TkA06G078450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G078450

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 21041769-21053924 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1943 bp · TkA06G078450|TK1151|cDNA

CTCTGTTTTATATTTCATACAAGTTATTAAAGTCATACAACTTTTTATAATATAAACAGTAAAATGTTACTGTAGTGTAATCGACAAGCAGTCAAGCAGATGGTCCAAAAACGTCTTTCGAAAGTTGAAAAAAGGGTGGACGCATGAAGCAAAAATGGGGGTAAGTAAAACAACAATGGCGCACTCTCCGTTTTGTTTTTCTCCGTAGACAACGCCACATATATTCCCTCATCGTCCCCGTCGCTTCGATCGAAACCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1017 bp · TkA06G078450|TK1151|CDS

ATGGGCCCACACGAACCCTACTGGCGAACCAACACCAGCTTCTCACCTCCACCACCACGATGGGATTTCCGATTCCATTCCGATGCTCAATCCTTCGGTTCCCAAGAAGGAAGCCGGTTATACGCTTCTTCAACTTCTTCAAACAGTAGAACTAATTACTTACCAAATCATCGGCATTCTGTTTCCGATGGAATTGGGGCTTTTTTTAGTACCCCATCATCCGACTTATCTCCAAATCAACAGTGGACTCCTCCATTAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

338 aa · TkA06G078450|TK1151|PROTEIN

MGPHEPYWRTNTSFSPPPPRWDFRFHSDAQSFGSQEGSRLYASSTSSNSRTNYLPNHRHSVSDGIGAFFSTPSSDLSPNQQWTPPLIQEINPHEYANSSTSVLVPLSFSPTSQGLSVPNENRASISSTSDISDYETLSKSLTSHHNFTSRGCFMSKPVHPIERNSSGIHDSDASCDFEYSDVSEPIESESVNRSSGDKCGICERFLSQRSPWSSRRIIRSGDFPVTGVLSCRHVFHAECLDQTTPKTHKGDPCCPVCSKS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G078450`
TK1151 ID	TkA06G078450
OH-1004 ID	LXL04_025151
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G078450`
位置	Chr06:21041769-21053924 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025151` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.502

排名 1 · TkA06G078450 · TK1151

细胞质0.451

排名 2 · TkA06G078450 · TK1151

细胞膜0.145

排名 3 · TkA06G078450 · TK1151

内质网0.062

排名 4 · TkA06G078450 · TK1151

溶酶体／液泡0.043

排名 5 · TkA06G078450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23555zf-RING_Vps41191-202 aa

PF12678zf-rbx1197-257 aa

PF12861zf-ANAPC11197-259 aa

PF13639zf-RING_2198-257 aa

PF13923zf-C3HC4_2198-207 aa

PF14634zf-RING_5199-259 aa

PF00097zf-C3HC4199-257 aa

PF13445zf-RING_UBOX224-255 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G078450	`PF23555`	zf-RING_Vps41	191	202	0.0071	16.6
TkA06G078450	`PF12678`	zf-rbx1	197	257	0.00079	20.3
TkA06G078450	`PF12861`	zf-ANAPC11	197	259	3.4	8.5
TkA06G078450	`PF13639`	zf-RING_2	198	257	0.00027	21.8
TkA06G078450	`PF13923`	zf-C3HC4_2	198	207	0.29	11.7
TkA06G078450	`PF14634`	zf-RING_5	199	259	0.0019	18.8
TkA06G078450	`PF00097`	zf-C3HC4	199	257	0.0031	18.1
TkA06G078450	`PF13445`	zf-RING_UBOX	224	255	0.23	12.2
TkA06G078450	`PF29536`	PTR3_N	227	261	6.5	7.2
TkA06G078450	`PF23555`	zf-RING_Vps41	228	244	0.0071	16.6
TkA06G078450	`PF17123`	zf-RING_11	228	240	0.016	15.6
TkA06G078450	`PF13923`	zf-C3HC4_2	228	257	0.29	11.7
TkA06G078450	`PF23412`	zf_RING_Vps8	228	243	0.31	11.6
TkA06G078450	`PF23413`	zf_RING_Vps8_fungal	229	241	0.028	14.4
TkA06G078450	`PF31263`	RING_Ste5	229	265	0.3	11.7
TkA06G078450	`PF29452`	FAR1_N	229	264	3.2	8.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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