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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G436940
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 109098842-109101508 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2496 bp · TkA05G436940|TK1151|cDNA

ATGTATCTCTACAATCTCACCCTCCAACAAGCCACCGGCATCGTCTGTGCCATCAACGGTAGCTTCTCCGGCGGTAACAAGTCCCAAGAAATAGTCGTCGCCCGCGGAAAAGTCCTCGAACTCCTACGCCCCGACGAAAACGGTAAGATCCAGACTATCCTTTCCGTTGATGTTTTCGGTGCTATTAGATCCCTAGCGCAGTTTAGGTTAACCGGTGCCCAAAAGGATTACATCGTTGTCGGTTCTGATTCCGGCCGTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2496 bp · TkA05G436940|TK1151|CDS

ATGTATCTCTACAATCTCACCCTCCAACAAGCCACCGGCATCGTCTGTGCCATCAACGGTAGCTTCTCCGGCGGTAACAAGTCCCAAGAAATAGTCGTCGCCCGCGGAAAAGTCCTCGAACTCCTACGCCCCGACGAAAACGGTAAGATCCAGACTATCCTTTCCGTTGATGTTTTCGGTGCTATTAGATCCCTAGCGCAGTTTAGGTTAACCGGTGCCCAAAAGGATTACATCGTTGTCGGTTCTGATTCCGGCCGTAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

831 aa · TkA05G436940|TK1151|PROTEIN

MYLYNLTLQQATGIVCAINGSFSGGNKSQEIVVARGKVLELLRPDENGKIQTILSVDVFGAIRSLAQFRLTGAQKDYIVVGSDSGRIVILEYNKEKNVFDKIHQETFGKSGSRRIVPGQYLAIDPKGRAVMIGACEKQKLVYVLNRDTAARLTISSPLEAHKSHTITYSITGVDCGFDNPIFAAIELDYSEADQDSTGQAANEAQKHLTFYELDLGLNHVSRKWSEQVDNGANMLVTVPGGGDGPSGVLVCAENFVIYKN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G436940
TK1151 IDTkA05G436940
OH-1004 IDLXL04_021981
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)90.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.278 / OH-1004 72.772
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G436940
位置Chr05:109098842-109101508 (+)
描述Similar to SAP130B: Spliceosome-associated protein 130 B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g55200 剪接因子SF3B的亚基，该因子通过U2 snRNP稳定结合到pre-mRNA中的分支点序列（BPS）形成'A'复合物装配所必需。
AtSAP130/AtSF3b-3 function is required for reproduction in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr077
At3g55220 剪接因子SF3B的亚基，该因子通过U2 snRNP稳定结合到pre-mRNA中的分支点序列（BPS）形成'A'复合物装配所必需。
AtSAP130/AtSF3b-3 function is required for reproduction in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr077

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021981 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程
GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程
GO:0000388 spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) 生物过程
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009846 pollen germination 生物过程
GO:0042177 negative regulation of protein catabolic process 生物过程
GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0048481 plant ovule development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G55200
ath:AT3G55220
bta:504962
hsa:23450
mmu:101943
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.769
排名 1 · TkA05G436940 · TK1151
细胞质0.286
排名 2 · TkA05G436940 · TK1151
内质网0.038
排名 3 · TkA05G436940 · TK1151
细胞膜0.035
排名 4 · TkA05G436940 · TK1151
溶酶体／液泡0.031
排名 5 · TkA05G436940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10433Beta-prop_RSE1_1st14-317 aa
PF23743Beta-prop_BBS725-104 aa
PF23726Beta-prop_RSE1_2nd30-261 aa
PF23748Beta-prop_LRRK261-96 aa
PF14727PHTB1_N67-96 aa
PF25175Beta-prop_WDR572-103 aa
PF23414Beta-prop_EML_273-162 aa
PF24796WDR5574-143 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G436940PF10433Beta-prop_RSE1_1st143172.4e-101340.0
TkA05G436940PF23743Beta-prop_BBS7251040.000122.4
TkA05G436940PF23726Beta-prop_RSE1_2nd302616.1e-75253.3
TkA05G436940PF23748Beta-prop_LRRK261960.3510.5
TkA05G436940PF14727PHTB1_N67960.2211.9
TkA05G436940PF25175Beta-prop_WDR5721030.05813.4
TkA05G436940PF23414Beta-prop_EML_2731620.0001921.6
TkA05G436940PF24796WDR55741430.1312.0
TkA05G436940PF00400WD4076880.08114.3
TkA05G436940PF25174Beta-prop_THOC31181340.1112.3
TkA05G436940PF00400WD401621830.08114.3
TkA05G436940PF10433Beta-prop_RSE1_1st3183382.4e-101340.0
TkA05G436940PF23726Beta-prop_RSE1_2nd4186776.1e-75253.3
TkA05G436940PF10433Beta-prop_RSE1_1st5145972.4e-101340.0
TkA05G436940PF23414Beta-prop_EML_25155940.0001921.6
TkA05G436940PF23743Beta-prop_BBS75225980.000122.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P0DKL4拟南芥sp|P0DKL4|S130A_ARATH Spliceosome-associated protein 130 A78.100%Swiss-Prot高置信
P0DKL6拟南芥sp|P0DKL6|S130B_ARATH Spliceosome-associated protein 130 B78.100%Swiss-Prot高置信

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