TkA06G051590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G051590

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 14016197-14017163 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

369 bp · TkA06G051590|TK1151|cDNA

TACAGAACCTCAAGTAGTCAATCTTCTATTCTTGATCAAGATCAAGCCGGTCCTTCAGATCTCCAAACAGCTACAAATTCATGGAAATCAAGATTTAATGCTATTTCATTGAGATATAAGGAATCATTATCAAAGAGTACAAAAGAGCTGAAAGACAGGCTTTTCAACAAGAGTCCATCTATGTCAAACATTGGTTCAGAAGTAGACCCCTATTCAGAAGATAACAGGAGAGAAGTTGAGAATGTGTCCCAAATGATGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

369 bp · TkA06G051590|TK1151|CDS

TACAGAACCTCAAGTAGTCAATCTTCTATTCTTGATCAAGATCAAGCCGGTCCTTCAGATCTCCAAACAGCTACAAATTCATGGAAATCAAGATTTAATGCTATTTCATTGAGATATAAGGAATCATTATCAAAGAGTACAAAAGAGCTGAAAGACAGGCTTTTCAACAAGAGTCCATCTATGTCAAACATTGGTTCAGAAGTAGACCCCTATTCAGAAGATAACAGGAGAGAAGTTGAGAATGTGTCCCAAATGATGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

122 aa · TkA06G051590|TK1151|PROTEIN

YRTSSSQSSILDQDQAGPSDLQTATNSWKSRFNAISLRYKESLSKSTKELKDRLFNKSPSMSNIGSEVDPYSEDNRREVENVSQMMDQLQVQTHDENNIQQDHDHPPSTTSSPNDNNTPAAT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G051590`
TK1151 ID	TkA06G051590
OH-1004 ID	LXL04_002718
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.262 / OH-1004 56.771 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G051590

位置 Chr06:14016197-14017163 (+)

描述 Similar to RHF2A: E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22000`	E3 泛素蛋白连接酶参与配子发生进程的正向调节。	Targeted degradation of the cyclin-dependent kinase inhibitor ICK4/KRP6 by RING-type E3 ligases is essential for mitotic cell cycle progression during Arabidopsis gametogenesis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.059741

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002718 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009561 megagametogenesis 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0051603 proteolysis involved in protein catabolic process 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

GO:0055046 microgametogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G22000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.533

排名 1 · TkA06G051590 · TK1151

细胞核0.259

排名 2 · TkA06G051590 · TK1151

细胞膜0.104

排名 3 · TkA06G051590 · TK1151

线粒体0.081

排名 4 · TkA06G051590 · TK1151

内质网0.079

排名 5 · TkA06G051590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07347CI-B14_5a24-101 aa

PF21074GDH_C26-94 aa

PF02958EcKL31-100 aa

PF26285SASH1_Homeodomain38-52 aa

PF27742CTXL_M39-90 aa

PF22251PFF1_TM41-117 aa

PF26285SASH1_Homeodomain68-93 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G051590	`PF07347`	CI-B14_5a	24	101	0.0099	16.4
TkA06G051590	`PF21074`	GDH_C	26	94	0.017	15.0
TkA06G051590	`PF02958`	EcKL	31	100	0.035	14.1
TkA06G051590	`PF26285`	SASH1_Homeodomain	38	52	0.14	12.7
TkA06G051590	`PF27742`	CTXL_M	39	90	0.053	13.9
TkA06G051590	`PF22251`	PFF1_TM	41	117	0.61	10.3
TkA06G051590	`PF26285`	SASH1_Homeodomain	68	93	0.14	12.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZT42`	拟南芥	sp\|Q9ZT42\|RHF2A_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A	50.600%	Swiss-Prot	中等置信

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