TkA08G021660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G021660

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 5442890-5444672 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1379 bp · TkA08G021660|TK1151|cDNA

CTCAAAATGATTAATAAGTTGTTTTTATAAGCACAAAGACAAAGGTAAATGCGACATGACTCATGATTTTAGTGCGACCCCAAGTTTGGTACCTTTTTATCGGAAAGCCATTGGTTAATCACGCTGCCCACGTCCTCCTTCGTTGGCGTATGCTCTTCCTCGTGCAATCACTACTCACTACCCATGAAGCTTCGTACCTCTTTCCTCCTTCCATTATTTTTCACGAAACTTCCATCAACATTAAATCAATCAATTACAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

417 bp · TkA08G021660|TK1151|CDS

ATGGTGAATCAAACTGAAGAAGATGAGAAGTTAGGAGGGGTCGCTAGAGAAGCCAAAGAAAGGTTGGATGGGAGGCTAAGAGGCCATCTAAAAAAAGATATTACAAGGAAGAAGAGTCAAGAAAGATCGGGTAGTGTTGGGAGGACAACTACTCCAATGGTGGTAGAAAATTTGCAAGTTGAGGTTTTTGGATTAAAAAAGAGTGGATTAAGGAGGCTTAGTTGGGGAAGAACAGGGTTGAGTTGGAAGTCAATGAATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

138 aa · TkA08G021660|TK1151|PROTEIN

MVNQTEEDEKLGGVAREAKERLDGRLRGHLKKDITRKKSQERSGSVGRTTTPMVVENLQVEVFGLKKSGLRRLSWGRTGLSWKSMNQEECAICLDHLKANEKVIHLPCTHRFHSDCLVPWLERNSHCPCCRTIVIGSN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G021660`
TK1151 ID	TkA08G021660
OH-1004 ID	LXL04_018187
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 71.503 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G021660

位置 Chr08:5442890-5444672 (+)

描述 Similar to rnf126-b: E3 ubiquitin-protein ligase RNF126-B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0488800`	在体外具有E3泛素-蛋白连接酶活性。	Molecular dissection of Oryza sativa salt-induced RING Finger Protein 1 (OsSIRP1): possible involvement in the sensitivity response to salinity stress.2016 · DOI: 10.1111/ppl.12459

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018187 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0035519 protein K29-linked ubiquitination 生物过程

GO:0042059 negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway 生物过程

GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0043162 ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0044314 protein K27-linked ubiquitination 生物过程

GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程

GO:0070936 protein K48-linked ubiquitination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19950

bta:507447

hsa:55658

xla:432033

xtr:448402

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.601

排名 1 · TkA08G021660 · TK1151

细胞质0.344

排名 2 · TkA08G021660 · TK1151

细胞膜0.098

排名 3 · TkA08G021660 · TK1151

线粒体0.044

排名 4 · TkA08G021660 · TK1151

内质网0.042

排名 5 · TkA08G021660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19147DUF582960-122 aa

PF27618Zn_ribbon_GTF2H282-93 aa

PF29452FAR1_N84-131 aa

PF17120zf-RING_1685-129 aa

PF12678zf-rbx187-131 aa

PF13920zf-C3HC4_387-134 aa

PF05883Baculo_RING87-115 aa

PF26148VPS18_RING_C88-117 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G021660	`PF19147`	DUF5829	60	122	0.024	15.0
TkA08G021660	`PF27618`	Zn_ribbon_GTF2H2	82	93	3.4	8.1
TkA08G021660	`PF29452`	FAR1_N	84	131	0.00058	20.5
TkA08G021660	`PF17120`	zf-RING_16	85	129	0.09	13.1
TkA08G021660	`PF12678`	zf-rbx1	87	131	4.6e-06	27.5
TkA08G021660	`PF13920`	zf-C3HC4_3	87	134	1.7e-05	25.3
TkA08G021660	`PF05883`	Baculo_RING	87	115	0.14	12.8
TkA08G021660	`PF26148`	VPS18_RING_C	88	117	0.0035	18.1
TkA08G021660	`PF13639`	zf-RING_2	89	131	2.2e-13	50.9
TkA08G021660	`PF17123`	zf-RING_11	89	117	1.7e-10	41.1
TkA08G021660	`PF13923`	zf-C3HC4_2	89	130	1.6e-09	38.1
TkA08G021660	`PF14634`	zf-RING_5	89	132	0.00081	20.0
TkA08G021660	`PF25998`	U-box_ZFPL1	89	123	0.12	13.4
TkA08G021660	`PF11793`	FANCL_C	89	126	2.6	9.1
TkA08G021660	`PF00097`	zf-C3HC4	90	130	5.3e-07	30.1
TkA08G021660	`PF13445`	zf-RING_UBOX	90	128	4.9e-05	24.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6AVN2`	水稻	sp\|Q6AVN2\|SIRP1_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SIRP1	50.000%	Swiss-Prot	低置信

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