TkA06G346950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G346950

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 86176419-86183893 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5902 bp · TkA06G346950|TK1151|cDNA

TAGGAAGTTAGTTGTCAACTAAATCTCAAACACCAAGTTCAGTAAGTATGGGTTACCATCCATGTCCCAAACCACCAGAAATAGCCATTCGAGGGTGATAGAAAAGTTAACCCCACTTCTATATACTCGAATCGTAATCCCTAAAAGAAACAGAAGTTTCAGAAAAGGAAAAACAAAACAAGAACTGCATAAAACAATCGTAAGACACAGAAAAGTACTTGATGGTGATCATGACAGGAAGCATTCTCTGTCTAGTCATG...

CDS

下载 CDS FASTA

4995 bp · TkA06G346950|TK1151|CDS

ATGGAAGACGTGGATTCTAAATTGGAAAATGACAACTTGTCACCTGATGACATCATCAATGGAAGTTCCATTTTGAAGCGAAAAAGGAAAAAGATTCCATTGGGGGATGGCAACACAACTGATTCTTTAGCATCAGAATCACAAACAAGTACTTCATCCAAAGGGAAGTTAAAACAAGAAACCTCTTCTGATCAAACACCTGTAAAGGAAAAAGGAACCGATGGGTACTATTATGAATGTGTCGTGTGTGATCTTGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1664 aa · TkA06G346950|TK1151|PROTEIN

MEDVDSKLENDNLSPDDIINGSSILKRKRKKIPLGDGNTTDSLASESQTSTSSKGKLKQETSSDQTPVKEKGTDGYYYECVVCDLGGDLLCCDSCPRTYHIECLDPPLEQIPIGKWKCPTCCKKDDSPESIEDLNPTSKRAKTKDASKKSKSRIKSAKKTEKKVESCEINEEKHSHKKEVVLAIESVTKSLKRKWKVPSDDVKKKPRKEHVTSSSSQVKVKQKSIKHPKAKSLSKNMGSENLDIKFKDEVERVLGCRIQA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G346950`
TK1151 ID	TkA06G346950
OH-1004 ID	LXL04_023384
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G346950

位置 Chr06:86176419-86183893 (-)

描述 Similar to CHR4: Protein CHROMATIN REMODELING 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g44800`	染色质重塑蛋白，通过组蛋白结合DNA并调控基因转录。	暂无已核实直接文献
`At2g25170`	染色质重塑因子，在种子萌发期间及萌发后抑制胚性状基因（如 NFYB9/LEC1）的表达，从而实现向萌发后生长的发育转换。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023384 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009992 intracellular water homeostasis 生物过程

GO:0035092 sperm DNA condensation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25170

ath:AT5G44800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.972

排名 1 · TkA06G346950 · TK1151

细胞质0.073

排名 2 · TkA06G346950 · TK1151

细胞膜0.024

排名 3 · TkA06G346950 · TK1151

内质网0.012

排名 4 · TkA06G346950 · TK1151

质体0.009

排名 5 · TkA06G346950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13771zf-HC5HC2H59-104 aa

PF30802zf-UBR_177-101 aa

PF00628PHD80-121 aa

PF23011PHD-1st_NSD80-121 aa

PF04851ResIII147-192 aa

PF00385Chromo249-260 aa

PF00385Chromo341-387 aa

PF23615Chromo_MIT1344-370 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G346950	`PF13771`	zf-HC5HC2H	59	104	0.23	12.4
TkA06G346950	`PF30802`	zf-UBR_1	77	101	1.4	10.1
TkA06G346950	`PF00628`	PHD	80	121	2.3e-09	37.8
TkA06G346950	`PF23011`	PHD-1st_NSD	80	121	0.012	16.4
TkA06G346950	`PF04851`	ResIII	147	192	2.2e-10	41.4
TkA06G346950	`PF00385`	Chromo	249	260	1.3e-14	54.5
TkA06G346950	`PF00385`	Chromo	341	387	1.3e-14	54.5
TkA06G346950	`PF23615`	Chromo_MIT1	344	370	0.0054	17.9
TkA06G346950	`PF00385`	Chromo	414	450	1.3e-14	54.5
TkA06G346950	`PF23615`	Chromo_MIT1	414	435	0.0054	17.9
TkA06G346950	`PF04851`	ResIII	487	652	2.2e-10	41.4
TkA06G346950	`PF00270`	DEAD	489	653	7.7e-06	26.5
TkA06G346950	`PF00176`	SNF2-rel_dom	490	776	3.7e-79	266.5
TkA06G346950	`PF11496`	HDA2-3	721	947	4.2e-12	46.5
TkA06G346950	`PF00271`	Helicase_C	802	916	2.8e-23	83.0
TkA06G346950	`PF06465`	DUF1087	1079	1124	4.2e-07	30.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KBP5`	拟南芥	sp\|F4KBP5\|CHR4_ARATH Protein CHROMATIN REMODELING 4	45.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9S775`	拟南芥	sp\|Q9S775\|PKL_ARATH CHD3-type chromatin-remodeling factor PICKLE	41.300%	Swiss-Prot	低置信

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