TkA08G033790 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G033790

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 8609624-8623084 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4193 bp · TkA08G033790|TK1151|cDNA

TATAAAACAATTTCAAAAACCCTTCGGGCGCCGCCATCTTCTTCACCATCTTCTTCAACCTTTTTGTGCTGGTGTTCGTCGAAGACAGAGCTCGGGAGAAAGAGAGAGGTGAGCAGTGAGAGAGTCATACGAACATTGGACATCGATGAAGCCGTTGGAAGAATGCGACCGTTGAACGGCATCAAGTCATGAAACCCTGCAAGTCTTTCGAGCTCGTAATATTAAAGCGTGTCTTTGGCACGAATCAAGGTCAGTACACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1905 bp · TkA08G033790|TK1151|CDS

ATGAAACCCTGCAAGTCTTTCGAGCTCGTAATATTAAAGCGTGTCTTTGGCACGAATCAAGGTCAGTACACCCTCCGCTTCTCTTCACTTTCCATCTGTCAAACCAAATCTTTGATCACTAAACCCACACACAACCCAACTGTAACCCCGCAGTCTCTTCAAAAATCCATCTCTTGTTCTCAATGGCATTTCATCGAACAGATATCAGACACCCTCACACCCACCACAATCTCCACCGCCCTCTACAACCTCCGCGCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

634 aa · TkA08G033790|TK1151|PROTEIN

MKPCKSFELVILKRVFGTNQGQYTLRFSSLSICQTKSLITKPTHNPTVTPQSLQKSISCSQWHFIEQISDTLTPTTISTALYNLRASPSLILQFTQYLDPNNTDIECYCLSIAIICQLPSPKSSLQFIKSVINSRRFSYNDVFNGLVTAREQLGISSTIVFDLWIKGLCELKRADEAFKYFYLMKHKWFFPKIETCNNMLTLFIKLNHTQNSWVLFAEMFKLKINPTVHTYNIMVNLLCKEGKLKKAKDFITTMESLGLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G033790`
TK1151 ID	TkA08G033790
OH-1004 ID	LXL04_001663
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	92.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 35.804 / OH-1004 36.307 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G033790`
位置	Chr08:8609624-8623084 (+)
描述	Similar to At2g15630: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g15630, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_001663` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G15630 ath:AT5G39710 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.867

排名 1 · TkA08G033790 · TK1151

质体0.067

排名 2 · TkA08G033790 · TK1151

细胞核0.046

排名 3 · TkA08G033790 · TK1151

细胞质0.033

排名 4 · TkA08G033790 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkA08G033790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04055Radical_SAM126-159 aa

PF13041PPR_2159-187 aa

PF23276TPR_24160-247 aa

PF01535PPR162-187 aa

PF12854PPR_1165-182 aa

PF13812PPR_3190-238 aa

PF13041PPR_2191-240 aa

PF22330Rib_mS39_PPR191-310 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G033790	`PF04055`	Radical_SAM	126	159	0.0095	16.8
TkA08G033790	`PF13041`	PPR_2	159	187	3.1e-150	489.0
TkA08G033790	`PF23276`	TPR_24	160	247	4.7e-37	127.6
TkA08G033790	`PF01535`	PPR	162	187	6.1e-98	315.2
TkA08G033790	`PF12854`	PPR_1	165	182	5.4e-123	401.1
TkA08G033790	`PF13812`	PPR_3	190	238	3.5e-73	242.3
TkA08G033790	`PF13041`	PPR_2	191	240	3.1e-150	489.0
TkA08G033790	`PF22330`	Rib_mS39_PPR	191	310	9.7e-05	22.9
TkA08G033790	`PF29070`	MSC6_N	194	287	5.6e-31	108.7
TkA08G033790	`PF01535`	PPR	195	222	6.1e-98	315.2
TkA08G033790	`PF28737`	VPS18_solenoid_2nd	197	247	1.6e-05	25.6
TkA08G033790	`PF17177`	PPR_long	207	283	4.4e-42	144.6
TkA08G033790	`PF04055`	Radical_SAM	222	268	0.0095	16.8
TkA08G033790	`PF25218`	TseH	222	270	0.029	15.0
TkA08G033790	`PF10963`	Phage_TAC_10	222	252	0.092	13.6
TkA08G033790	`PF12854`	PPR_1	224	255	5.4e-123	401.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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