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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G416440
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 103635470-103636384 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

915 bp · TkA05G416440|TK1151|cDNA

ATGATAGAAGCCCGCGGGTTTTTGAAATCAATCGCCCGCTTAATAGACGACTGCAAAAACATCAAACACCTGAAACAAATCCATTCCCAAATCATAACATCACCATACTTCTCCAAATCCGATCACCTCTTACTCATTTCTCGCGTCATCTTCTTCTGCACTGTTACATCTCCCGGTTCTTTCAATTACGCTGCTCGTGTTTTTCAAGCAACAGAAAATCCCAATCTCTTTATCTACAACGCCATGATCAGATCATACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

915 bp · TkA05G416440|TK1151|CDS

ATGATAGAAGCCCGCGGGTTTTTGAAATCAATCGCCCGCTTAATAGACGACTGCAAAAACATCAAACACCTGAAACAAATCCATTCCCAAATCATAACATCACCATACTTCTCCAAATCCGATCACCTCTTACTCATTTCTCGCGTCATCTTCTTCTGCACTGTTACATCTCCCGGTTCTTTCAATTACGCTGCTCGTGTTTTTCAAGCAACAGAAAATCCCAATCTCTTTATCTACAACGCCATGATCAGATCATACTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

305 aa · TkA05G416440|TK1151|PROTEIN

MIEARGFLKSIARLIDDCKNIKHLKQIHSQIITSPYFSKSDHLLLISRVIFFCTVTSPGSFNYAARVFQATENPNLFIYNAMIRSYSNKNETPHSSMVLYKQMLLDSIVPDCITLPFLMKECTTRPDFISGQTIHAHSIKFGFADDVYVGNSMINFYSACGVLTRARKVFDEMSRRDIVSWNSIITGCLRHMELDSGVELFTKMDKKNIITWNTIIIGLVHGNRPKPAIDFFNKMVASRNNNTIHPDKITLASVISACAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G416440
TK1151 IDTkA05G416440
OH-1004 IDLXL04_021698
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)96.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 57.331
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G416440
位置Chr05:103635470-103636384 (-)
描述Similar to PCMP-H61: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g59720 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At3g22690 含五节重复序列蛋白At3g22690。 暂无已核实直接文献
At5g06540 含五肽重复序列的蛋白 At5g06540。 暂无已核实直接文献
At3g05240 推定含有五个三肽重复序列的蛋白 At3g05240。 暂无已核实直接文献
At2g36730 含五重复肽的蛋白At2g36730。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021698 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G42920
ath:AT3G62890
ath:AT5G06540
ath:AT5G48910
ath:AT5G66520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.681
排名 1 · TkA05G416440 · TK1151
质体0.144
排名 2 · TkA05G416440 · TK1151
细胞核0.040
排名 3 · TkA05G416440 · TK1151
细胞质0.034
排名 4 · TkA05G416440 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA05G416440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22330Rib_mS39_PPR62-85 aa
PF12854PPR_173-86 aa
PF13041PPR_274-122 aa
PF13812PPR_374-121 aa
PF29070MSC6_N74-88 aa
PF01535PPR78-91 aa
PF12854PPR_1108-114 aa
PF13812PPR_3143-174 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G416440PF22330Rib_mS39_PPR62850.2212.0
TkA05G416440PF12854PPR_173862.5e-1556.6
TkA05G416440PF13041PPR_2741222.9e-2795.2
TkA05G416440PF13812PPR_3741216.7e-0730.0
TkA05G416440PF29070MSC6_N74880.08412.7
TkA05G416440PF01535PPR78911.6e-2588.2
TkA05G416440PF12854PPR_11081142.5e-1556.6
TkA05G416440PF13812PPR_31431746.7e-0730.0
TkA05G416440PF13041PPR_21461782.9e-2795.2
TkA05G416440PF01535PPR1511781.6e-2588.2
TkA05G416440PF12854PPR_11511742.5e-1556.6
TkA05G416440PF29070MSC6_N1511850.08412.7
TkA05G416440PF22330Rib_mS39_PPR1661920.2212.0
TkA05G416440PF13812PPR_31692166.7e-0730.0
TkA05G416440PF13041PPR_21762092.9e-2795.2
TkA05G416440PF12854PPR_11772042.5e-1556.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q0WQW5拟南芥sp|Q0WQW5|PPR85_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g59720, chloroplastic/mitochondrial31.800%Swiss-Prot中等置信
Q9LUJ2拟南芥sp|Q9LUJ2|PP249_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2269030.200%Swiss-Prot中等置信
Q9FG16拟南芥sp|Q9FG16|PP367_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0654039.100%Swiss-Prot中等置信
Q9MA95拟南芥sp|Q9MA95|PP214_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0524025.000%Swiss-Prot低置信
Q9ZQA1拟南芥sp|Q9ZQA1|PP188_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g3673030.200%Swiss-Prot中等置信

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