RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G434460
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 109557422-109558126 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

642 bp · TkA04G434460|TK1151|cDNA

ATGGCACTCGAAGCTCTCGGCTCACCGTCGGTCCGCCACCGCGACATGGATGTTCAAGAATTTTGGAACAAAGGCAAGCGTTCTAAGCGCCCAAGATCCACCACGGAAGAAGAGTACTTGGCCCTCTGCTTGATGCTGCTCGCCAACGGCAGCCCCACCGCCACCACCACCGCCACCGTGAAAGATGACTCTCCGGTGGCTTACAAGTGTAGCGTCTGCAACAAGGGGTTCTCTTCATACCAAGCACTCGGAGGACATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

642 bp · TkA04G434460|TK1151|CDS

ATGGCACTCGAAGCTCTCGGCTCACCGTCGGTCCGCCACCGCGACATGGATGTTCAAGAATTTTGGAACAAAGGCAAGCGTTCTAAGCGCCCAAGATCCACCACGGAAGAAGAGTACTTGGCCCTCTGCTTGATGCTGCTCGCCAACGGCAGCCCCACCGCCACCACCACCGCCACCGTGAAAGATGACTCTCCGGTGGCTTACAAGTGTAGCGTCTGCAACAAGGGGTTCTCTTCATACCAAGCACTCGGAGGACATAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

213 aa · TkA04G434460|TK1151|PROTEIN

MALEALGSPSVRHRDMDVQEFWNKGKRSKRPRSTTEEEYLALCLMLLANGSPTATTTATVKDDSPVAYKCSVCNKGFSSYQALGGHKASHRKNIPDDHPSTATLSTSSVLKPSGKLHECTICHRTFPTGQALGGHKRRHYDGNNHGSGVTTSDGAASSTPSQARDFDLNLPAFPEFQMGLSVDCGKRSQMLITEQEVESPLPTKKPCLSIKAE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G434460
TK1151 IDTkA04G434460
OH-1004 IDLXL04_038486
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)79.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.122 / OH-1004 83.582
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G434460
位置Chr04:109557422-109558126 (-)
描述Similar to ZAT10: Zinc finger protein ZAT10
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g27730 参与非生物应激反应的转录阻遏蛋白。
LOS2, a genetic locus required for cold-responsive gene transcription encodes a bi-functional enolase.2002 · DOI: 10.1093/emboj/21.11.2692
Gain- and loss-of-function mutations in Zat10 enhance the tolerance of plants to abiotic stress.2006 · DOI: 10.1016/j.febslet.2006.11.002
Mapping methyl jasmonate-mediated transcriptional reprogramming of metabolism and cell cycle progression in cultured Arabidopsis cells.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0711203105
Fine-tuning of early events in the jasmonate response.2008 · DOI: 10.4161/psb.3.10.5993
At5g04340 可能的转录因子，调节根部发育以及磷酸盐 获取和稳态。
Phosphate homeostasis and root development in Arabidopsis are synchronized by the zinc finger transcription factor ZAT6.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.101691
At5g43170 转录阻遏蛋白可能参与非生物胁迫反应。
Arabidopsis Cys2/His2-type zinc-finger proteins function as transcription repressors under drought, cold, and high-salinity stress conditions.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.046599
At3g19580 转录阻遏蛋白参与非生物胁迫条件下植物生长的抑制。
Functional identification of an Arabidopsis snf4 ortholog by screening for heterologous multicopy suppressors of snf4 deficiency in yeast.2000 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2000.00809.x
Arabidopsis Cys2/His2-type zinc-finger proteins function as transcription repressors under drought, cold, and high-salinity stress conditions.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.046599
Mapping methyl jasmonate-mediated transcriptional reprogramming of metabolism and cell cycle progression in cultured Arabidopsis cells.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0711203105
Arabidopsis zinc-finger protein 2 is a negative regulator of ABA signaling during seed germination.2010 · DOI: 10.1016/j.jplph.2010.05.010
Arabidopsis Cys2/His2 zinc-finger proteins AZF1 and AZF2 negatively regulate abscisic acid-repressive and auxin-inducible genes under abiotic stress conditions.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.182683
Gene network analysis and functional studies of senescence-associated genes reveal novel regulators of Arabidopsis leaf senescence.2012 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2012.01136.x
At5g67450 转录阻遏蛋白参与非生物胁迫条件下植物生长的抑制。
Arabidopsis Cys2/His2-type zinc-finger proteins function as transcription repressors under drought, cold, and high-salinity stress conditions.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.046599
Arabidopsis Cys2/His2 zinc-finger proteins AZF1 and AZF2 negatively regulate abscisic acid-repressive and auxin-inducible genes under abiotic stress conditions.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.182683

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038486 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009644 response to high light intensity 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0010117 photoprotection 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G27730
ath:AT3G19580
ath:AT5G04340
ath:AT5G43170
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.982
排名 1 · TkA04G434460 · TK1151
细胞质0.071
排名 2 · TkA04G434460 · TK1151
细胞膜0.022
排名 3 · TkA04G434460 · TK1151
内质网0.013
排名 4 · TkA04G434460 · TK1151
质体0.009
排名 5 · TkA04G434460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06377Adipokin_hormo22-35 aa
PF01155HypA33-81 aa
PF25299ZZ_ADA240-50 aa
PF25194DPC342-109 aa
PF23107Zf-C2H2_ZNF451_C61-82 aa
PF13912zf-C2H2_667-92 aa
PF13894zf-C2H2_468-90 aa
PF00096zf-C2H268-90 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G434460PF06377Adipokin_hormo22350.1813.1
TkA04G434460PF01155HypA33810.1512.8
TkA04G434460PF25299ZZ_ADA240500.01815.9
TkA04G434460PF25194DPC3421090.2811.5
TkA04G434460PF23107Zf-C2H2_ZNF451_C61820.1113.8
TkA04G434460PF13912zf-C2H2_667923.2e-2691.4
TkA04G434460PF13894zf-C2H2_468906.2e-1039.6
TkA04G434460PF00096zf-C2H268900.0001123.2
TkA04G434460PF12171zf-C2H2_jaz68900.0002421.9
TkA04G434460PF12874zf-met68910.02415.6
TkA04G434460PF23102Zf-C2H2_ZNF451_2nd68860.04214.5
TkA04G434460PF15909zf-C2H2_868920.04714.8
TkA04G434460PF12756zf-C2H2_268900.2412.4
TkA04G434460PF29496Teflon_C68770.9210.0
TkA04G434460PF13913zf-C2HC_269770.04714.1
TkA04G434460PF12756zf-C2H2_2691370.2412.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q96289拟南芥sp|Q96289|ZAT10_ARATH Zinc finger protein ZAT1038.400%Swiss-Prot中等置信
O22533拟南芥sp|O22533|ZAT6_ARATH Zinc finger protein ZAT635.300%Swiss-Prot中等置信
Q9SSW0拟南芥sp|Q9SSW0|AZF3_ARATH Zinc finger protein AZF346.400%Swiss-Prot中等置信
Q9SSW2拟南芥sp|Q9SSW2|AZF2_ARATH Zinc finger protein AZF234.000%Swiss-Prot中等置信
Q9SSW1拟南芥sp|Q9SSW1|AZF1_ARATH Zinc finger protein AZF144.700%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看