TkA06G072910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G072910

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 19537742-19553031 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4602 bp · TkA06G072910|TK1151|cDNA

AAATAATTATGTTCCGTGTAGACTAAAAATTCGAAACGATGCCGTAAGAACCAACAACACCATCCCGGAACAGAGCTGTTATGTTCATACAAACCGTACATGACAACCTAATCTCCGTCCCGCCATGAACACACTCGCTTCTTCTTCTTCCTCCTCCTTTATCCTCTCACCATTTTCCCTTCTAAACCCTACACTAGAAATCTCTCGATACGCTCTTCATCATTACTTCAAATTCACGATTCACTCCAGAAAGACCCTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

3513 bp · TkA06G072910|TK1151|CDS

ATGAACACACTCGCTTCTTCTTCTTCCTCCTCCTTTATCCTCTCACCATTTTCCCTTCTAAACCCTACACTAGAAATCTCTCGATACGCTCTTCATCATTACTTCAAATTCACGATTCACTCCAGAAAGACCCTCCCTTTCTGTTTTCACAGCTCCATTCAAAATCGCCAGCAAAAAACACACCAATTTCGAAGTAATTATAAGTTCCCGAAGTCAGATTTTTCAGTAGGGGAGTCTCAGGCGTCGGAGGATACCGACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1170 aa · TkA06G072910|TK1151|PROTEIN

MNTLASSSSSSFILSPFSLLNPTLEISRYALHHYFKFTIHSRKTLPFCFHSSIQNRQQKTHQFRSNYKFPKSDFSVGESQASEDTDEDDDDDEEAAEEYDVVAEFGQELEEDDEDEVESDEINDLEVDVNKSKFEEFKWQRIERIRNDVREYGDGILDVDELASVYNFRIDKFQRLAIQAFLRGSSVVVSAPTSAGKTLIAEAAAVAAVARGRRLFYTTPLKALSNQKFREFCDAFGEDNVGLLTGDSAINRDAQVLIMT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G072910`
TK1151 ID	TkA06G072910
OH-1004 ID	LXL04_025234
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.419 / OH-1004 49.799 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G072910

位置 Chr06:19537742-19553031 (-)

描述 Similar to ISE2: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH15 chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g70070`	RNA 解旋酶参与 II 组内含子剪接。	Identification of a developmental transition in plasmodesmatal function during embryogenesis in Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1242/dev.129.5.1261 INCREASED SIZE EXCLUSION LIMIT 2 encodes a putative DEVH box RNA helicase involved in plasmodesmata function during Arabidopsis embryogenesis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.045666 Loss of INCREASED SIZE EXCLUSION LIMIT (ISE)1 or ISE2 increases the formation of secondary plasmodesmata.2010 · DOI: 10.1016/j.cub.2010.03.064 The chloroplastic DEVH-box RNA helicase INCREASED SIZE EXCLUSION LIMIT 2 involved in plasmodesmata regulation is required for group II intron splicing.2016 · DOI: 10.1111/pce.12603

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025234 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程

GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010497 plasmodesmata-mediated intercellular transport 生物过程

GO:0016441 post-transcriptional gene silencing 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24190

ath:AT1G70060

ath:AT1G70070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.759

排名 1 · TkA06G072910 · TK1151

线粒体0.241

排名 2 · TkA06G072910 · TK1151

细胞核0.053

排名 3 · TkA06G072910 · TK1151

细胞质0.045

排名 4 · TkA06G072910 · TK1151

过氧化物酶体0.015

排名 5 · TkA06G072910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270DEAD172-328 aa

PF04851ResIII173-324 aa

PF01695IstB_IS21174-220 aa

PF25199nSTAND_NTPase5182-235 aa

PF13401AAA_22185-308 aa

PF22527DEXQc_Suv3190-322 aa

PF01695IstB_IS21280-295 aa

PF00271Helicase_C512-573 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G072910	`PF00270`	DEAD	172	328	8.8e-27	94.6
TkA06G072910	`PF04851`	ResIII	173	324	4.6e-09	37.1
TkA06G072910	`PF01695`	IstB_IS21	174	220	0.0032	17.8
TkA06G072910	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	182	235	0.21	12.1
TkA06G072910	`PF13401`	AAA_22	185	308	0.00033	21.7
TkA06G072910	`PF22527`	DEXQc_Suv3	190	322	1.1e-07	32.3
TkA06G072910	`PF01695`	IstB_IS21	280	295	0.0032	17.8
TkA06G072910	`PF00271`	Helicase_C	512	573	1.7e-05	25.7
TkA06G072910	`PF29465`	Hydrophobin_like	588	617	0.16	13.0
TkA06G072910	`PF22527`	DEXQc_Suv3	639	711	1.1e-07	32.3
TkA06G072910	`PF01695`	IstB_IS21	708	743	0.0032	17.8
TkA06G072910	`PF25446`	SH3_ISE2	730	912	3e-84	281.9
TkA06G072910	`PF30547`	Ski2_cyano_M	810	851	0.11	13.1
TkA06G072910	`PF08148`	DSHCT	905	935	1.6e-33	116.6
TkA06G072910	`PF08148`	DSHCT	1001	1165	1.6e-33	116.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B9DFG3`	拟南芥	sp\|B9DFG3\|ISE2_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH15 chloroplastic	68.800%	Swiss-Prot	高置信

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