TkA05G082050 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G082050

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 22222453-22223445 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

774 bp · TkA05G082050|TK1151|cDNA

ACTTAAGATTTTGGTTGACTACAGATTGTGAGTACTTACACCAAACTCACTTTCATTAAATTCACCATCGTTTTATAAACATATCACTTTTTTAAATTTTTTTAATAAAGCCCTTCTCTTGATGCAGTGGGATACAGCTGGCCAAGAGTGGGTTCGTACTATAACAAGCGAGGAGCACATGGGGATCATTGTAACAATTACTTTATCCACTTTATCATTAAATTCTCTGAAAAAAACTCCATAATTACTTTCAGTGTCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

327 bp · TkA05G082050|TK1151|CDS

ATGGAAAGCTTCAACAATGTGAAACAATGGTTAAGTGAAATTGATAGATATGCAAACGAATCAGTCTGCAAGCTTCTTGTAGGAAACAAATGCGATCTAATTGAGAACAAGGTTGTTGATACACAAACCGCGAAGGCATTTGCAGATGAGCTTGGGATCCCTTTCCTTGAGACCAGTGCAAAAGACTCGGTTAATGTGGAACAAGCTTTCTTGACAATGGCTGCTGAGATTAAGAAAAACCATTGGGTGATAAGAAATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

108 aa · TkA05G082050|TK1151|PROTEIN

MESFNNVKQWLSEIDRYANESVCKLLVGNKCDLIENKVVDTQTAKAFADELGIPFLETSAKDSVNVEQAFLTMAAEIKKNHWVIRNQGALFTLKGNQLSRRAIVVVNS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G082050`
TK1151 ID	TkA05G082050
OH-1004 ID	LXL04_020237
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.222 / OH-1004 34.653 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G082050

位置 Chr05:22222453-22223445 (+)

描述 Similar to RABD1: Ras-related protein RABD1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11730`	蛋白质运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020237 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0001675 acrosome assembly 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016477 cell migration 生物过程

GO:0019068 virion assembly 生物过程

GO:0030252 growth hormone secretion 生物过程

GO:0032402 melanosome transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G11730

mmu:19324

rno:81754

zma:542531

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.524

排名 1 · TkA05G082050 · TK1151

高尔基体0.234

排名 2 · TkA05G082050 · TK1151

细胞核0.167

排名 3 · TkA05G082050 · TK1151

内质网0.157

排名 4 · TkA05G082050 · TK1151

细胞膜0.144

排名 5 · TkA05G082050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00071Ras2-78 aa

PF08477Roc2-32 aa

PF00004AAA7-39 aa

PF29775YqxG_N38-83 aa

PF00004AAA41-66 aa

PF08477Roc72-72 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G082050	`PF00071`	Ras	2	78	7.2e-24	84.9
TkA05G082050	`PF08477`	Roc	2	32	0.0011	19.9
TkA05G082050	`PF00004`	AAA	7	39	0.061	14.5
TkA05G082050	`PF29775`	YqxG_N	38	83	0.091	13.7
TkA05G082050	`PF00004`	AAA	41	66	0.061	14.5
TkA05G082050	`PF08477`	Roc	72	72	0.0011	19.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZRE2`	拟南芥	sp\|Q9ZRE2\|RABD1_ARATH Ras-related protein RABD1	83.500%	Swiss-Prot	高置信

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