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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G114810
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 29772613-29774931 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1650 bp · TkA07G114810|TK1151|cDNA

GAACAGAATCCCCTTCTCGTGAAAACACACACGCACACAGTGCCATAAACTCAGAATCCGAAAACCCAATTTGTCCACCACAAAGATTAAATGGAAACCTAATTCCAAGAAATTTATCGATTTCTTTGCAGTCCAGTATTATATGACGATCTCCATGTCAATGTAACGCAGCATTATCTGAAGTAAGTTTCTTACAGATTTCATTGATTCATTCCCTTTCCGTGTTTCAAGAAATGGACGAAGAAGAATTACAGAAGCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1233 bp · TkA07G114810|TK1151|CDS

ATGGACGAAGAAGAATTACAGAAGCGATTCACTGATTGCGTCTATTTCTTAGCCTCTCCTCTCACTTGCAAGAAGGGAATTGAATGTGAATACCGGCATAGTGAGATTGCAAGGCTGAACCCTAGAGACTGCTGGTATTGGTTGGGAGGATGCTGTTTCAATCCCGATTGTGCTTTCAGACATCCTCCATTAGAAGGATTCAAGGAAGCATACCATGAACCTTCTAATCTCAACATTCCTCCTGCTTTACCTACAGACAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

410 aa · TkA07G114810|TK1151|PROTEIN

MDEEELQKRFTDCVYFLASPLTCKKGIECEYRHSEIARLNPRDCWYWLGGCCFNPDCAFRHPPLEGFKEAYHEPSNLNIPPALPTDKSHKSNIPCYFYSKGFCNKGDKCSFLHGNADVIPPLKPSKPTSMVNNIPLLSEKKSSAESQTGSPPVKPHPNPPEPTQIDHTDTIRKHTEDESQQEISTEEESQEESREDSQESESESGDVSNSVDLPEEFVQSESDVFNDQTSDFDLVFEERLGFDQDVDFFSDHQHEETEPI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G114810
TK1151 IDTkA07G114810
OH-1004 IDLXL04_028033
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)91.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G114810
位置Chr07:29772613-29774931 (+)
描述Similar to Os02g0831100: Zinc finger CCCH domain-containing protein 19
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g02160 含锌指CCCH结构域蛋白17。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0831100 含锌指CCCH结构域的蛋白质19。 暂无已核实直接文献
Os04g0671800 含锌指CCCH结构域的蛋白32。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028033 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程
GO:0016973 poly(A)+ mRNA export from nucleus 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0016607 nuclear speck 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G02160
dosa:Os02g0831100
dosa:Os04g0671800
dosa:Os05g0176400
hsa:9877
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.896
排名 1 · TkA07G114810 · TK1151
细胞质0.189
排名 2 · TkA07G114810 · TK1151
细胞膜0.033
排名 3 · TkA07G114810 · TK1151
内质网0.019
排名 4 · TkA07G114810 · TK1151
线粒体0.014
排名 5 · TkA07G114810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15663zf-CCCH_37-64 aa
PF14608zf-CCCH_212-33 aa
PF16131Torus12-34 aa
PF25585zf-CCCH_DUS3L12-33 aa
PF18345zf_CCCH_413-17 aa
PF23261zf-CCCH_1119-34 aa
PF00642zf-CCCH22-35 aa
PF18345zf_CCCH_422-33 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G114810PF15663zf-CCCH_37642.9e-1350.7
TkA07G114810PF14608zf-CCCH_212333.1e-0628.2
TkA07G114810PF16131Torus12340.0001622.9
TkA07G114810PF25585zf-CCCH_DUS3L12330.005117.5
TkA07G114810PF18345zf_CCCH_413170.0001222.8
TkA07G114810PF23261zf-CCCH_1119340.03814.2
TkA07G114810PF00642zf-CCCH22358.6e-0523.1
TkA07G114810PF18345zf_CCCH_422330.0001222.8
TkA07G114810PF25427zf-CCCH_UNK22340.3211.7
TkA07G114810PF25542zf-CCCH_1223360.0001522.0
TkA07G114810PF25584zf-CCCH_RBM2223322.29.1
TkA07G114810PF25584zf-CCCH_RBM2240602.29.1
TkA07G114810PF14608zf-CCCH_243623.1e-0628.2
TkA07G114810PF16131Torus44610.0001622.9
TkA07G114810PF25542zf-CCCH_1245630.0001522.0
TkA07G114810PF00642zf-CCCH49638.6e-0523.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZUM0拟南芥sp|Q9ZUM0|C3H17_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 1758.800%Swiss-Prot低置信
Q6K977水稻sp|Q6K977|C3H19_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 1953.300%Swiss-Prot低置信
Q0J952水稻sp|Q0J952|C3H32_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 3249.600%Swiss-Prot低置信

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