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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G135400
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 35222215-35227475 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4170 bp · TkA08G135400|TK1151|cDNA

CCTGCCCCTAGTTTTTCACCTTTTCCTCTGTGTAAAACTCAGAACCCAAAAAGCAAAAACAGGGGAAATTCAATTCAATTCATTTCATTTCAATATAAATTAGAGATAAAGAAAACAGAGCAGACACCGATTTATATCAATATAATAGGAATCTCCTAGGCTTCTCTCTCTTTCTTTCACTCTCTCTCTCTCTGCTCGCCATGAACCTCTTCCGATGAGCTTCTCAGATCTACCATACGCATACCTAAATATCCGTAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3453 bp · TkA08G135400|TK1151|CDS

ATGGGTGAAGAGGTTTTTCCATGGTTGAAGTCGCTACCTCTAGCACCAGAGTACCACCCAACCCTAGCCGAGTTTCAAGATCCAATTTCCTATATTTTCAAAATCGAAGAAGAAGCTTCCAAGTATGGAATCTGTAAAATCATCCCACCTGTCTCTGCTTCACCGAAGAAAACTGTAATTGCTAACCTCAACCGCTCTCTGTCCGCCCGAAACCCTGATTCTTCACCCACATTCACCACCAGGCAGCAACAGATCGGTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1150 aa · TkA08G135400|TK1151|PROTEIN

MGEEVFPWLKSLPLAPEYHPTLAEFQDPISYIFKIEEEASKYGICKIIPPVSASPKKTVIANLNRSLSARNPDSSPTFTTRQQQIGFCPRKHHRPVQKPVWQSGEIYTVPQFEVKAKSFEKSYLKKGSNSKKGLTALEVETLYWKAHVDKPFSVEYANDMPGSAFDQTGGVHGKKHGKKEIGDAVTVGETEWNMRGVSRSKGSLLKYMKEEIPGVTSPMVYISMLFSWFAWHVEDHDFHSLNYMHMGASKTWYGVPKDAA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G135400
TK1151 IDTkA08G135400
OH-1004 IDLXL04_031907
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G135400
位置Chr08:35222215-35227475 (-)
描述Similar to REF6: Lysine-specific demethylase REF6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g48430 组蛋白去甲基化酶，去甲基化组蛋白 H3 的“赖氨酸-27”（H3K27me），从而作为基因表达的正调控因子。
Divergent roles of a pair of homologous jumonji/zinc-finger-class transcription factor proteins in the regulation of Arabidopsis flowering time.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025353
Modulation of brassinosteroid-regulated gene expression by Jumonji domain-containing proteins ELF6 and REF6 in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0802254105
Arabidopsis REF6 is a histone H3 lysine 27 demethylase.2011 · DOI: 10.1038/ng.854
Nuclear factor Y-mediated H3K27me3 demethylation of the SOC1 locus orchestrates flowering responses of Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1038/ncomms5601
Concerted genomic targeting of H3K27 demethylase REF6 and chromatin-remodeling ATPase BRM in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1038/ng.3555
REF6 recognizes a specific DNA sequence to demethylate H3K27me3 and regulate organ boundary formation in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1038/ng.3556
An H3K27me3 demethylase-HSFA2 regulatory loop orchestrates transgenerational thermomemory in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1038/s41422-019-0145-8
DNA methylation repels targeting of Arabidopsis REF6.2019 · DOI: 10.1038/s41467-019-10026-1
Epigenetic silencing of a multifunctional plant stress regulator.2019 · DOI: 10.7554/elife.47835
Crystal structures of REF6 and its complex with DNA reveal diverse recognition mechanisms.2020 · DOI: 10.1038/s41421-020-0150-6
Dehydroabietinal promotes flowering time and plant defense in Arabidopsis via the autonomous pathway genes FLOWERING LOCUS D, FVE, and RELATIVE OF EARLY FLOWERING 6.2020 · DOI: 10.1093/jxb/eraa232
The H3K27me3 Demethylase RELATIVE OF EARLY FLOWERING6 Suppresses Seed Dormancy by Inducing Abscisic Acid Catabolism.2020 · DOI: 10.1104/pp.20.01255
A new role for histone demethylases in the maintenance of plant genome integrity.2020 · DOI: 10.7554/elife.58533
At5g04240 组蛋白去甲基酶，使组蛋白 H3 的“Lys-27” 去甲基化，从而充当基因表达的正调节因子。
Divergent roles of a pair of homologous jumonji/zinc-finger-class transcription factor proteins in the regulation of Arabidopsis flowering time.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025353
Modulation of brassinosteroid-regulated gene expression by Jumonji domain-containing proteins ELF6 and REF6 in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0802254105
Repression of FLOWERING LOCUS T chromatin by functionally redundant histone H3 lysine 4 demethylases in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1371/journal.pone.0008033
Epigenetic reprogramming that prevents transgenerational inheritance of the vernalized state.2014 · DOI: 10.1038/nature13722
A new role for histone demethylases in the maintenance of plant genome integrity.2020 · DOI: 10.7554/elife.58533
At5g46910 组蛋白去甲基化酶，可将组蛋白 H3 的“Lys-27” 去甲基化，对 H3K27me3 具有特定活性，并参与基因表达的调节。
The Arabidopsis H3K27me3 demethylase JUMONJI 13 is a temperature and photoperiod dependent flowering repressor.2019 · DOI: 10.1038/s41467-019-09310-x

