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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G028080
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 7601420-7603651 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2232 bp · TkA06G028080|TK1151|cDNA

ATGTATATACTTTGCAAGAAACTTGATGATGCGAACACCATCTTCCGTCAGCTTGATTTGTTCTACGCCTCGCCATGGAATTGGATGATTAGAGGGTTCACCATGATGGGGTGTTTCAATTACGCAGTCATGGTTTATTTCAAGATGCTGGGATACGGAACTTGTCCCGATAAGTACACTTTTCCATATGTCATCAAGGCTTGTGGTCAATTAGGAGGAATTCGTTTGGTTAAATCCATTCACCAAACGATTCAAACCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2232 bp · TkA06G028080|TK1151|CDS

ATGTATATACTTTGCAAGAAACTTGATGATGCGAACACCATCTTCCGTCAGCTTGATTTGTTCTACGCCTCGCCATGGAATTGGATGATTAGAGGGTTCACCATGATGGGGTGTTTCAATTACGCAGTCATGGTTTATTTCAAGATGCTGGGATACGGAACTTGTCCCGATAAGTACACTTTTCCATATGTCATCAAGGCTTGTGGTCAATTAGGAGGAATTCGTTTGGTTAAATCCATTCACCAAACGATTCAAACCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

743 aa · TkA06G028080|TK1151|PROTEIN

MYILCKKLDDANTIFRQLDLFYASPWNWMIRGFTMMGCFNYAVMVYFKMLGYGTCPDKYTFPYVIKACGQLGGIRLVKSIHQTIQTMGFETDVYVGSSLIKLYAENGCIDNARHLFDKMPQRDDVLWNVILNGYLKHGDPKHVLSLFNQMRSSITQPGSVTYACVLSACDANIKLGTQLHGLLTKTGHVSDPQVLNTLISMYTKSQNLFDARELFNSVQEPGSVTWNVIIGGHVQNGLMEEASNLFREMISINMKPDTVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G028080
TK1151 IDTkA06G028080
OH-1004 IDLXL04_026085
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 89.626
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G028080
位置Chr06:7601420-7603651 (+)
描述Similar to PCMP-E36: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21300
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g21300 含五肽重复的蛋白 At4g21300。 暂无已核实直接文献
At3g63370 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At3g03580 含五肽重复序列的蛋白 At3g03580。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026085 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G03580
ath:AT4G21300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.630
排名 1 · TkA06G028080 · TK1151
质体0.209
排名 2 · TkA06G028080 · TK1151
细胞核0.050
排名 3 · TkA06G028080 · TK1151
细胞质0.034
排名 4 · TkA06G028080 · TK1151
过氧化物酶体0.006
排名 5 · TkA06G028080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22330Rib_mS39_PPR8-33 aa
PF13041PPR_226-68 aa
PF01535PPR26-53 aa
PF29070MSC6_N31-117 aa
PF13812PPR_342-69 aa
PF12854PPR_155-61 aa
PF23276TPR_2463-121 aa
PF01535PPR64-88 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G028080PF22330Rib_mS39_PPR8330.08213.4
TkA06G028080PF13041PPR_226684.1e-85280.4
TkA06G028080PF01535PPR26534.4e-81262.4
TkA06G028080PF29070MSC6_N311171.2e-1868.2
TkA06G028080PF13812PPR_342692.1e-29102.1
TkA06G028080PF12854PPR_155614.8e-52174.1
TkA06G028080PF23276TPR_24631217.7e-2588.1
TkA06G028080PF01535PPR64884.4e-81262.4
TkA06G028080PF17049AEP1781247.2e-0626.0
TkA06G028080PF13812PPR_3801202.1e-29102.1
TkA06G028080PF12854PPR_1921194.8e-52174.1
TkA06G028080PF13041PPR_2971224.1e-85280.4
TkA06G028080PF01535PPR971224.4e-81262.4
TkA06G028080PF17177PPR_long971224.9e-0523.5
TkA06G028080PF07719TPR_21021180.007117.1
TkA06G028080PF22330Rib_mS39_PPR1101380.08213.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9STE1拟南芥sp|Q9STE1|PP333_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g2130049.000%Swiss-Prot中等置信
Q9M1V3拟南芥sp|Q9M1V3|PP296_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic36.500%Swiss-Prot中等置信
Q9SS60拟南芥sp|Q9SS60|PP210_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0358037.000%Swiss-Prot中等置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic36.600%Swiss-Prot中等置信
Q7Y211拟南芥sp|Q7Y211|PP285_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic35.500%Swiss-Prot中等置信

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