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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G308720
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 77491001-77491900 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

849 bp · TkA07G308720|TK1151|cDNA

ATGGGGTCTTTGAAGGATCCAAAAACATGGATTCCTCGTATAAATCCAAAAGATTGTTCCAAGAAGATCTGTAACATATACTGCACAAAGTGGTGTACGTACGTCATCCTCCCTTCACCTCCGCCACCAGTACCAAAGGATGGTGCCACACTCTCACCGGCGGTAATTATTATCATTTCTCTTATCGGAAGTTTCTTGCTTTTGATGGGTTACTACGTTGTACTCTCGCGGTACTGTTCTAGAAACAATGATTCATCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

849 bp · TkA07G308720|TK1151|CDS

ATGGGGTCTTTGAAGGATCCAAAAACATGGATTCCTCGTATAAATCCAAAAGATTGTTCCAAGAAGATCTGTAACATATACTGCACAAAGTGGTGTACGTACGTCATCCTCCCTTCACCTCCGCCACCAGTACCAAAGGATGGTGCCACACTCTCACCGGCGGTAATTATTATCATTTCTCTTATCGGAAGTTTCTTGCTTTTGATGGGTTACTACGTTGTACTCTCGCGGTACTGTTCTAGAAACAATGATTCATCTGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

282 aa · TkA07G308720|TK1151|PROTEIN

MGSLKDPKTWIPRINPKDCSKKICNIYCTKWCTYVILPSPPPPVPKDGATLSPAVIIIISLIGSFLLLMGYYVVLSRYCSRNNDSSVSLNTSIEINQETHDPETGVSGKGLDEALIKSITICKYKRGDGLVSCTDCSVCLGEFQEDESIKLLPKCSHAFHVYCIDTWLKTHSNCPLCRANVCGVVKSPPLISPPPPPPPPPPPVMSRDLEERDIVAIEIGEDGQRKMRRSKSMTNLYQTRVSILAEVMFIDHAEEMAQQE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G308720
TK1151 IDTkA07G308720
OH-1004 IDLXL04_029384
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)93.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G308720
位置Chr07:77491001-77491900 (+)
描述Similar to Os04g0590900: E3 ubiquitin-protein ligase Os04g0590900
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g17600 RING-H2 指蛋白 ATL52。 暂无已核实直接文献
At4g17905 推定的RING-H2指蛋白ATL53。 暂无已核实直接文献
At3g03550 RING-H2 指蛋白 ATL51。 暂无已核实直接文献
At1g72220 RING-H2 指蛋白 ATL54。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0590900 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029384 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G72220
ath:AT3G03550
ath:AT4G17905
ath:AT5G17600
dosa:Os04g0590900
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.515
排名 1 · TkA07G308720 · TK1151
细胞核0.216
排名 2 · TkA07G308720 · TK1151
细胞质0.195
排名 3 · TkA07G308720 · TK1151
内质网0.158
排名 4 · TkA07G308720 · TK1151
溶酶体／液泡0.105
排名 5 · TkA07G308720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09814HECT_215-39 aa
PF13639zf-RING_219-31 aa
PF16101PRIMA119-45 aa
PF05308Mito_fiss_reg38-51 aa
PF15912VIR_N40-46 aa
PF17034zinc_ribbon_1692-142 aa
PF09814HECT_2117-152 aa
PF13639zf-RING_2135-178 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G308720PF09814HECT_215392.67.6
TkA07G308720PF13639zf-RING_219313.2e-1453.6
TkA07G308720PF16101PRIMA119450.5810.6
TkA07G308720PF05308Mito_fiss_reg38510.5811.0
TkA07G308720PF15912VIR_N40460.1112.6
TkA07G308720PF17034zinc_ribbon_16921421.89.5
TkA07G308720PF09814HECT_21171522.67.6
TkA07G308720PF13639zf-RING_21351783.2e-1453.6
TkA07G308720PF17123zf-RING_111351642.6e-1040.5
TkA07G308720PF14634zf-RING_51351780.0002621.6
TkA07G308720PF13923zf-C3HC4_21361775.9e-0833.1
TkA07G308720PF00097zf-C3HC41361771.1e-0629.1
TkA07G308720PF13445zf-RING_UBOX1361750.002218.6
TkA07G308720PF12906RINGv1361770.3211.9
TkA07G308720PF12861zf-ANAPC111421808.1e-0626.5
TkA07G308720PF12678zf-rbx11431783.4e-1040.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LF64拟南芥sp|Q9LF64|ATL52_ARATH RING-H2 finger protein ATL5247.900%Swiss-Prot中等置信
P0C041拟南芥sp|P0C041|ATL53_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL5342.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SRQ8拟南芥sp|Q9SRQ8|ATL51_ARATH RING-H2 finger protein ATL5141.700%Swiss-Prot中等置信
Q8LFY8拟南芥sp|Q8LFY8|ATL54_ARATH RING-H2 finger protein ATL5437.300%Swiss-Prot中等置信
Q7XLY8水稻sp|Q7XLY8|ATL41_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase Os04g059090043.600%Swiss-Prot中等置信

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