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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G202260
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 52547690-52550248 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1270 bp · TkA06G202260|TK1151|cDNA

AAGAACTCACGCTTTTCACACACACTCCTCTCCTTCTTATATCCACCACCAACTCATACTATTCCGGTCATCGGTCCATCTCTAGGGTTTCCAATGGCATATGGCCGTACTGACGCACGCAGACACATGTTCGATGGCGGTGTCAACTTTATCTCCGACCAAAACCCTCACACTGGTTATCAACAGCATCCGCCTCAACGATTTTCCAATGTCGGGATTCATGAATCGATGCGCCATGATTTTGTTCCTGGTGGTTATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1032 bp · TkA06G202260|TK1151|CDS

AAGAACTCACGCTTTTCACACACACTCCTCTCCTTCTTATATCCACCACCAACTCATACTATTCCGGTCATCGGTCCATCTCTAGGGTTTCCAATGGCATATGGCCGTACTGACGCACGCAGACACATGTTCGATGGCGGTGTCAACTTTATCTCCGACCAAAACCCTCACACTGGTTATCAACAGCATCCGCCTCAACGATTTTCCAATGTCGGGATTCATGAATCGATGCGCCATGATTTTGTTCCTGGTGGTTATGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

343 aa · TkA06G202260|TK1151|PROTEIN

KNSRFSHTLLSFLYPPPTHTIPVIGPSLGFPMAYGRTDARRHMFDGGVNFISDQNPHTGYQQHPPQRFSNVGIHESMRHDFVPGGYGNWSRNFSMQQYYPLPKSDKVCLVFTHTGFCSFRDRCRFRHPTPENAQVDAEENKGKPSETESEKSRPVIPCKFYPTGVCKNGEKCKFDHSITEFKQIFNIMGLPIRLGEQDCSFYMRNGTCNFGKSCKFHHPDPIIYHEPDQAYEDYFEYENGASGFTDGEYGIGYPDPNQRY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G202260
TK1151 IDTkA06G202260
OH-1004 IDLXL04_023875
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 89.213 / OH-1004 97.764
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G202260
位置Chr06:52547690-52550248 (-)
描述Similar to At3g48440: Zinc finger CCCH domain-containing protein 43
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g48440 含锌指CCCH结构域的蛋白 43。 暂无已核实直接文献
At3g12680 参与花发育。
HUA1, a regulator of stamen and carpel identities in Arabidopsis, codes for a nuclear RNA binding protein.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010201
Two RNA binding proteins, HEN4 and HUA1, act in the processing of AGAMOUS pre-mRNA in Arabidopsis thaliana.2003 · DOI: 10.1016/s1534-5807(02)00399-4
At5g63260 含锌指CCCH结构域的蛋白67。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0616400 含锌指CCCH结构域的蛋白8。 暂无已核实直接文献
Os11g0472000 含锌指CCCH结构域蛋白63。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023875 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004518 nuclease activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0016787 hydrolase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G04990
ath:AT3G48440
ath:AT5G63260
dosa:Os01g0258700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.600
排名 1 · TkA06G202260 · TK1151
细胞质0.481
排名 2 · TkA06G202260 · TK1151
内质网0.040
排名 3 · TkA06G202260 · TK1151
细胞膜0.040
排名 4 · TkA06G202260 · TK1151
线粒体0.028
排名 5 · TkA06G202260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25585zf-CCCH_DUS3L4-13 aa
PF18044zf-CCCH_44-7 aa
PF16131Torus104-136 aa
PF08119Toxin_31104-112 aa
PF25585zf-CCCH_DUS3L106-127 aa
PF15663zf-CCCH_3107-127 aa
PF22623zf-CCCH_9108-127 aa
PF25261zf-CCCH_PARP12108-127 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G202260PF25585zf-CCCH_DUS3L4139.2e-1142.2
TkA06G202260PF18044zf-CCCH_4474.4e-0730.2
TkA06G202260PF16131Torus1041365e-0937.4
TkA06G202260PF08119Toxin_311041124.67.8
TkA06G202260PF25585zf-CCCH_DUS3L1061279.2e-1142.2
TkA06G202260PF15663zf-CCCH_31071270.001819.2
TkA06G202260PF22623zf-CCCH_91081270.01815.5
TkA06G202260PF25261zf-CCCH_PARP121081270.08613.8
TkA06G202260PF18044zf-CCCH_41111284.4e-0730.2
TkA06G202260PF00642zf-CCCH1131288.3e-1761.4
TkA06G202260PF18345zf_CCCH_41131273.1e-0937.3
TkA06G202260PF25542zf-CCCH_121141270.003717.6
TkA06G202260PF14608zf-CCCH_21151282.3e-0834.9
TkA06G202260PF25584zf-CCCH_RBM221151261.49.7
TkA06G202260PF23261zf-CCCH_111161271.98.8
TkA06G202260PF29102Su_sable_N1171320.002219.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9STM4拟南芥sp|Q9STM4|C3H43_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 4369.000%Swiss-Prot低置信
Q941Q3拟南芥sp|Q941Q3|C3H37_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 3743.600%Swiss-Prot低置信
Q5RJC5拟南芥sp|Q5RJC5|C3H67_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 6757.600%Swiss-Prot低置信
Q5ZDJ6水稻sp|Q5ZDJ6|C3H8_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 830.500%Swiss-Prot低置信
Q2R4J4水稻sp|Q2R4J4|C3H63_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 6365.500%Swiss-Prot低置信

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