TkA06G101660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G101660

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 27010428-27013853 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2074 bp · TkA06G101660|TK1151|cDNA

CCAATTACGAAAAGACGAGGGTGAGTAGTTGAGCACCAAACCACCAAGAACAAGCGATGTTGCCTTAGTTCACTATCGCAGAGAAGAAATGGGAGTTAAAGGTCTCTGGGATATACTAGATTCTTGCAAGAAAACCCTCCCTCTCCACCATCTCCAGAACAAGACGGTGTGCGTAGATCTATCATGTTGGATGGTTCAACTTAACAAAGTAAACCAATCACACTGTGCTCTGAAAGATAAGCTTTATCTCAAGGGTTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1848 bp · TkA06G101660|TK1151|CDS

ATGGGAGTTAAAGGTCTCTGGGATATACTAGATTCTTGCAAGAAAACCCTCCCTCTCCACCATCTCCAGAACAAGACGGTGTGCGTAGATCTATCATGTTGGATGGTTCAACTTAACAAAGTAAACCAATCACACTGTGCTCTGAAAGATAAGCTTTATCTCAAGGGTTTATTTCATCGCATCAGGGCTCTCATTGCGTTAAATTGTAGCCTCATCTTCGTCACAGATGGATCGATTCCAGGTATCAAAGTAACTACATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

615 aa · TkA06G101660|TK1151|PROTEIN

MGVKGLWDILDSCKKTLPLHHLQNKTVCVDLSCWMVQLNKVNQSHCALKDKLYLKGLFHRIRALIALNCSLIFVTDGSIPGIKVTTYRQRLHLDNEGRDESYLNKTIPLQRNMGSEFSCMIKEAKILASALGVPCLDGIEEGEAQCALLDAESLCDGCFSLDSDIFLFGARTVYRDICLGEGGYVVCYEMDDIEKKLGLGRNSLIALAVLLGCDYIPGVPRLGANLACKIVKSFSESEVLQRIASEDLSVLKKTNRAKKL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G101660`
TK1151 ID	TkA06G101660
OH-1004 ID	LXL04_006736
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 41.463 / OH-1004 82.143 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G101660

位置 Chr06:27010428-27013853 (-)

描述 Similar to SEND1: Single-strand DNA endonuclease 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q9M2Z3`	核酸内切酶，可在单链DNA和双链DNA的交叉处切开flap结构，其特定位点位于5'突出链分支点的3'方向恰好一个核苷酸位置。	暂无已核实直接文献
`At3g28030`	推测的单链DNA内切酶，参与对UV和氧化损伤DNA的核苷酸切除修复（NER）。	Arabidopsis UVH3 gene is a homolog of the Saccharomyces cerevisiae RAD2 and human XPG DNA repair genes.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01031.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0101600`	体外具有单链DNA核酸内切酶活性。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006736 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009650 UV protection 生物过程

GO:0010213 non-photoreactive DNA repair 生物过程

GO:0010824 regulation of centrosome duplication 生物过程

GO:0031297 replication fork processing 生物过程

GO:0071139 resolution of DNA recombination intermediates 生物过程

GO:0071140 resolution of mitotic recombination intermediates 生物过程

GO:0090267 positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G48900

dosa:Os08g0101600

hsa:348654

mmu:209334

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.891

排名 1 · TkA06G101660 · TK1151

细胞质0.173

排名 2 · TkA06G101660 · TK1151

线粒体0.043

排名 3 · TkA06G101660 · TK1151

细胞膜0.025

排名 4 · TkA06G101660 · TK1151

高尔基体0.011

排名 5 · TkA06G101660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00752XPG_N1-90 aa

PF00867XPG_I132-214 aa

PF013675_3_exonuc213-262 aa

PF25386Chromo_SEND1389-443 aa

PF18704Chromo_2394-414 aa

PF01393Chromo_shadow394-437 aa

PF013675_3_exonuc514-550 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G101660	`PF00752`	XPG_N	1	90	9.6e-13	49.2
TkA06G101660	`PF00867`	XPG_I	132	214	3e-20	73.1
TkA06G101660	`PF01367`	5_3_exonuc	213	262	0.038	15.2
TkA06G101660	`PF25386`	Chromo_SEND1	389	443	7.2e-31	106.5
TkA06G101660	`PF18704`	Chromo_2	394	414	0.0087	16.9
TkA06G101660	`PF01393`	Chromo_shadow	394	437	0.096	13.2
TkA06G101660	`PF01367`	5_3_exonuc	514	550	0.038	15.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2Z3`	拟南芥	sp\|Q9M2Z3\|GENL2_ARATH Single-strand DNA endonuclease 1	51.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ATY5`	拟南芥	sp\|Q9ATY5\|UVH3_ARATH DNA repair protein UVH3	33.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q8W5R1`	水稻	sp\|Q8W5R1\|GENL2_ORYSJ Single-strand DNA endonuclease 1	56.400%	Swiss-Prot	高置信

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