RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G003220
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 965313-967206 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

975 bp · TkA05G003220|TK1151|cDNA

GAAAGTCAGAAACCTCTTCTTCTCATCACTGTCCTAATTCCTCTACGATCGAATTTGAAAGATGGCGGAGATGGCGGTCGGCGGCGACGTTCCAACGAATAACACCATATACATCAACAATCTGAACGAGAAAACAAAACTTGATGAGTTAAAGAAATCGCTGCAAGCTGTGTTCTCGCAATTTGGCAAAATCCTGGAGATACTTGCGTTTAAAACCCTAAAACACAAGGGTCAAGCGTGGGTTGTTTTTGAGGACGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

735 bp · TkA05G003220|TK1151|CDS

ATGGCGGAGATGGCGGTCGGCGGCGACGTTCCAACGAATAACACCATATACATCAACAATCTGAACGAGAAAACAAAACTTGATGAGTTAAAGAAATCGCTGCAAGCTGTGTTCTCGCAATTTGGCAAAATCCTGGAGATACTTGCGTTTAAAACCCTAAAACACAAGGGTCAAGCGTGGGTTGTTTTTGAGGACGTTTCATCCGCCACCAGTGCCCTCAAGCAGATGCAGGGCTTTCCATTCTACGACAAACCTATGAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

244 aa · TkA05G003220|TK1151|PROTEIN

MAEMAVGGDVPTNNTIYINNLNEKTKLDELKKSLQAVFSQFGKILEILAFKTLKHKGQAWVVFEDVSSATSALKQMQGFPFYDKPMRIQYAKTKSDVIAKSDGTFVPRERRKRHEEKGKKRKGQHDGNQAAVVNQGYAGAYGGPPPLSQLPYMGGGAKSGMPEAPAPPNSILFVQKLPHQTSSMMLQMLFGQHQGFKEVRMVEAKPGIAFIEYGDEMQATVAMHSLQGFKINPDSPMLITYAKK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G003220
TK1151 IDTkA05G003220
OH-1004 IDLXL04_018896
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G003220
位置Chr05:965313-967206 (-)
描述Similar to U1A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g47580 参与核前mRNA剪接（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At1g06960 参与细胞核预mRNA剪接。 暂无已核实直接文献
At2g30260 参与细胞核预mRNA剪接。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2Y0J7 参与细胞核预mRNA剪接。 暂无已核实直接文献
Os05g0154800 参与细胞核预mRNA剪接。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018896 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000354 cis assembly of pre-catalytic spliceosome 生物过程
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009631 cold acclimation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分
GO:0005685 U1 snRNP 细胞组分
GO:0005686 U2 snRNP 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G06960
ath:AT2G30260
ath:AT2G47580
dosa:Os05g0154800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.845
排名 1 · TkA05G003220 · TK1151
细胞质0.354
排名 2 · TkA05G003220 · TK1151
细胞膜0.043
排名 3 · TkA05G003220 · TK1151
线粒体0.027
排名 4 · TkA05G003220 · TK1151
内质网0.025
排名 5 · TkA05G003220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13893RRM_511-94 aa
PF19977xRRM11-40 aa
PF15023DUF452312-77 aa
PF16842RRM_occluded14-88 aa
PF08952DUF186614-88 aa
PF25701RRM_YTH114-39 aa
PF23085RRM_PARP14_315-75 aa
PF00076RRM_116-86 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G003220PF13893RRM_511947.7e-1245.7
TkA05G003220PF19977xRRM11400.01316.4
TkA05G003220PF15023DUF452312770.08713.3
TkA05G003220PF16842RRM_occluded14880.003717.8
TkA05G003220PF08952DUF186614880.1712.5
TkA05G003220PF25701RRM_YTH114390.212.2
TkA05G003220PF23085RRM_PARP14_315750.002418.6
TkA05G003220PF00076RRM_116863.9e-2381.8
TkA05G003220PF25015RBD_AKAP-17A30460.03514.3
TkA05G003220PF28976RRM_ACIN132810.0116.6
TkA05G003220PF29326RRM_MUD2_C49912.4e-0525.0
TkA05G003220PF25015RBD_AKAP-17A571200.03514.3
TkA05G003220PF06495Transformer921690.02315.5
TkA05G003220PF19977xRRM1111240.01316.4
TkA05G003220PF13893RRM_51532327.7e-1245.7
TkA05G003220PF19977xRRM1672190.01316.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q39244拟南芥sp|Q39244|RU1A_ARATH U1 small nuclear ribonucleoprotein A67.200%Swiss-Prot高置信
Q8H1S6拟南芥sp|Q8H1S6|RU2B2_ARATH U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' 251.300%Swiss-Prot高置信
O22922拟南芥sp|O22922|RU2B1_ARATH U2 small nuclear ribonucleoprotein B''52.700%Swiss-Prot高置信
A2Y0J7水稻sp|A2Y0J7|RU1A_ORYSI U1 small nuclear ribonucleoprotein A69.900%Swiss-Prot高置信
Q0DKM4水稻sp|Q0DKM4|RU1A_ORYSJ U1 small nuclear ribonucleoprotein A69.900%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看