GTF2H23843893.2e-0730.5
TkA08G159630PF18439zf_UBZ3904035.97.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZVN9拟南芥sp|Q9ZVN9|TF2H2_ARATH General transcription factor IIH subunit 279.300%Swiss-Prot高置信

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