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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G087560
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 22669555-22671192 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1356 bp · TkA08G087560|TK1151|cDNA

GTTATATGCAGATGAATTCTATCGATCCAACAATATTCAGATCATCTACAATGGCAACTGTCTCGGCCTTCTCTTCTCCGGAATGGCCAACCCTAACCCTAACCCTAGTACAAGCGACAATACACGTTCAGAAGAAGACAAAGAAAATCCTAATTCACTTGCCGGTGACCTTCACAGCGGTGTCTCGCCGGGGCTCCAACCGATCAGAACGAGTTCCACCCAACAAGGAATTTTACCCGATCACGATGCTAAAGAAGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

534 bp · TkA08G087560|TK1151|CDS

ATGCAACATTCTTGCGTTAGTCGGTGGCGGTCCTCAGCCTCAGTATCCTCTAATAAGGTTATGATCTGGGATGATCATCAAGGCCGATGCATTGGCGAGCTATCTTTTCGATCGGAGGTTCGTGGAGTTCGGTTAAGGCGAGATCGTATCATCGTAATTTTGGAGCAGAAGATATTCGTATACAATTTCACGGATTTGAAGTTATTGCAACAGATCGAGACATTTGCTAATCCCAAAGGCCTTTGCGAAGTTTCCCAAGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

177 aa · TkA08G087560|TK1151|PROTEIN

MQHSCVSRWRSSASVSSNKVMIWDDHQGRCIGELSFRSEVRGVRLRRDRIIVILEQKIFVYNFTDLKLLQQIETFANPKGLCEVSQASGNFVLVCLGLRKGQVRVEHYASKRTKFILAHDSRIACFALSQNGNMLATASNKGTLVRIFNTHDGTLLHEVRRGADSSRNTQPCIFSYG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G087560
TK1151 IDTkA08G087560
OH-1004 IDLXL04_018876
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 83.051 / OH-1004 32.450
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G087560
位置Chr08:22669555-22671192 (+)
描述Similar to ATG18A: Autophagy-related protein 18a
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g62770 可能作为 PI(3,5)P₂ 调控复合体的组分，参与磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸的合成及周转。
Autophagy differentially controls plant basal immunity to biotrophic and necrotrophic pathogens.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04546.x
A critical role of autophagy in plant resistance to necrotrophic fungal pathogens.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04553.x
The autophagy gene, ATG18a, plays a negative role in powdery mildew resistance and mildew-induced cell death in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.9.16967
At3g56440 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。 暂无已核实直接文献
At2g40810 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。 暂无已核实直接文献
At5g05150 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018876 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程
GO:0000422 autophagy of mitochondrion 生物过程
GO:0000425 pexophagy 生物过程
GO:0006914 autophagy 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G40810
ath:AT3G56440
ath:AT3G62770
ath:AT5G05150
xtr:493546
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.507
排名 1 · TkA08G087560 · TK1151
细胞质0.440
排名 2 · TkA08G087560 · TK1151
溶酶体／液泡0.081
排名 3 · TkA08G087560 · TK1151
细胞膜0.070
排名 4 · TkA08G087560 · TK1151
高尔基体0.064
排名 5 · TkA08G087560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16529Ge1_WD404-28 aa
PF25391WD40_Gbeta4-38 aa
PF00400WD408-24 aa
PF25172Beta-prop_WDR3_2nd12-53 aa
PF23335Beta-prop_IFT80_2nd12-154 aa
PF25174Beta-prop_THOC313-161 aa
PF23389Beta-prop_WDR19_1st13-159 aa
PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd13-48 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G087560PF16529Ge1_WD404280.03214.0
TkA08G087560PF25391WD40_Gbeta4380.1311.9
TkA08G087560PF00400WD408240.0003321.8
TkA08G087560PF25172Beta-prop_WDR3_2nd12532.5e-0524.4
TkA08G087560PF23335Beta-prop_IFT80_2nd121540.05712.9
TkA08G087560PF25174Beta-prop_THOC3131615.4e-1142.7
TkA08G087560PF23389Beta-prop_WDR19_1st131592e-0524.5
TkA08G087560PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd13480.000619.6
TkA08G087560PF12894ANAPC4_WD4014391e-0526.4
TkA08G087560PF23393Beta-prop_WDR90_POC16_2nd14350.001318.8
TkA08G087560PF25173Beta-prop_WDR3_1st15351.1e-0525.9
TkA08G087560PF24805EIF3I151510.001518.4
TkA08G087560PF24506KNTC1_N15530.02514.6
TkA08G087560PF25047Beta-prop_TEP1_2nd16540.007516.2
TkA08G087560PF23419WD40_RFWD316400.05313.6
TkA08G087560PF25175Beta-prop_WDR517954.7e-0833.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q93VB2拟南芥sp|Q93VB2|AT18A_ARATH Autophagy-related protein 18a83.000%Swiss-Prot高置信
Q0WPK3拟南芥sp|Q0WPK3|AT18D_ARATH Autophagy-related protein 18d62.100%Swiss-Prot高置信
Q8GYD7拟南芥sp|Q8GYD7|AT18C_ARATH Autophagy-related protein 18c61.400%Swiss-Prot高置信
Q9FHK8拟南芥sp|Q9FHK8|AT18E_ARATH Autophagy-related protein 18e47.900%Swiss-Prot中等置信

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