TkA07G297590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G297590

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 74732861-74737172 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2460 bp · TkA07G297590|TK1151|cDNA

TTAATACAATGCAGCCTTAAAGAAATAAAAGTTTGGAGCAACTATTGTTGTCTTTCTAAAAACCCTAAAAAAACCCCAAATATGGCAAAGCAGTAAACGACTAAACAACCAAACAAACCCGGGCGTGATAGACATGACCACCACCACCGCACACACAACCACCACCAGTTTCCGATTGGGCGAGAGTTGTTAACGCATTTCTCTCTCACCACCAGTGCGTACGAGTCTTTCTTTGTTTCGACATACATTCCAAAGCCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1605 bp · TkA07G297590|TK1151|CDS

ATGCAGTCATCATCGTCTTCATCATCGTCGTCGTCTGTAACGTTAGAAACCAATAATGCCGTCAGAATTTTATCCAAATTGACACAATTCGCATTCGATTCCAACTCTAGCTCCCTGAGTTTAGAGGGGTATTCTTCGATTCTCTCTAACTTCGTGCAGTACGACAGAAAAGTTGGGGATTTTTGGGCCGGTGGGAGAAGAAAATCATTAAAAGTGGTGGGTTCTTTGAATTCAGGAACCAGAGGCGCGTCTAGTATCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

534 aa · TkA07G297590|TK1151|PROTEIN

MQSSSSSSSSSSVTLETNNAVRILSKLTQFAFDSNSSSLSLEGYSSILSNFVQYDRKVGDFWAGGRRKSLKVVGSLNSGTRGASSINKFFNEFNKFVRFHCDKIPLGFASLKVSSGSISGLEDNGGVLENEMPLSGFESNGKKKVLILMSDTGGGHRASAEAIKWAFNEKFGDEYEVFVTDLWTDHTPWPFNQLPRSYNFLVKHGSLWRMTYYASAPRLIHQSNFAATSTFIAREVAKGLMKYRPDIIISVHPLMQHVPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G297590`
TK1151 ID	TkA07G297590
OH-1004 ID	LXL04_029291
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G297590

位置 Chr07:74732861-74737172 (+)

描述 Similar to MGD A: Probable monogalactosyldiacylglycerol synthase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g31780`	参与光合膜主要结构成分的合成。	Galactolipid deficiency and abnormal chloroplast development in the Arabidopsis MGD synthase 1 mutant.2000 · DOI: 10.1073/pnas.100132197 Two types of MGDG synthase genes, found widely in both 16:3 and 18:3 plants, differentially mediate galactolipid syntheses in photosynthetic and nonphotosynthetic tissues in Arabidopsis thaliana.2001 · DOI: 10.1073/pnas.181331498 Inducible knockdown of MONOGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL SYNTHASE1 reveals roles of galactolipids in organelle differentiation in Arabidopsis cotyledons.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.250050

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029291 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009247 glycolipid biosynthetic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0019375 galactolipid biosynthetic process 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0008194 UDP-glycosyltransferase activity 分子功能

GO:0035250 UDP-galactosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:CAB56218

ath:AT4G31780

csv:101209030

gmx:547469

nta:107787940

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.972

排名 1 · TkA07G297590 · TK1151

线粒体0.032

排名 2 · TkA07G297590 · TK1151

细胞质0.030

排名 3 · TkA07G297590 · TK1151

过氧化物酶体0.023

排名 4 · TkA07G297590 · TK1151

细胞核0.023

排名 5 · TkA07G297590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06925MGDG_synth156-324 aa

PF01787Ilar_coat159-202 aa

PF13439Glyco_transf_4183-238 aa

PF13439Glyco_transf_4233-319 aa

PF04101Glyco_tran_28_C353-449 aa

PF00534Glycos_transf_1384-487 aa

PF13692Glyco_trans_1_4386-465 aa

PF06722EryCIII-like_C406-518 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G297590	`PF06925`	MGDG_synth	156	324	7.9e-62	209.0
TkA07G297590	`PF01787`	Ilar_coat	159	202	0.3	11.6
TkA07G297590	`PF13439`	Glyco_transf_4	183	238	0.44	11.3
TkA07G297590	`PF13439`	Glyco_transf_4	233	319	0.44	11.3
TkA07G297590	`PF04101`	Glyco_tran_28_C	353	449	3e-10	41.1
TkA07G297590	`PF00534`	Glycos_transf_1	384	487	1.9e-05	25.0
TkA07G297590	`PF13692`	Glyco_trans_1_4	386	465	0.00031	21.8
TkA07G297590	`PF06722`	EryCIII-like_C	406	518	0.0041	17.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81770`	拟南芥	sp\|O81770\|MGDG1_ARATH Monogalactosyldiacylglycerol synthase 1, chloroplastic	72.700%	Swiss-Prot	高置信

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