TkA07G277980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G277980

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 69542341-69543129 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

312 bp · TkA07G277980|TK1151|cDNA

CCTCCTCCTCCTGCAAATCGACTACCCTCCGCCTCCTTCTCCGGCTACAGAACGAGCTCTTCCTTCTCCCTCACAGTCGGATTTCAGGTAATTCCATTGATTATTCTATTTCGGAGATACACAACAACCTTAGTTTCAAGATCTGTTTACATATTTGGGAAATCTTCATCTGCTGCTGGATTGACCGCCACAGTTGCAAAAGAACCAGAAACCGGAGAGTTTTGTATCGAGGCTGGTGCTCTGATGCTTGCAGACAATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

312 bp · TkA07G277980|TK1151|CDS

CCTCCTCCTCCTGCAAATCGACTACCCTCCGCCTCCTTCTCCGGCTACAGAACGAGCTCTTCCTTCTCCCTCACAGTCGGATTTCAGGTAATTCCATTGATTATTCTATTTCGGAGATACACAACAACCTTAGTTTCAAGATCTGTTTACATATTTGGGAAATCTTCATCTGCTGCTGGATTGACCGCCACAGTTGCAAAAGAACCAGAAACCGGAGAGTTTTGTATCGAGGCTGGTGCTCTGATGCTTGCAGACAATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

103 aa · TkA07G277980|TK1151|PROTEIN

PPPPANRLPSASFSGYRTSSSFSLTVGFQVIPLIILFRRYTTTLVSRSVYIFGKSSSAAGLTATVAKEPETGEFCIEAGALMLADNGVCCIDEFDKMDTSFSK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G277980`
TK1151 ID	TkA07G277980
OH-1004 ID	LXL04_003562
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 60.194 / OH-1004 7.635 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G277980

位置 Chr07:69542341-69543129 (-)

描述 Similar to MCM6: DNA replication licensing factor MCM6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g44635`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8AZX3`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献
`Os05g0235800`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003562 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0006279 premeiotic DNA replication 生物过程

GO:0030174 regulation of DNA-templated DNA replication initiation 生物过程

GO:0044786 cell cycle DNA replication 生物过程

GO:1902969 mitotic DNA replication 生物过程

GO:1902975 mitotic DNA replication initiation 生物过程

GO:0000347 THO complex 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005656 nuclear pre-replicative complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G44635

dosa:Os05g0235800

spo:2540784

xtr:548975

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.459

排名 1 · TkA07G277980 · TK1151

细胞质0.397

排名 2 · TkA07G277980 · TK1151

线粒体0.097

排名 3 · TkA07G277980 · TK1151

内质网0.077

排名 4 · TkA07G277980 · TK1151

细胞膜0.066

排名 5 · TkA07G277980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00493MCM39-100 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G277980	`PF00493`	MCM	39	100	8.3e-24	84.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KAB8`	拟南芥	sp\|F4KAB8\|MCM6_ARATH DNA replication licensing factor MCM6	85.500%	Swiss-Prot	中等置信
`B8AZX3`	水稻	sp\|B8AZX3\|MCM6_ORYSI DNA replication licensing factor MCM6	85.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6F353`	水稻	sp\|Q6F353\|MCM6_ORYSJ DNA replication licensing factor MCM6	85.500%	Swiss-Prot	中等置信

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