TkA08G064610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G064610

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 16484880-16487095 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1587 bp · TkA08G064610|TK1151|cDNA

CTTGCAACTCGCGTTTCCCTCTTAACAACAATTATCCAAATAAAAAAACCCTTTCAGGTTCGATTACAACCAAAAATGGCGGCTGAAACTGCAGCTGCTTCACATTTCCACTATCATTGCGGTTGGAGTCGGAGGAGATGCACCGCCGGATTCAAAACCCGACGCCGCCTGCCATTTCCACCGGCAGCTTCTTCTCAACCCATGGATATTCACACCAGCAATTCCTACAAAGAACTCGGTATGTTCTCGTTAAGAAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1245 bp · TkA08G064610|TK1151|CDS

ATGGCGGCTGAAACTGCAGCTGCTTCACATTTCCACTATCATTGCGGTTGGAGTCGGAGGAGATGCACCGCCGGATTCAAAACCCGACGCCGCCTGCCATTTCCACCGGCAGCTTCTTCTCAACCCATGGATATTCACACCAGCAATTCCTACAAAGAACTCGGTATGTTCTCGTTAAGAAAGAAGATAGAAGATTCCGTTAATCGAGCGGAAATTTTAGGTCTAACCGCATTGGAATTCGAAGAAACGCGACGAATCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

414 aa · TkA08G064610|TK1151|PROTEIN

MAAETAAASHFHYHCGWSRRRCTAGFKTRRRLPFPPAASSQPMDIHTSNSYKELGMFSLRKKIEDSVNRAEILGLTALEFEETRRIKQEEMIREYDLWDDLSKSSDILIKLADSAKVVDALKDLTYKVEEAKLITELAEMDIINYSLLKQAYTTSVDVSKFLDKYEMSKLLKGKYEFEGACVIIEAGSEGIRSEIWAEQLVGMYMKWAKKQGLKGRIIEKKCLSKSGGIKSAIIEFEYKYAYGYFLGEKGTHRMITSHPE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G064610`
TK1151 ID	TkA08G064610
OH-1004 ID	LXL04_018495
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G064610

位置 Chr08:16484880-16487095 (+)

描述 Similar to PRFB3: Peptide chain release factor PrfB3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57190`	参与光和胁迫依赖的3'加工petB转录本稳定性调控，从而调节细胞色素b6的积累，这是光合作用电子传递的限速步骤。	Recruitment of a ribosomal release factor for light- and stress-dependent regulation of petB transcript stability in Arabidopsis chloroplasts.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.085324
`At5g36170`	响应肽链终止密码子 UGA，指导翻译终止。	A peptide chain release factor 2 affects the stability of UGA-containing transcripts in Arabidopsis chloroplasts.2002 · DOI: 10.1105/tpc.006809

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018495 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006415 translational termination 生物过程

GO:0009657 plastid organization 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0043488 regulation of mRNA stability 生物过程

GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0003730 mRNA 3'-UTR binding 分子功能

GO:0003747 translation release factor activity 分子功能

GO:0016149 translation release factor activity, codon specific 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G57190

ath:AT5G36170

cyp:PCC8801_3422

syn:sll1865

syw:SYNW2311

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.838

排名 1 · TkA08G064610 · TK1151

细胞核0.137

排名 2 · TkA08G064610 · TK1151

线粒体0.070

排名 3 · TkA08G064610 · TK1151

细胞质0.057

排名 4 · TkA08G064610 · TK1151

过氧化物酶体0.020

排名 5 · TkA08G064610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03462PCRF87-254 aa

PF24406nSTAND_NTPase4142-172 aa

PF24406nSTAND_NTPase4217-246 aa

PF00472RF-1303-380 aa

PF03462PCRF320-353 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G064610	`PF03462`	PCRF	87	254	6.2e-22	79.1
TkA08G064610	`PF24406`	nSTAND_NTPase4	142	172	0.059	14.2
TkA08G064610	`PF24406`	nSTAND_NTPase4	217	246	0.059	14.2
TkA08G064610	`PF00472`	RF-1	303	380	3e-10	40.8
TkA08G064610	`PF03462`	PCRF	320	353	6.2e-22	79.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4J264`	拟南芥	sp\|F4J264\|PRFB3_ARATH Peptide chain release factor PrfB3, chloroplastic	50.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LVY0`	拟南芥	sp\|Q9LVY0\|PRFB1_ARATH Peptide chain release factor PrfB1, chloroplastic	37.100%	Swiss-Prot	中等置信

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