RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G466660
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 116983717-116986417 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1017 bp · TkA05G466660|TK1151|cDNA

ATGACTGAGTCCAATCAGAACCCACCTCTCCTCCATGACTACACACAACTTCTGCAACAGTCTCGCGATTCAGCTGAAGTAAAGAAACACGCTAACTTTGACCAGGAGATGCAAGAATGCGACCTCCCCCTCGTGGATCTTGGTGGATTATGGAGCGTGAATAAGGAAGAGAGGGTTTCTTGTGCTTCAGAAATATGTAAAGCGTCGTCTGAATGGGGTTTCTTTCAGATTGTCAACCATGGAATAAGCCTGGAGCTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1017 bp · TkA05G466660|TK1151|CDS

ATGACTGAGTCCAATCAGAACCCACCTCTCCTCCATGACTACACACAACTTCTGCAACAGTCTCGCGATTCAGCTGAAGTAAAGAAACACGCTAACTTTGACCAGGAGATGCAAGAATGCGACCTCCCCCTCGTGGATCTTGGTGGATTATGGAGCGTGAATAAGGAAGAGAGGGTTTCTTGTGCTTCAGAAATATGTAAAGCGTCGTCTGAATGGGGTTTCTTTCAGATTGTCAACCATGGAATAAGCCTGGAGCTTCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

338 aa · TkA05G466660|TK1151|PROTEIN

MTESNQNPPLLHDYTQLLQQSRDSAEVKKHANFDQEMQECDLPLVDLGGLWSVNKEERVSCASEICKASSEWGFFQIVNHGISLELLRRMRKLQVELFKAPFEQKVASGLLDNSYRWGNRTATCPKQLSWCEAFHVPLSKISDGTCYGEFSSVMQEYAGAMQELARSIARVLVVNMGIERSMWEDNCNESTCFMRLNRYPSCPISPEVFGLVPHTDSDFLTILHQDEHVGGLQLMKDSKWVAVKPNPDALVVNIGDLFQA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G466660
TK1151 IDTkA05G466660
OH-1004 IDLXL04_022418
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G466660
位置Chr05:116983717-116986417 (+)
描述Similar to GA2OX6: Gibberellin 2-beta-dioxygenase 6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g21200 催化赤霉素 前体的 2-β-羟基化，使其无法转化为活性 GA。
Overexpression of a novel class of gibberellin 2-oxidases decreases gibberellin levels and creates dwarf plants.2003 · DOI: 10.1105/tpc.005975
At1g50960 催化赤霉素 (GA) 前体的 2-β-羟基化，使其无法转化为活性 GA。
Overexpression of a novel class of gibberellin 2-oxidases decreases gibberellin levels and creates dwarf plants.2003 · DOI: 10.1105/tpc.005975

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0522500 催化几种生物活性赤霉素的 2-β-羟基化，导致其内源水平的稳态调节。
Activation of gibberellin 2-oxidase 6 decreases active gibberellin levels and creates a dominant semi-dwarf phenotype in rice (Oryza sativa L.).2010 · DOI: 10.1016/s1673-8527(09)60022-9
Os07g0103500 催化多种生物活性赤霉素（GAs）的 2-β 羟基化，进而调节其内源水平的稳态。
OsGA2ox5, a gibberellin metabolism enzyme, is involved in plant growth, the root gravity response and salt stress.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0087110
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022418 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009685 gibberellin metabolic process 生物过程
GO:0009686 gibberellin biosynthetic process 生物过程
GO:0010336 gibberellic acid homeostasis 生物过程
GO:0045487 gibberellin catabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016706 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity 分子功能
GO:0045543 gibberellin 2-beta-dioxygenase activity 分子功能
GO:0046872 metal ion binding 分子功能
GO:0051213 dioxygenase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G50960
ath:AT4G21200
dosa:Os04g0522500
dosa:Os07g0103500
osa:4336431
osa:4342182
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.738
排名 1 · TkA05G466660 · TK1151
细胞核0.418
排名 2 · TkA05G466660 · TK1151
内质网0.047
排名 3 · TkA05G466660 · TK1151
过氧化物酶体0.045
排名 4 · TkA05G466660 · TK1151
线粒体0.044
排名 5 · TkA05G466660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14226DIOX_N42-136 aa
PF031712OG-FeII_Oxy53-66 aa
PF14226DIOX_N155-196 aa
PF031712OG-FeII_Oxy192-290 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G466660PF14226DIOX_N421364.5e-1763.5
TkA05G466660PF031712OG-FeII_Oxy53665.6e-32110.8
TkA05G466660PF14226DIOX_N1551964.5e-1763.5
TkA05G466660PF031712OG-FeII_Oxy1922905.6e-32110.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O49561拟南芥sp|O49561|G2OX8_ARATH Gibberellin 2-beta-dioxygenase 850.200%Swiss-Prot高置信
Q9C6I4拟南芥sp|Q9C6I4|G2OX7_ARATH Gibberellin 2-beta-dioxygenase 744.100%Swiss-Prot中等置信
Q7XP65水稻sp|Q7XP65|G2OX6_ORYSJ Gibberellin 2-beta-dioxygenase 657.700%Swiss-Prot高置信
Q8LGZ9水稻sp|Q8LGZ9|G2OX5_ORYSJ Gibberellin 2-beta-dioxygenase 546.500%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看