TkA07G425240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G425240

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 107511780-107512369 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

444 bp · TkA07G425240|TK1151|cDNA

ATGACAGGTGGCGCAACTTACTGTGCAGTTGCATCTCTCCGGTTAATTGGATTCATTGAAGCTGACCTACTTTCTCTCTCTCAATCCTCTTCCATGATAGATGTTCAATTGCTTCTAGATTGGTGCTTACAGAGGCAAGCAGTTGATGGTGGGTTTCAAGGAAGACCCAATAAAACCAGCGACACGTGTTATGCCTTTTGGATCGGTGGAGTTTTGAGGATCTTAGGCGCTGATGAATTTATTGACGAAACTGCCCTTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

444 bp · TkA07G425240|TK1151|CDS

ATGACAGGTGGCGCAACTTACTGTGCAGTTGCATCTCTCCGGTTAATTGGATTCATTGAAGCTGACCTACTTTCTCTCTCTCAATCCTCTTCCATGATAGATGTTCAATTGCTTCTAGATTGGTGCTTACAGAGGCAAGCAGTTGATGGTGGGTTTCAAGGAAGACCCAATAAAACCAGCGACACGTGTTATGCCTTTTGGATCGGTGGAGTTTTGAGGATCTTAGGCGCTGATGAATTTATTGACGAAACTGCCCTTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

147 aa · TkA07G425240|TK1151|PROTEIN

MTGGATYCAVASLRLIGFIEADLLSLSQSSSMIDVQLLLDWCLQRQAVDGGFQGRPNKTSDTCYAFWIGGVLRILGADEFIDETALREFLLTCQSKYGGFSKFPGEFPDLYHSYYGFTAFSILKEADVNSLSVELGITYKYDVMFWV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G425240`
TK1151 ID	TkA07G425240
OH-1004 ID	LXL04_030711
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.639 / OH-1004 71.429 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G425240

位置 Chr07:107511780-107512369 (+)

描述 Similar to GGB: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39550`	催化从二甲基戊二烯焦磷酸（geranyl-geranyl pyrophosphate）向蛋白质C端倒数第四位的半胱氨酸转移一个二甲基戊二烯基团，适用于C端序列为Cys-脂肪族-脂肪族-X（CaaX）的蛋白质。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030711 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0018344 protein geranylgeranylation 生物过程

GO:0045787 positive regulation of cell cycle 生物过程

GO:0080120 CAAX-box protein maturation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005953 CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex 细胞组分

GO:0004661 protein geranylgeranyltransferase activity 分子功能

GO:0004662 CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39550

bta:509322

hsa:5229

mmu:225467

rno:81746

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.686

排名 1 · TkA07G425240 · TK1151

细胞核0.314

排名 2 · TkA07G425240 · TK1151

内质网0.097

排名 3 · TkA07G425240 · TK1151

过氧化物酶体0.095

排名 4 · TkA07G425240 · TK1151

线粒体0.067

排名 5 · TkA07G425240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00432Prenyltrans3-131 aa

PF11569Homez20-48 aa

PF28705DMAC2_N34-47 aa

PF13249SQHop_cyclase_N71-120 aa

PF28705DMAC2_N77-92 aa

PF11569Homez117-133 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G425240	`PF00432`	Prenyltrans	3	131	1.9e-43	149.8
TkA07G425240	`PF11569`	Homez	20	48	0.0008	19.8
TkA07G425240	`PF28705`	DMAC2_N	34	47	0.016	15.8
TkA07G425240	`PF13249`	SQHop_cyclase_N	71	120	0.079	12.8
TkA07G425240	`PF28705`	DMAC2_N	77	92	0.016	15.8
TkA07G425240	`PF11569`	Homez	117	133	0.0008	19.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80642`	拟南芥	sp\|O80642\|PGTB1_ARATH Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta	70.400%	Swiss-Prot	高置信

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