TkA05G358060 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G358060

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 88861849-88862947 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

780 bp · TkA05G358060|TK1151|cDNA

ATGATTCAGATTTTCAAAGACGGTCGAATCCATAAATTTCACGTTCCCAATATTGTTCCCGTCGGCATCGATCCTTCCTCCGGCGTCAATTCCAAAGACGTCGTTCTTTCACCACAAACCAACATCTCTGCTAGGCTTTATGTTCCAAAAATCCCACCCACCCACCAAAAACTCCCGCTTCTAATCTTCTATCACGGCGAAGCCAACGTCGTCGCCGTCTCCGTCGACTACAGACTTGCGCCGGAGTTTCCCCTCCCGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

780 bp · TkA05G358060|TK1151|CDS

ATGATTCAGATTTTCAAAGACGGTCGAATCCATAAATTTCACGTTCCCAATATTGTTCCCGTCGGCATCGATCCTTCCTCCGGCGTCAATTCCAAAGACGTCGTTCTTTCACCACAAACCAACATCTCTGCTAGGCTTTATGTTCCAAAAATCCCACCCACCCACCAAAAACTCCCGCTTCTAATCTTCTATCACGGCGAAGCCAACGTCGTCGCCGTCTCCGTCGACTACAGACTTGCGCCGGAGTTTCCCCTCCCGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

259 aa · TkA05G358060|TK1151|PROTEIN

MIQIFKDGRIHKFHVPNIVPVGIDPSSGVNSKDVVLSPQTNISARLYVPKIPPTHQKLPLLIFYHGEANVVAVSVDYRLAPEFPLPIAYEDSWEAIKWVGEHVNGNGPEPWLNEYADLQNIFLAGDSAGGNIAHHMAIRVGSDTPAGLRFQGAILLHPYFWSKERVGDESDWIKPETVVFLDDLWALVHPGSSGADDPLVNPDMDERITGMGCSKMLVCIGWKYFMRARDWNYKKVIEKSGWKGKLQVAEDEGEEHVFS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G358060`
TK1151 ID	TkA05G358060
OH-1004 ID	LXL04_038381
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	51.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.614 / OH-1004 87.179 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G358060

位置 Chr05:88861849-88862947 (-)

描述 Similar to CXE2: Probable carboxylesterase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g48690`	对不同脂肪酸链长度的酯类发挥作用的羧基酯酶。	暂无已核实直接文献
`At2g03550`	对不同脂肪酸链长度的酯类发挥作用的羧基酯酶。	暂无已核实直接文献
`At3g48700`	对不同脂肪酸链长度的酯类发挥作用的羧基酯酶。	暂无已核实直接文献
`At1g19190`	对不同脂肪酸链长度的酯类发挥作用的羧基酯酶。	暂无已核实直接文献
`At1g49660`	对不同脂肪酸链长度的酯类发挥作用的羧基酯酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038381 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009717 isoflavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009813 flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0046287 isoflavonoid metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0033987 2-hydroxyisoflavanone dehydratase activity 分子功能

GO:0106435 carboxylesterase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G47480

ath:AT2G03550

ath:AT3G48690

ath:AT3G48700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.870

排名 1 · TkA05G358060 · TK1151

细胞核0.350

排名 2 · TkA05G358060 · TK1151

内质网0.047

排名 3 · TkA05G358060 · TK1151

过氧化物酶体0.032

排名 4 · TkA05G358060 · TK1151

线粒体0.031

排名 5 · TkA05G358060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12146Hydrolase_457-72 aa

PF00135COesterase59-78 aa

PF07859Abhydrolase_367-258 aa

PF20434BD-FAE69-139 aa

PF00135COesterase69-154 aa

PF19969VMAP-M878-104 aa

PF12146Hydrolase_4119-170 aa

PF03765CRAL_TRIO_N225-237 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G358060	`PF12146`	Hydrolase_4	57	72	0.0034	17.4
TkA05G358060	`PF00135`	COesterase	59	78	0.11	12.2
TkA05G358060	`PF07859`	Abhydrolase_3	67	258	1.4e-36	126.9
TkA05G358060	`PF20434`	BD-FAE	69	139	1.5e-05	25.3
TkA05G358060	`PF00135`	COesterase	69	154	0.11	12.2
TkA05G358060	`PF19969`	VMAP-M8	78	104	0.3	12.3
TkA05G358060	`PF12146`	Hydrolase_4	119	170	0.0034	17.4
TkA05G358060	`PF03765`	CRAL_TRIO_N	225	237	0.26	12.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SMN0`	拟南芥	sp\|Q9SMN0\|CXE12_ARATH Probable carboxylesterase 12	43.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZQ91`	拟南芥	sp\|Q9ZQ91\|CXE7_ARATH Probable carboxylesterase 7	39.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SMM9`	拟南芥	sp\|Q9SMM9\|CXE13_ARATH Probable carboxylesterase 13	40.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LMA7`	拟南芥	sp\|Q9LMA7\|CXE1_ARATH Probable carboxylesterase 1	39.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FX94`	拟南芥	sp\|Q9FX94\|CXE5_ARATH Probable carboxylesterase 5	40.400%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情