TkA06G125140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G125140

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 32565435-32567741 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1623 bp · TkA06G125140|TK1151|cDNA

AAAAGTAATAACAACACGCACATTCCTCTATTAAAAGATCCATAAATAAAATAGCCACGTATTACCCTTTTAAAGACAACACACACACATTCCTCTGTTTTACGAAGAAAGACAAAAATGGCGTCTCGAAATTTCCCGGAGATGCCCACGCCGTCGTCTCTGCTGTCGGCGTACGCCTCAATGTCAACGTCAATCATGCTCTTCCGGACAATGTTTGACCAGCTCTTCCCCAGACACCTCCGACGCTACGTCTTAGACGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1434 bp · TkA06G125140|TK1151|CDS

ATGGCGTCTCGAAATTTCCCGGAGATGCCCACGCCGTCGTCTCTGCTGTCGGCGTACGCCTCAATGTCAACGTCAATCATGCTCTTCCGGACAATGTTTGACCAGCTCTTCCCCAGACACCTCCGACGCTACGTCTTAGACGCCGTCCGATTCTACTGGAAACCAAAATCCTCAAACCTCACTCTCGTCTTCGAGGAGAAAGATGGCATGACCATAAACCATATGTACAATGTCGCCGAAGCCTTCCTATGTTCCCAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

477 aa · TkA06G125140|TK1151|PROTEIN

MASRNFPEMPTPSSLLSAYASMSTSIMLFRTMFDQLFPRHLRRYVLDAVRFYWKPKSSNLTLVFEEKDGMTINHMYNVAEAFLCSQINPDSDRLRITKNVKEPHINIKFAESAEVVDSFEGISLTWKYVHHQQKQSPDGGGDDFVHGGGRYSGAGGSSSPERKYIELKFDKKYKEIIISSYLPLIIKKSQELENQKKVVKLHNLQSYGCGPGGSNESVNLDHPSTFETLAMDPKMKKAIIDDLDLFLRRRDFYRRVGKAW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G125140`
TK1151 ID	TkA06G125140
OH-1004 ID	LXL04_024609
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.742 / OH-1004 39.087 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G125140

位置 Chr06:32565435-32567741 (+)

描述 Similar to At2g18190: AAA-ATPase At2g18190

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g17760`	AAA-ATP酶 At5g17760。	暂无已核实直接文献
`At2g18190`	AAA-ATP酶 At2g18190。	暂无已核实直接文献
`At2g18193`	AAA-ATP酶 At2g18193。	暂无已核实直接文献
`At3g50930`	蛋白 HYPER-SENSITIVITY-RELATED 4。	暂无已核实直接文献
`At3g50940`	AAA-ATP酶 At3g50940。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024609 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18190

ath:AT2G18193

ath:AT5G17760

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.344

排名 1 · TkA06G125140 · TK1151

细胞质0.325

排名 2 · TkA06G125140 · TK1151

线粒体0.122

排名 3 · TkA06G125140 · TK1151

质体0.101

排名 4 · TkA06G125140 · TK1151

内质网0.084

排名 5 · TkA06G125140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13191AAA_1627-62 aa

PF14363AAA_assoc37-129 aa

PF14363AAA_assoc164-194 aa

PF13191AAA_16252-286 aa

PF13555AAA_29262-283 aa

PF24883NPHP3_N262-291 aa

PF12775AAA_7262-301 aa

PF00004AAA264-398 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G125140	`PF13191`	AAA_16	27	62	0.00033	21.9
TkA06G125140	`PF14363`	AAA_assoc	37	129	1.3e-16	61.5
TkA06G125140	`PF14363`	AAA_assoc	164	194	1.3e-16	61.5
TkA06G125140	`PF13191`	AAA_16	252	286	0.00033	21.9
TkA06G125140	`PF13555`	AAA_29	262	283	0.0039	17.6
TkA06G125140	`PF24883`	NPHP3_N	262	291	0.063	14.2
TkA06G125140	`PF12775`	AAA_7	262	301	0.085	13.1
TkA06G125140	`PF00004`	AAA	264	398	1.9e-18	67.9
TkA06G125140	`PF05673`	DUF815	264	320	0.0014	18.5
TkA06G125140	`PF13479`	AAA_24	264	290	0.0034	17.8
TkA06G125140	`PF05496`	RuvB_N	264	321	0.0064	17.0
TkA06G125140	`PF13086`	AAA_11	264	286	0.02	15.4
TkA06G125140	`PF13401`	AAA_22	264	306	0.059	14.4
TkA06G125140	`PF20030`	bpMoxR	264	288	0.13	12.1
TkA06G125140	`PF00308`	Bac_DnaA	264	307	0.19	12.6
TkA06G125140	`PF01078`	Mg_chelatase	264	304	0.21	11.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FN75`	拟南芥	sp\|Q9FN75\|AATPI_ARATH AAA-ATPase At5g17760	52.100%	Swiss-Prot	高置信
`F4IQG2`	拟南芥	sp\|F4IQG2\|AATP2_ARATH AAA-ATPase At2g18190	48.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GW96`	拟南芥	sp\|Q8GW96\|AATP3_ARATH AAA-ATPase At2g18193	47.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8VZG2`	拟南芥	sp\|Q8VZG2\|HSR4_ARATH Protein HYPER-SENSITIVITY-RELATED 4	46.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q147F9`	拟南芥	sp\|Q147F9\|AATPC_ARATH AAA-ATPase At3g50940	44.800%	Swiss-Prot	中等置信

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