TkA08G092500 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G092500

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 23957795-23963957 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3977 bp · TkA08G092500|TK1151|cDNA

AAAAAGACTTATCACTTTGGCGCGATGTCATTTCTGCTGTTTCCCTACCGGCTGCTTTTTCTCTAATTTTCCCTTTTCATTTCAATGGCGAACTCAACTGATTAAAGAAAACAAAAAACCCAGTTCCAGTTACTGTCTTTTCACGCCACGCTTCACAAAATATCTGTCAGATTCCCTAATTCTTGCTTCAATTACAAGTTCCCCTTCTCAGATCTTGCATTTGTAGGGTTTCGGTCCAGAGTGGAACTCGTCACTATAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3294 bp · TkA08G092500|TK1151|CDS

ATGTCGAGGGCTACCAAATGGAAGCTTGAAAAGGCTAAAGTCAAAGTTGTTTTTCGTCTCCAATTTCATGCTACAAATATTCCGCCAAGTGGATGGGAGAAGTTATTTATATGTTTTATACCAACTGAATCTGGAAAGATTATTGCAAAAACAAGCAAAGCAAATGTGAGAAACGGGACATGTAAATGGGCAGATCCAATCTATGAGACCACAAGACTTCTACAAGATTCTAGAAACAAAAGATACGATGATAAACTATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1097 aa · TkA08G092500|TK1151|PROTEIN

MSRATKWKLEKAKVKVVFRLQFHATNIPPSGWEKLFICFIPTESGKIIAKTSKANVRNGTCKWADPIYETTRLLQDSRNKRYDDKLYHLIVGMGTSRASILGEASINLADYADASNPLVVSLPLDGDEHGTILHVTVQLLTAKTGFREFEQQFDRGLQSSSNLNREVEPNIPTSLSSEVNTETHYTSEPKDLIPVIEETEEFQESYYADKHELPSIHDLNGPAHSQSPPDRSNHQGCSTSMDNNELAIAHEDNHRLRSNL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G092500`
TK1151 ID	TkA08G092500
OH-1004 ID	LXL04_031189
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G092500`
位置	Chr08:23957795-23963957 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_031189` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.591

排名 1 · TkA08G092500 · TK1151

细胞核0.260

排名 2 · TkA08G092500 · TK1151

细胞膜0.243

排名 3 · TkA08G092500 · TK1151

高尔基体0.059

排名 4 · TkA08G092500 · TK1151

内质网0.047

排名 5 · TkA08G092500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10358NT-C211-141 aa

PF07303Occludin_ELL146-211 aa

PF16066DUF4808201-273 aa

PF24922ACBP4_C244-334 aa

PF23649FKBP15244-338 aa

PF27605ODF2_C245-402 aa

PF24161CCDC39245-328 aa

PF30854Par-4_C245-292 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G092500	`PF10358`	NT-C2	11	141	6.1e-23	81.8
TkA08G092500	`PF07303`	Occludin_ELL	146	211	0.0087	17.5
TkA08G092500	`PF16066`	DUF4808	201	273	2.9	9.2
TkA08G092500	`PF24922`	ACBP4_C	244	334	0.0016	19.4
TkA08G092500	`PF23649`	FKBP15	244	338	0.013	15.8
TkA08G092500	`PF27605`	ODF2_C	245	402	3.4e-05	23.9
TkA08G092500	`PF24161`	CCDC39	245	328	0.0044	15.7
TkA08G092500	`PF30854`	Par-4_C	245	292	0.022	15.6
TkA08G092500	`PF19220`	Rod_CreS	245	328	0.54	10.1
TkA08G092500	`PF07303`	Occludin_ELL	250	331	0.0087	17.5
TkA08G092500	`PF27636`	CCPG1_N	250	288	0.015	16.6
TkA08G092500	`PF28422`	CCDC89	250	371	6.4	6.7
TkA08G092500	`PF06160`	EzrA	254	497	4.3	6.3
TkA08G092500	`PF10473`	CENP-F_leu_zip	256	331	5.1	7.9
TkA08G092500	`PF02465`	FliD_N	258	290	0.038	15.3
TkA08G092500	`PF18363`	PI_PP_I	258	303	0.29	12.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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