TkA06G008920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G008920

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 2271902-2278470 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2200 bp · TkA06G008920|TK1151|cDNA

GGAATAGCTAAAAGAGTAGGGTTATATGATAGACGAAATCTTATAAGTAGCTTGTCACATTTCTTGAGTTTTGTTGAACATTTCGGAGCTAACACCCAGAGTTTTTGGAATGTTTAAGATTGCAAATATGATGTGGGCGAACAAGATTCGAATATAAAATTCAAGAAATTGGTTTTTTAGTAAACAGTTTCGTTGAATTTTTGCTATATTAAAGCCGTCAATATTGTTGGGTTCTTCTCCATAAAGACCCTACTTCCCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1782 bp · TkA06G008920|TK1151|CDS

ATGCTCTCAAGTCTCAAGTTTCAACACATAAACTCAGTACACTCATCACTCATGATCATGGTTTCAGGGTGGTGGAGAATTGTGGCTGCTGTTCTTCTCTTTCATGGAGTTTCTTTTGCTCAAACAGATCCAGGCTACAGCTTCATGTATCAAGCAACAACAGCTCCACCGGTCTCCTATTACGATTACATAATCGTTGGTGGCGGCACCGCCGGCTGTCCGTTAGCCGCCACTCTCTCCCAAAATTTCTCCGTGCTCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

593 aa · TkA06G008920|TK1151|PROTEIN

MLSSLKFQHINSVHSSLMIMVSGWWRIVAAVLLFHGVSFAQTDPGYSFMYQATTAPPVSYYDYIIVGGGTAGCPLAATLSQNFSVLLLERGGHPYGNDNITNLAAFGAALSDLSPSSPSQRFVSTDGVVNARARVLGGGSCLNAGFYTRAGADYVRLQGWDAKLVNESYKWVEDVVAFEPPLRQWQTAVRDGLVEAGIRPYNGFTYEHMFGTKVGGTIFDPNGHRHTAADLLRYANSRGLTVLLYAPVNKILFTRLGEGR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G008920`
TK1151 ID	TkA06G008920
OH-1004 ID	LXL04_026493
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.133 / OH-1004 43.969 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G008920

位置 Chr06:2271902-2278470 (-)

描述 Similar to HTH: Protein HOTHEAD

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g72970`	可能的 FAD 依赖酶。	暂无已核实直接文献
`At1g73050`	(R)-苦杏仁腈裂解酶样蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026493 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007267 cell-cell signaling 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0010430 fatty acid omega-oxidation 生物过程

GO:0046202 cyanide biosynthetic process 生物过程

GO:0050898 nitrile metabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0033095 aleurone grain 细胞组分

GO:0016614 oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors 分子功能

GO:0046593 mandelonitrile lyase activity 分子功能

GO:0050660 flavin adenine dinucleotide binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G72970

ath:AT1G73050

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.351

排名 1 · TkA06G008920 · TK1151

溶酶体／液泡0.344

排名 2 · TkA06G008920 · TK1151

细胞质0.131

排名 3 · TkA06G008920 · TK1151

内质网0.098

排名 4 · TkA06G008920 · TK1151

细胞膜0.077

排名 5 · TkA06G008920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00732GMC_oxred_N61-334 aa

PF07992Pyr_redox_261-97 aa

PF01266DAO62-258 aa

PF05834Lycopene_cycl62-97 aa

PF00890FAD_binding_262-93 aa

PF13450NAD_binding_865-96 aa

PF05199GMC_oxred_C126-137 aa

PF05199GMC_oxred_C431-575 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G008920	`PF00732`	GMC_oxred_N	61	334	3.1e-20	73.6
TkA06G008920	`PF07992`	Pyr_redox_2	61	97	0.0059	16.8
TkA06G008920	`PF01266`	DAO	62	258	3.5e-05	24.2
TkA06G008920	`PF05834`	Lycopene_cycl	62	97	0.017	14.9
TkA06G008920	`PF00890`	FAD_binding_2	62	93	0.29	11.0
TkA06G008920	`PF13450`	NAD_binding_8	65	96	0.00014	22.8
TkA06G008920	`PF05199`	GMC_oxred_C	126	137	7.4e-28	98.6
TkA06G008920	`PF05199`	GMC_oxred_C	431	575	7.4e-28	98.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S746`	拟南芥	sp\|Q9S746\|HTH_ARATH Protein HOTHEAD	55.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SSM2`	拟南芥	sp\|Q9SSM2\|MDLL_ARATH (R)-mandelonitrile lyase-like	45.600%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情