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0907400 组蛋白去甲基化酶，去甲基化组蛋白H3的'Lys-27'（H3K27me），对H3K27me3和H3K27me2具有特异性活性。
Jumonji C domain protein JMJ705-mediated removal of histone H3 lysine 27 trimethylation is involved in defense-related gene activation in rice.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.118802
Os03g0151300 组蛋白去甲基化酶，可使组蛋白 H3 的“Lys-4” 去甲基化。
Se14, encoding a JmjC domain-containing protein, plays key roles in long-day suppression of rice flowering through the demethylation of H3K4me3 of RFT1.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0096064
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031907 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0009612 response to mechanical stimulus 生物过程
GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G48430
dosa:Os01g0907400
dosa:Os03g0151300
osa:9268736
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.951
排名 1 · TkA08G135400 · TK1151
细胞质0.081
排名 2 · TkA08G135400 · TK1151
细胞膜0.033
排名 3 · TkA08G135400 · TK1151
内质网0.019
排名 4 · TkA08G135400 · TK1151
质体0.015
排名 5 · TkA08G135400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02375JmjN16-49 aa
PF02373JmjC220-337 aa
PF00096zf-C2H2512-518 aa
PF02373JmjC645-677 aa
PF04606Ogr_Delta660-676 aa
PF13894zf-C2H2_4862-872 aa
PF17017zf-C2H2_aberr1025-1053 aa
PF00096zf-C2H21037-1059 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G135400PF02375JmjN16492e-1453.8
TkA08G135400PF02373JmjC2203371.1e-36126.4
TkA08G135400PF00096zf-C2H25125187.2e-0833.2
TkA08G135400PF02373JmjC6456771.1e-36126.4
TkA08G135400PF04606Ogr_Delta6606761.49.6
TkA08G135400PF13894zf-C2H2_48628720.02216.1
TkA08G135400PF17017zf-C2H2_aberr102510536.47.6
TkA08G135400PF00096zf-C2H2103710597.2e-0833.2
TkA08G135400PF30355zf_C2H2-Disco103710520.3511.7
TkA08G135400PF24446DUF7565103710601.110.4
TkA08G135400PF13894zf-C2H2_4103810600.02216.1
TkA08G135400PF15909zf-C2H2_8103910650.1413.2
TkA08G135400PF17017zf-C2H2_aberr106110756.47.6
TkA08G135400PF00096zf-C2H2106210847.2e-0833.2
TkA08G135400PF13465zf-H2C2_2106210720.004118.1
TkA08G135400PF13894zf-C2H2_4106210840.02216.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9STM3拟南芥sp|Q9STM3|REF6_ARATH Lysine-specific demethylase REF653.200%Swiss-Prot高置信
Q6BDA0拟南芥sp|Q6BDA0|ELF6_ARATH Lysine-specific demethylase ELF640.900%Swiss-Prot低置信
F4KIX0拟南芥sp|F4KIX0|JMJ13_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ1341.700%Swiss-Prot低置信
Q5N712水稻sp|Q5N712|JM705_ORYSJ Lysine-specific demethylase JMJ70540.800%Swiss-Prot中等置信
Q10RP4水稻sp|Q10RP4|SE14_ORYSJ Probable lysine-specific demethylase SE1435.400%Swiss-Prot中等置信

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