TkA08G126510 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G126510

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 32898216-32902067 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2191 bp · TkA08G126510|TK1151|cDNA

AAAAAAAACTCTTTCAGGTTTTCCCTGTTTGAGAATCCTCATCCCCCTTTTAACCCCCCTCAGTCCGTCGCTCCAAAACCCTTCCTCCGCCCTTCGAGCCCAGTCTACTTTTATCTCAATTCAAGCAATTTCATCTCGAATAAATCGAATGAGGTTTTGAATTTTGATGATTTTGCGATGATTAACATCAATTCTCGAGAGTTAAACTATCTAGTGTACCGTTATCTACACGAATCAGGTTTCACACATACTGCCTTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

558 bp · TkA08G126510|TK1151|CDS

ATGATTTATGTTTGTAAAGTTGGAGATAATCGACCAGTAAAAACTTTCGCAGGTCATCAGGGTGAAGTGAATGCGATAAAATGGGATCCTACAGGTACACTTCTGGCTTCATGTTCAGATGATTCAACTGCAAAGATATGGAGCCTAAAACAGGATACCTGCCTTCATGATTTAAAGGAACATACAAAGGAAATATATACAATCAGATGGAGTCCAACAGGTCCAGGAACAAATAATCCTAACCAACCACTAGTTCTAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

185 aa · TkA08G126510|TK1151|PROTEIN

MIYVCKVGDNRPVKTFAGHQGEVNAIKWDPTGTLLASCSDDSTAKIWSLKQDTCLHDLKEHTKEIYTIRWSPTGPGTNNPNQPLVLASASFDSTIKLWDVETGSLLHSLVAHGDPVYSVAFSPNGEYLASGSLDKCMHIWSVKEAKVVKTYVGSGGIFEVCWNKEGDKIGACFLTMSLCILDFRM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G126510`
TK1151 ID	TkA08G126510
OH-1004 ID	LXL04_031731
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	78.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.514 / OH-1004 25.441 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G126510

位置 Chr08:32898216-32902067 (+)

描述 Similar to HOS15: WD40 repeat-containing protein HOS15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g67320`	作为冷应激调节基因表达的阻遏物。	Involvement of Arabidopsis HOS15 in histone deacetylation and cold tolerance.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0801029105

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031731 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0002021 response to dietary excess 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0035264 multicellular organism growth 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0043627 response to estrogen 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G67320

mmu:21372

mmu:81004

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.622

排名 1 · TkA08G126510 · TK1151

细胞质0.363

排名 2 · TkA08G126510 · TK1151

细胞膜0.063

排名 3 · TkA08G126510 · TK1151

溶酶体／液泡0.059

排名 4 · TkA08G126510 · TK1151

内质网0.038

排名 5 · TkA08G126510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23411Beta-prop_Vps411-53 aa

PF25175Beta-prop_WDR52-152 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st2-74 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st2-169 aa

PF25168Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd2-74 aa

PF24796WDR552-50 aa

PF23414Beta-prop_EML_23-72 aa

PF20426NBCH_WD404-55 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G126510	`PF23411`	Beta-prop_Vps41	1	53	1.5e-07	31.7
TkA08G126510	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	2	152	2.8e-39	135.9
TkA08G126510	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	2	74	1e-38	134.0
TkA08G126510	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	2	169	2.3e-25	90.1
TkA08G126510	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	2	74	3.9e-17	63.2
TkA08G126510	`PF24796`	WDR55	2	50	9e-13	48.6
TkA08G126510	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	3	72	2.4e-15	57.3
TkA08G126510	`PF20426`	NBCH_WD40	4	55	3.9e-09	36.5
TkA08G126510	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	5	142	2.2e-46	158.6
TkA08G126510	`PF24814`	WD40_Prp19	5	74	6.7e-29	101.5
TkA08G126510	`PF26550`	Tricorn_2nd	5	128	0.011	15.2
TkA08G126510	`PF15911`	Beta-prop_WDR19_2nd	5	70	0.083	12.8
TkA08G126510	`PF21029`	RMC1_N	6	71	0.00063	20.5
TkA08G126510	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	7	73	5e-15	56.2
TkA08G126510	`PF23760`	Beta-prop_DCAF12	7	112	2.2e-07	30.9
TkA08G126510	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	7	60	0.013	15.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FN19`	拟南芥	sp\|Q9FN19\|HOS15_ARATH WD40 repeat-containing protein HOS15	61.100%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情