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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G077500
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 20787534-20790716 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2815 bp · TkA06G077500|TK1151|cDNA

TGACATTTTTTTTATGTTTTCACCGACAGGAGTAATTCGCAGGCAACAATCGGAACGAAACTACAGATTTTCCTTGCTACGGGGTTTTGTGTTTGCCCTCCCATGGCTGTTTCCCAATTTCGAGTCTCACGTACTTGTCAATCTTACCCTTCGCTCGCTTTATTCTTCCCTTCATAAACCCTAGAAACACAACGAATCATTTTCCCATCGCCTTTCCTATCTAAACACCTTAATCCAGATTCAATCCCTGTCGGAAATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2208 bp · TkA06G077500|TK1151|CDS

ATGAATAGTAATCACAAGAAGAGGAATTTTCAGATAGAGGCGTTCAAGCACAAAGTTGTGGTTGATCCAAAGTATGCTGATAAAACATGGAGGCTACTCGAGCATGCGATCAATGAGATTTATAATCATAATGCCAGTGGACTTAGCTTCGAAGAGCTTTACAGAAACGCCTACAACATGGTATTACACAAATTTGGGGAAAAACTATACACAGGGCTAGTATCCACCATGACTCGCCACCTCACCTCCATGTCCAAATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

735 aa · TkA06G077500|TK1151|PROTEIN

MNSNHKKRNFQIEAFKHKVVVDPKYADKTWRLLEHAINEIYNHNASGLSFEELYRNAYNMVLHKFGEKLYTGLVSTMTRHLTSMSKSIEDTHGEMFLEELNNKWTDHNKALQMIRDILMYMDRTYVPSSHKTPVHELGLNLWRDNVIHLTGIQTRLQNTLLQLIHSERTGQIINRGLMRNIVKMLTDLGPSVYQSDLETPFLEVSAGFYRVESQDFIECCECGDYLQKAERRLNEEIDRVSHYLDSRTEIKITNVVEKEM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G077500
TK1151 IDTkA06G077500
OH-1004 IDLXL04_025166
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G077500
位置Chr06:20787534-20790716 (+)
描述Similar to CUL3A: Cullin-3A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g26830 cullin-RING 泛素连接酶 或 CUL3-RBX1-BTB 蛋白 E3 连接酶复合物的组成部分，介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。
Molecular and functional characterization of Arabidopsis Cullin 3A.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02302.x
Arabidopsis has two redundant Cullin3 proteins that are essential for embryo development and that interact with RBX1 and BTB proteins to form multisubunit E3 ubiquitin ligase complexes in vivo.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.031989
Arabidopsis CUL3A and CUL3B genes are essential for normal embryogenesis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02467.x
Arabidopsis CULLIN3 genes regulate primary root growth and patterning by ethylene-dependent and -independent mechanisms.2009 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000328
At1g69670 cullin-RING 泛素连接酶 或 CUL3-RBX1-BTB 蛋白 E3 连接酶复合物的组成部分，介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。
Molecular and functional characterization of Arabidopsis Cullin 3A.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02302.x
Arabidopsis CUL3A and CUL3B genes are essential for normal embryogenesis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02467.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025166 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程
GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程
GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程
GO:0006515 protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins 生物过程
GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0006950 response to stress 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G26830
ath:AT1G69670
ddi:DDB_G0284903
mmu:26554
rno:301555
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.652
排名 1 · TkA06G077500 · TK1151
细胞核0.346
排名 2 · TkA06G077500 · TK1151
高尔基体0.092
排名 3 · TkA06G077500 · TK1151
细胞膜0.092
排名 4 · TkA06G077500 · TK1151
溶酶体／液泡0.065
排名 5 · TkA06G077500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00888Cullin30-475 aa
PF26557Cullin_AB42-54 aa
PF14966DNA_repr_REX1B53-112 aa
PF30430RecE_M82-120 aa
PF04801RPC584-157 aa
PF10537WAC_Acf1_DNA_bd258-292 aa
PF30430RecE_M278-342 aa
PF26557Cullin_AB417-433 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G077500PF00888Cullin304751.5e-160536.2
TkA06G077500PF26557Cullin_AB42543.9e-50170.2
TkA06G077500PF14966DNA_repr_REX1B531120.3112.4
TkA06G077500PF30430RecE_M821200.05114.4
TkA06G077500PF04801RPC5841570.02414.6
TkA06G077500PF10537WAC_Acf1_DNA_bd2582920.05214.7
TkA06G077500PF30430RecE_M2783420.05114.4
TkA06G077500PF26557Cullin_AB4174333.9e-50170.2
TkA06G077500PF26557Cullin_AB4976323.9e-50170.2
TkA06G077500PF04801RPC55686060.02414.6
TkA06G077500PF10537WAC_Acf1_DNA_bd6477030.05214.7
TkA06G077500PF10557Cullin_Nedd86657279.3e-2690.4
TkA06G077500PF14966DNA_repr_REX1B6806990.3112.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZVH4拟南芥sp|Q9ZVH4|CUL3A_ARATH Cullin-3A76.100%Swiss-Prot高置信
Q9C9L0拟南芥sp|Q9C9L0|CUL3B_ARATH Cullin-3B76.300%Swiss-Prot高置信

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