TkA08G016290 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G016290

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 3973356-3978807 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

546 bp · TkA08G016290|TK1151|cDNA

ATGAATCGAGGAACCACCCACATGTTCTACAAGACTCGAATGTGTCTGAAGTTTCTAGAAGGAAACTGTCCAAAAGGTGACAGTTGTACTTTTGCTCATGGCCCACAAGAATTACGCGAACCCCCACCAAATTGGCAAGAACTTGTGAAGGATAACAAAGGGCAAAACTGGAATGATGATCAGAGAATCATACACCAAATGAAGATATGTCACAAGTTTGCTAACACGGGTGAATGCCCATATGGAGAAAAATGTATATT...

CDS

下载 CDS FASTA

546 bp · TkA08G016290|TK1151|CDS

ATGAATCGAGGAACCACCCACATGTTCTACAAGACTCGAATGTGTCTGAAGTTTCTAGAAGGAAACTGTCCAAAAGGTGACAGTTGTACTTTTGCTCATGGCCCACAAGAATTACGCGAACCCCCACCAAATTGGCAAGAACTTGTGAAGGATAACAAAGGGCAAAACTGGAATGATGATCAGAGAATCATACACCAAATGAAGATATGTCACAAGTTTGCTAACACGGGTGAATGCCCATATGGAGAAAAATGTATATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

181 aa · TkA08G016290|TK1151|PROTEIN

MNRGTTHMFYKTRMCLKFLEGNCPKGDSCTFAHGPQELREPPPNWQELVKDNKGQNWNDDQRIIHQMKICHKFANTGECPYGEKCIFLHDNLAKFKAQMERTRESSVIKIQTTVDRGQPNGGRVIKVSAVQASDRRTVSEGQERRSTNAPTPVHQPEGEAKGFAKLGHRKLKGIYGDWIDD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G016290`
TK1151 ID	TkA08G016290
OH-1004 ID	LXL04_018270
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	66.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.133 / OH-1004 50.457 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G016290

位置 Chr08:3973356-3978807 (+)

描述 Similar to At3g19360: Zinc finger CCCH domain-containing protein 39

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19360`	含锌指CCCH结构域蛋白39。	暂无已核实直接文献
`At1g32360`	含锌指 CCCH 结构域的蛋白 12。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0159800`	含锌指CCCH结构域的蛋白56。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018270 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19360

dosa:Os08g0159800

osa:4344715

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.565

排名 1 · TkA08G016290 · TK1151

细胞核0.470

排名 2 · TkA08G016290 · TK1151

细胞膜0.063

排名 3 · TkA08G016290 · TK1151

线粒体0.056

排名 4 · TkA08G016290 · TK1151

内质网0.048

排名 5 · TkA08G016290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25427zf-CCCH_UNK9-41 aa

PF00642zf-CCCH10-35 aa

PF25585zf-CCCH_DUS3L11-33 aa

PF16131Torus11-33 aa

PF15663zf-CCCH_311-39 aa

PF19242Zn_finger_prot11-40 aa

PF14625Lustrin_cystein12-34 aa

PF18044zf-CCCH_413-33 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G016290	`PF25427`	zf-CCCH_UNK	9	41	8.7e-07	29.5
TkA08G016290	`PF00642`	zf-CCCH	10	35	8.6e-15	54.9
TkA08G016290	`PF25585`	zf-CCCH_DUS3L	11	33	6e-12	46.0
TkA08G016290	`PF16131`	Torus	11	33	2.7e-06	28.6
TkA08G016290	`PF15663`	zf-CCCH_3	11	39	0.045	14.7
TkA08G016290	`PF19242`	Zn_finger_prot	11	40	0.18	12.3
TkA08G016290	`PF14625`	Lustrin_cystein	12	34	0.003	18.6
TkA08G016290	`PF18044`	zf-CCCH_4	13	33	3.6e-11	43.3
TkA08G016290	`PF25584`	zf-CCCH_RBM22	13	32	0.091	13.5
TkA08G016290	`PF30043`	P113_N	13	31	0.11	13.3
TkA08G016290	`PF25261`	zf-CCCH_PARP12	14	33	0.024	15.6
TkA08G016290	`PF18345`	zf_CCCH_4	15	33	9.7e-13	48.4
TkA08G016290	`PF14608`	zf-CCCH_2	15	34	5.9e-08	33.6
TkA08G016290	`PF29991`	RIPR_EGF-like_10th	15	32	1.6	9.6
TkA08G016290	`PF25542`	zf-CCCH_12	17	35	6e-05	23.3
TkA08G016290	`PF29974`	RIPR_EGF-like_7th	20	31	0.079	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LT81`	拟南芥	sp\|Q9LT81\|C3H39_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 39	41.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LQM3`	拟南芥	sp\|Q9LQM3\|C3H12_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 12	34.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84UQ3`	水稻	sp\|Q84UQ3\|C3H56_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 56	34.300%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情