TkA08G052270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G052270

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 13351403-13354151 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2351 bp · TkA08G052270|TK1151|cDNA

AATTGCCACATCTTAATAGGCAAGAACCTTCTGGAAATAAATCTTTACCCTTTATAAAACCACCCTGCTACCCTACCTCCTCCTCATCAAGAGAAAAACAAGCTAATCTGTGAATTTTTACGACAAATTTCTGTGCGATATTCGTATTTGCTCTGTTTTCTGGTGCCTGATCAGAAAGATGTCCGGGAAAGGTGAAGGACCGGCGATTGGTATCGATTTAGGAACGACTTACTCATGCGTCGGTGTTTGGCAGCATGACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1947 bp · TkA08G052270|TK1151|CDS

ATGTCCGGGAAAGGTGAAGGACCGGCGATTGGTATCGATTTAGGAACGACTTACTCATGCGTCGGTGTTTGGCAGCATGACCGTGTGGAGATCATTGCTAATGATCAAGGCAACAGGACGACGCCGTCTTATGTTGGGTTTACGGACACCGAGCGTCTTATTGGGGATGCGGCCAAGAACCAGGTGGCCATGAATCCAACCAACACTGTTTTTGATGCTAAGCGTTTAATCGGGAGAAGATTCTCTGATCCGTCGGTGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

648 aa · TkA08G052270|TK1151|PROTEIN

MSGKGEGPAIGIDLGTTYSCVGVWQHDRVEIIANDQGNRTTPSYVGFTDTERLIGDAAKNQVAMNPTNTVFDAKRLIGRRFSDPSVQSDMKHWPFKVVPGAGDKPMIVVNYKAEEKQFSAEEISSMVLIKMKEIAEAYLGVTIKNAVVTVPAYFNDSQRQATKDAGVISGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKKAASVGEKNVLIFDLGGGTFDVSLLTIEEGIFEVKSTAGDTHLGGEDFDNRMVNHFVQEFKRKNKKDIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G052270`
TK1151 ID	TkA08G052270
OH-1004 ID	LXL04_017766
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G052270

位置 Chr08:13351403-13354151 (+)

描述 Similar to HSP70: Heat shock cognate 70 kDa protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12580`	与其他伴侣蛋白合作，Hsp70 是关键组分，可促进新合成蛋白的折叠，协助前体蛋白转运进入细胞器，并负责在应激条件下降解受损蛋白（可能）。	Comprehensive expression profile analysis of the Arabidopsis Hsp70 gene family.2001 · DOI: 10.1104/pp.126.2.789 Heat shock protein cognate 70-4 and an E3 ubiquitin ligase, CHIP, mediate plastid-destined precursor degradation through the ubiquitin-26S proteasome system in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071548
`At5g02490`	在其他分子伴侣的协作下，Hsp70s 是促进新合成蛋白折叠、协助前体蛋白转运到细胞器，并在应激条件下负责损伤蛋白降解的关键成分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017766 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042026 protein refolding 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G12580

ath:AT5G02500

sly:101247772

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.641

排名 1 · TkA08G052270 · TK1151

细胞核0.362

排名 2 · TkA08G052270 · TK1151

细胞膜0.131

排名 3 · TkA08G052270 · TK1151

线粒体0.102

排名 4 · TkA08G052270 · TK1151

内质网0.085

排名 5 · TkA08G052270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01968Hydantoinase_A5-30 aa

PF00012HSP709-618 aa

PF06723MreB_Mbl10-26 aa

PF06723MreB_Mbl132-380 aa

PF01968Hydantoinase_A180-217 aa

PF21523ParM_N200-235 aa

PF02782FGGY_C317-385 aa

PF01968Hydantoinase_A322-346 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G052270	`PF01968`	Hydantoinase_A	5	30	0.26	11.2
TkA08G052270	`PF00012`	HSP70	9	618	2.9e-262	872.0
TkA08G052270	`PF06723`	MreB_Mbl	10	26	4.1e-13	49.6
TkA08G052270	`PF06723`	MreB_Mbl	132	380	4.1e-13	49.6
TkA08G052270	`PF01968`	Hydantoinase_A	180	217	0.26	11.2
TkA08G052270	`PF21523`	ParM_N	200	235	0.14	12.9
TkA08G052270	`PF02782`	FGGY_C	317	385	0.0039	17.8
TkA08G052270	`PF01968`	Hydantoinase_A	322	346	0.26	11.2
TkA08G052270	`PF06098`	Radial_spoke_3	515	615	0.44	10.6
TkA08G052270	`PF06723`	MreB_Mbl	519	580	4.1e-13	49.6
TkA08G052270	`PF21523`	ParM_N	550	601	0.14	12.9
TkA08G052270	`PF01968`	Hydantoinase_A	561	598	0.26	11.2
TkA08G052270	`PF15590`	Imm27	574	603	0.27	11.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHA8`	拟南芥	sp\|Q9LHA8\|HS704_ARATH Heat shock 70 kDa protein 4	91.600%	Swiss-Prot	高置信
`P22954`	拟南芥	sp\|P22954\|HS702_ARATH Heat shock 70 kDa protein 2	89.000%	Swiss-Prot	高置信

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