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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G398870
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 98829559-98832242 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1879 bp · TkA06G398870|TK1151|cDNA

CCACACCCTATCCCCTGCCTCCTAATAGTCAAGAAGACACTCCTTCCCTCACCGCTCGATTTCTCCTTCCATCTCCCCCCGTTCGCTATCCCACGACCGTTGCGTGCCCGGACCTTCCGCCATTGCCACCAACGTTAACAAGTCACCGGCCACCACCCTTAAAAGACTTCGGATATCGCCAATCTCCGCCTCCGGAGCTGTTTATTGTCGACACAAAGTTTGAACTGTTCTTCATATAGTTATGGTTCTTGCAACCATAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1512 bp · TkA06G398870|TK1151|CDS

ATGGTTCTTGCAACCATACCTTCTCCGACCGTCCCCACCACCACCACCGCCGCCCCCGCCAGTGTGAGCTACAATGAATACATCAAAACAACCAACCACCACCGTCGTCTCCTCCACTTACTTAACCAATGCACCTCCATGTCTCACCTCAAACAAATCCACGCCCAAACACTCCGAACCACCTCCACCACCAATCCCCACACGCTCTTCCTCCACAGTCGAATCCTCCATTTCTCATCTCTCCACGACCTCCACTACGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

503 aa · TkA06G398870|TK1151|PROTEIN

MVLATIPSPTVPTTTTAAPASVSYNEYIKTTNHHRRLLHLLNQCTSMSHLKQIHAQTLRTTSTTNPHTLFLHSRILHFSSLHDLHYASLFFQTHIQNANSFAWNTIIKACSKSTNNKQDAIFLYLKMISEWNVNVTPDKHTFPFVLKACAYLFAVSEGTQLHAHIIKLGLSSDVYINNSLIHFYGSCGRLKDAQDVFDEMPERTVVSWNVMIDTLVRLNEFDNAITCFRNMQTSFKPDSFTIQSILHACSGLGALSLGIW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G398870
TK1151 IDTkA06G398870
OH-1004 IDLXL04_023119
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)91.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G398870
位置Chr06:98829559-98832242 (-)
描述Similar to PCMP-H51: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g59720, chloroplastic/mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g59720 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At4g21065 含五聚肽重复的蛋白质 At4g21065。 暂无已核实直接文献
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At2g02980 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At2g03880 含五聚肽重复的蛋白At2g03880，线粒体定位。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023119 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G59720
ath:AT2G02980
ath:AT2G36730
ath:AT2G42920
ath:AT4G21065
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.605
排名 1 · TkA06G398870 · TK1151
质体0.220
排名 2 · TkA06G398870 · TK1151
细胞核0.055
排名 3 · TkA06G398870 · TK1151
细胞质0.034
排名 4 · TkA06G398870 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA06G398870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17869Cys_box16-57 aa
PF13041PPR_219-28 aa
PF17869Cys_box80-119 aa
PF29070MSC6_N82-219 aa
PF13041PPR_299-150 aa
PF12854PPR_199-109 aa
PF23276TPR_2499-125 aa
PF01535PPR102-113 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G398870PF17869Cys_box16570.02515.3
TkA06G398870PF13041PPR_219285.5e-43145.6
TkA06G398870PF17869Cys_box801190.02515.3
TkA06G398870PF29070MSC6_N822195.6e-1142.9
TkA06G398870PF13041PPR_2991505.5e-43145.6
TkA06G398870PF12854PPR_1991095.2e-2587.6
TkA06G398870PF23276TPR_24991252.1e-0834.8
TkA06G398870PF01535PPR1021133e-38128.1
TkA06G398870PF13812PPR_31021493.4e-1659.8
TkA06G398870PF17177PPR_long1052311.8e-0834.7
TkA06G398870PF07719TPR_21141270.03914.8
TkA06G398870PF13812PPR_31682143.4e-1659.8
TkA06G398870PF12854PPR_11692005.2e-2587.6
TkA06G398870PF13041PPR_21732035.5e-43145.6
TkA06G398870PF23276TPR_241732022.1e-0834.8
TkA06G398870PF01535PPR1782033e-38128.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q0WQW5拟南芥sp|Q0WQW5|PPR85_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g59720, chloroplastic/mitochondrial48.900%Swiss-Prot中等置信
A8MQA3拟南芥sp|A8MQA3|PP330_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g2106540.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LN01拟南芥sp|Q9LN01|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic35.000%Swiss-Prot中等置信
Q8LK93拟南芥sp|Q8LK93|PP145_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g02980, chloroplastic29.800%Swiss-Prot低置信
Q9SI53拟南芥sp|Q9SI53|PP147_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial33.600%Swiss-Prot中等置信

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