TkA08G003560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G003560

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 908671-914793 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4570 bp · TkA08G003560|TK1151|cDNA

TATCCCCCCAACCAATTACCAATTACCAATTACCAATTTACCATCTTCATCACTCTCATACTTCAATTCAATGTCAAGATATACATAGACACTGCCGACATTTTCCCTCAATCCAGTATCAGAAACAAAATGAAACAAGGATCAAGCACCAAAATTATCAACAAAAGTTTAGACTTGGAAGGGCTGTTGAGAAAATCATGGTACCGTTTACGATTATCGGTTCGTTGCCCATCTAGGGTTCCCACTTGGGATGCCATCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3819 bp · TkA08G003560|TK1151|CDS

ATGAAACAAGGATCAAGCACCAAAATTATCAACAAAAGTTTAGACTTGGAAGGGCTGTTGAGAAAATCATGGTACCGTTTACGATTATCGGTTCGTTGCCCATCTAGGGTTCCCACTTGGGATGCCATCGTTCTCACAGCGGCTAGTCCTGAACAAGCCGCACTGTACGAATGGCAGCTGAAACGAGCTATACGGATGGGTCGGATTTCAGATTCCACTGTTACTCTTGCCGTACCTGATCCGGACGGCCAGCGCATTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1272 aa · TkA08G003560|TK1151|PROTEIN

MKQGSSTKIINKSLDLEGLLRKSWYRLRLSVRCPSRVPTWDAIVLTAASPEQAALYEWQLKRAIRMGRISDSTVTLAVPDPDGQRIGSGAATLNALLALANHYRASQVANKGSYESCENEVSSSLINLIREKHILLVHAGGDSKRVPWANPMGKVFLPLPYLAGDDPDGPVPLLFDHILAISSGARQAYNNEGGLFIMTGDVLPCFDASAMVLPEDTACIISVPITLDIASNHGVIVASETGAVSPVANLLQKPSVEELT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G003560`
TK1151 ID	TkA08G003560
OH-1004 ID	LXL04_022548
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	70.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 18.553 / OH-1004 94.309 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G003560

位置 Chr08:908671-914793 (-)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g01220`	双功能酶参与挽救途径，将游离 L-岩藻糖转化为 GDP-L-岩藻糖。	A bifunctional enzyme with L-fucokinase and GDP-L-fucose pyrophosphorylase activities salvages free L-fucose in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m710078200
`At5g06370`	可能参与铅离子胁迫应答及植物螯合肽相关代谢。	The PSE1 gene modulates lead tolerance in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1093/jxb/erw251

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022548 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010288 response to lead ion 生物过程

GO:0015692 lead ion transport 生物过程

GO:0046938 phytochelatin biosynthetic process 生物过程

GO:0071284 cellular response to lead ion 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G06370

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.405

排名 1 · TkA08G003560 · TK1151

线粒体0.237

排名 2 · TkA08G003560 · TK1151

细胞核0.189

排名 3 · TkA08G003560 · TK1151

内质网0.127

排名 4 · TkA08G003560 · TK1151

过氧化物酶体0.127

排名 5 · TkA08G003560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00288GHMP_kinases_N86-105 aa

PF07959Fucose_pyrophosphorylase129-512 aa

PF25084LbH_EIF2B384-424 aa

PF00288GHMP_kinases_N768-838 aa

PF08544GHMP_kinases_C920-994 aa

PF04970LRAT1022-1174 aa

PF00288GHMP_kinases_N1179-1202 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G003560	`PF00288`	GHMP_kinases_N	86	105	5.8e-12	46.4
TkA08G003560	`PF07959`	Fucose_pyrophosphorylase	129	512	1.1e-104	351.4
TkA08G003560	`PF25084`	LbH_EIF2B	384	424	0.31	11.8
TkA08G003560	`PF00288`	GHMP_kinases_N	768	838	5.8e-12	46.4
TkA08G003560	`PF08544`	GHMP_kinases_C	920	994	1.1e-05	26.5
TkA08G003560	`PF04970`	LRAT	1022	1174	1.9e-27	96.7
TkA08G003560	`PF00288`	GHMP_kinases_N	1179	1202	5.8e-12	46.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LNJ9`	拟南芥	sp\|Q9LNJ9\|FKGP_ARATH Bifunctional fucokinase/GDP-fucose pyrophosphorylase	67.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q93V51`	拟南芥	sp\|Q93V51\|PSE1_ARATH Protein LEAD-SENSITIVE 1	52.300%	Swiss-Prot	低置信

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