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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G504440
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 127408370-127410114 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1221 bp · TkA04G504440|TK1151|cDNA

ATGCGTGAAAAAGTGGAATATATGAACAACAGAAGGACACGGGTACTTAAAAAAGGGTGGATTACAAGAGAAGGAATCCAGTGTGGATGCTGTACCGAAATTCTAACTGTTTTTGAATTTGAAGAACATTCCGGAAGCAAACTTTGCAACCCGTTTGCAAATATGTTTGTTAGTGAGTCTGGGAAATCCCTAATTCAGTGTCAGATTGATGCGTGGAATAAACAAGGGGAGATGGAGCTAAATGGGTTTTATACTGTAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1221 bp · TkA04G504440|TK1151|CDS

ATGCGTGAAAAAGTGGAATATATGAACAACAGAAGGACACGGGTACTTAAAAAAGGGTGGATTACAAGAGAAGGAATCCAGTGTGGATGCTGTACCGAAATTCTAACTGTTTTTGAATTTGAAGAACATTCCGGAAGCAAACTTTGCAACCCGTTTGCAAATATGTTTGTTAGTGAGTCTGGGAAATCCCTAATTCAGTGTCAGATTGATGCGTGGAATAAACAAGGGGAGATGGAGCTAAATGGGTTTTATACTGTAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

406 aa · TkA04G504440|TK1151|PROTEIN

MREKVEYMNNRRTRVLKKGWITREGIQCGCCTEILTVFEFEEHSGSKLCNPFANMFVSESGKSLIQCQIDAWNKQGEMELNGFYTVDVDGDDPNDDTCGVCGDGGDLICCDGCPSAFHQTCLDIQMLPEGDWLCPNCSCKYCETAAVEASLVTCRLCYKKYHESCRSEPNSSNLYFCGDKCHEVYDLLQKVVGVKQELDGGYSWTLIHRSGAESLTDGQVVCNSMVAVAMSVMDECFMPFTDTKSGTNLIRNVVFNCGSN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G504440
TK1151 IDTkA04G504440
OH-1004 IDLXL04_039100
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.567 / OH-1004 44.546
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G504440
位置Chr04:127408370-127410114 (+)
描述Similar to IDM1: Increased DNA methylation 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g14980 组蛋白 H3 乙酰转移酶，在缺乏组蛋白 H3K4 二甲基化或三甲基化的染色质位点结合甲基化 DNA，并催化 H3K18 和 H3K23 乙酰化。
A histone acetyltransferase regulates active DNA demethylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1126/science.1219416
Antisilencing role of the RNA-directed DNA methylation pathway and a histone acetyltransferase in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1208557109
Regulation of active DNA demethylation by an α-crystallin domain protein in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1016/j.molcel.2014.06.008

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039100 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0006325 chromatin organization 生物过程
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程
GO:0007283 spermatogenesis 生物过程
GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程
GO:0015671 oxygen transport 生物过程
GO:0030261 chromosome condensation 生物过程
GO:0034728 nucleosome organization 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G14980
dme:Dmel_CG8103
dme:Dmel_CG9594
mmu:107932
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.609
排名 1 · TkA04G504440 · TK1151
细胞质0.420
排名 2 · TkA04G504440 · TK1151
细胞膜0.057
排名 3 · TkA04G504440 · TK1151
内质网0.043
排名 4 · TkA04G504440 · TK1151
线粒体0.032
排名 5 · TkA04G504440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16135TDBD19-70 aa
PF16744zf-RING_1521-33 aa
PF00628PHD26-32 aa
PF23209IDM1_C52-87 aa
PF00628PHD59-68 aa
PF16744zf-RING_1594-123 aa
PF23011PHD-1st_NSD95-137 aa
PF23004PHDvar_NSD97-134 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G504440PF16135TDBD19701.4e-1867.3
TkA04G504440PF16744zf-RING_1521331.010.3
TkA04G504440PF00628PHD26325.2e-0936.7
TkA04G504440PF23209IDM1_C52872.6e-58196.8
TkA04G504440PF00628PHD59685.2e-0936.7
TkA04G504440PF16744zf-RING_15941231.010.3
TkA04G504440PF23011PHD-1st_NSD951374.2e-0524.3
TkA04G504440PF23004PHDvar_NSD971341e-0526.1
TkA04G504440PF15446zf-PHD-like971230.4310.8
TkA04G504440PF00628PHD981375.2e-0936.7
TkA04G504440PF13831PHD_21071370.008216.3
TkA04G504440PF00628PHD1391775.2e-0936.7
TkA04G504440PF23004PHDvar_NSD1391671e-0526.1
TkA04G504440PF23011PHD-1st_NSD1391664.2e-0524.3
TkA04G504440PF15446zf-PHD-like1391650.4310.8
TkA04G504440PF16744zf-RING_151391671.010.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4IXE7拟南芥sp|F4IXE7|IDM1_ARATH Increased DNA methylation 139.400%Swiss-Prot中等置信

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