RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G407370
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 102457343-102459395 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1769 bp · TkA07G407370|TK1151|cDNA

TTGAGATACGTTTTCACACAAATAACAAGAACCTTCCAATTGTTCCTTTTCAATATTTATAAAACTTAAACAATTATTGCTTATTGGAGAAGTTAAATTAATAAGCTTCTTACACAAGTTTTCCCATAAACTTTCCCCATTTAAAAACCAATTTCTCTACCAATTCTTCCAAGTTGCAGACTATCTAGCTCCTTCCAAGTCCCAACCGGAGCCATGTTTTCACTCGAATCCCTCCCACCACCCAAAACCATCGTATCAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1050 bp · TkA07G407370|TK1151|CDS

ATGTTTTCACTCGAATCCCTCCCACCACCCAAAACCATCGTATCAGCCGCCGCATCCCTCACTGCCTCCGCCATCCTCTTCAGAACCATCGCTTCCGATCTCATCCCAACCGAATACATCAAGACCCTCTTCAAACGCCTCTCCGCCCAACTTACCATCGTCATCGACGAATCCGATGGCCTCACTCCCAACCAGCTCTTCGAGGCCGCCAACATTTTCTTAGCCACCAAATTATCCCCCTCCACCCACCGAATCAAAGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

349 aa · TkA07G407370|TK1151|PROTEIN

MFSLESLPPPKTIVSAAASLTASAILFRTIASDLIPTEYIKTLFKRLSAQLTIVIDESDGLTPNQLFEAANIFLATKLSPSTHRIKAIKAEKDDELTVTVDRNQPIIDFFESIQCTWVLQTEVIESDQNTKSEHKFFELCFHKKHKEVILKKYLPFVLKKSVEMKNEKKAVKLHTVDYYNGLDYWSPVVLNHPATFDSMAMDLDKKIELLEDLDMFVRRKEYYRRVGRAWKRGYLFYGPPGTGKSSLIAAMANYLKFDVY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G407370
TK1151 IDTkA07G407370
OH-1004 IDLXL04_030492
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)96.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.410 / OH-1004 76.256
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G407370
位置Chr07:102457343-102459395 (+)
描述Similar to HSR4: Protein HYPER-SENSITIVITY-RELATED 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g50930 蛋白 HYPER-SENSITIVITY-RELATED 4。 暂无已核实直接文献
At3g50940 AAA-ATP酶 At3g50940。 暂无已核实直接文献
At2g18193 AAA-ATP酶 At2g18193。 暂无已核实直接文献
At5g17760 AAA-ATP酶 At5g17760。 暂无已核实直接文献
At2g18190 AAA-ATP酶 At2g18190。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030492 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程
GO:0006950 response to stress 生物过程
GO:0009411 response to UV 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009863 salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0012501 programmed cell death 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005740 mitochondrial envelope 细胞组分
GO:0005741 mitochondrial outer membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G18190
ath:AT2G18193
ath:AT3G50930
ath:AT3G50940
ath:AT5G17760
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.276
排名 1 · TkA07G407370 · TK1151
细胞核0.198
排名 2 · TkA07G407370 · TK1151
细胞质0.177
排名 3 · TkA07G407370 · TK1151
质体0.135
排名 4 · TkA07G407370 · TK1151
内质网0.095
排名 5 · TkA07G407370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00004AAA13-65 aa
PF26379FimL_2nd22-90 aa
PF14363AAA_assoc34-119 aa
PF13401AAA_2239-71 aa
PF24883NPHP3_N39-65 aa
PF13191AAA_1644-59 aa
PF24883NPHP3_N115-137 aa
PF00519PPV_E1_C127-175 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G407370PF00004AAA13659.1e-1452.7
TkA07G407370PF26379FimL_2nd22900.212.4
TkA07G407370PF14363AAA_assoc341192.4e-1970.2
TkA07G407370PF13401AAA_2239710.0003921.5
TkA07G407370PF24883NPHP3_N39650.01815.9
TkA07G407370PF13191AAA_1644590.002319.2
TkA07G407370PF24883NPHP3_N1151370.01815.9
TkA07G407370PF00519PPV_E1_C1271750.02714.3
TkA07G407370PF20720nSTAND31401530.002818.1
TkA07G407370PF00519PPV_E1_C2202580.02714.3
TkA07G407370PF13191AAA_162222560.002319.2
TkA07G407370PF12775AAA_72312580.1312.6
TkA07G407370PF13555AAA_292322530.008716.5
TkA07G407370PF24883NPHP3_N2332560.01815.9
TkA07G407370PF00004AAA2342989.1e-1452.7
TkA07G407370PF05496RuvB_N2342920.001619.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VZG2拟南芥sp|Q8VZG2|HSR4_ARATH Protein HYPER-SENSITIVITY-RELATED 445.500%Swiss-Prot中等置信
Q147F9拟南芥sp|Q147F9|AATPC_ARATH AAA-ATPase At3g5094045.600%Swiss-Prot中等置信
Q8GW96拟南芥sp|Q8GW96|AATP3_ARATH AAA-ATPase At2g1819343.200%Swiss-Prot中等置信
Q9FN75拟南芥sp|Q9FN75|AATPI_ARATH AAA-ATPase At5g1776040.200%Swiss-Prot中等置信
F4IQG2拟南芥sp|F4IQG2|AATP2_ARATH AAA-ATPase At2g1819040.800%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看