TkA04G333960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G333960

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 84326534-84332508 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2682 bp · TkA04G333960|TK1151|cDNA

TGGTTTTTTTACTTTTTATTTAAAATGTCGTCCTATGTTTTTACCACCCTCTTTCTCTGCCCTAGACAACGGCCTCTCTGTACACAATAATTCCAATAATTTCCAAGAATCGAACACCATTTTCCTGATCTCCTTCTAGAATTTCAAACCCACCATCTTCGACTCCCTGTTCCAATTCAATCCCACAAACCCTAGTTTTAGTTTTCGAGCATAATTAATCCGCAAGTCTTCCAAGAAAAACGCAAGTCCCAAGGTACTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1911 bp · TkA04G333960|TK1151|CDS

ATGGAAGATGTAGCAGCTCTTATGGAGGCCTCCGGATCCCGGTTTAGTAAATTTGAACTCATTGGAAGGGGATCGTTTGGCGATGTATATAAAGGGTTTGACAAGGAGAAGAACAAAGATGTTGCTATTAAAGTTATCGATTTGGAAGAATCCGAAGATGAAATTGAGGACATCCAGAAGGAGATAGCAGTTTTACAACAATGTCGATCTCCATATATAACTGAATATTACGGGTCTTATCTTCATAAAACTAAATTATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

636 aa · TkA04G333960|TK1151|PROTEIN

MEDVAALMEASGSRFSKFELIGRGSFGDVYKGFDKEKNKDVAIKVIDLEESEDEIEDIQKEIAVLQQCRSPYITEYYGSYLHKTKLWIIMEYMAGGSVADLIQPNQPLDEMSISCILRDLLLAIEYLHNEGKIHRDIKAANILLTENGDVKVADFGVSAQLTRTISRRKTFVGTPFWMAPEVIQNSEGYNEKADIWSLGITAIEMAKGEPPLADLHPMRVLFIIPRENPPQLDEHFSRPMKEFVSLCLKKSPSERPSAKE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G333960`
TK1151 ID	TkA04G333960
OH-1004 ID	LXL04_037684
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G333960`
位置	Chr04:84326534-84332508 (-)
描述	Similar to svkA: Serine/threonine-protein kinase svkA
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_037684` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程 GO:0006972 hyperosmotic response 生物过程 GO:0007163 establishment or maintenance of cell polarity 生物过程 GO:0007165 signal transduction 生物过程 GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程 GO:0030336 negative regulation of cell migration 生物过程 GO:0032874 positive regulation of stress-activated MAPK cascade 生物过程 GO:0032956 regulation of actin cytoskeleton organization 生物过程 GO:0034599 cellular response to oxidative stress 生物过程 GO:0035329 hippo signaling 生物过程 GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程 GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ddi:DDB_G0286359 hsa:8428 mmu:223255 mmu:59041 rno:361092 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.597

排名 1 · TkA04G333960 · TK1151

细胞膜0.319

排名 2 · TkA04G333960 · TK1151

细胞核0.243

排名 3 · TkA04G333960 · TK1151

高尔基体0.083

排名 4 · TkA04G333960 · TK1151

内质网0.045

排名 5 · TkA04G333960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03109ABC113-46 aa

PF14531Kinase-like14-62 aa

PF00069Pkinase16-267 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr19-263 aa

PF12330Haspin_kinase22-65 aa

PF21097SR_plectin_731-66 aa

PF06293Kdo35-55 aa

PF03109ABC156-165 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G333960	`PF03109`	ABC1	13	46	1.5e-08	34.9
TkA04G333960	`PF14531`	Kinase-like	14	62	0.0015	18.6
TkA04G333960	`PF00069`	Pkinase	16	267	9.4e-72	242.3
TkA04G333960	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	19	263	2e-53	182.1
TkA04G333960	`PF12330`	Haspin_kinase	22	65	0.055	13.2
TkA04G333960	`PF21097`	SR_plectin_7	31	66	1.2	10.3
TkA04G333960	`PF06293`	Kdo	35	55	0.02	15.0
TkA04G333960	`PF03109`	ABC1	56	165	1.5e-08	34.9
TkA04G333960	`PF06293`	Kdo	88	150	0.02	15.0
TkA04G333960	`PF17667`	Pkinase_fungal	115	187	8.9e-05	22.1
TkA04G333960	`PF14531`	Kinase-like	124	207	0.0015	18.6
TkA04G333960	`PF07858`	LEH	125	151	0.07	14.2
TkA04G333960	`PF12330`	Haspin_kinase	134	158	0.055	13.2
TkA04G333960	`PF27523`	PSD	262	268	0.19	12.2
TkA04G333960	`PF07858`	LEH	267	310	0.07	14.2
TkA04G333960	`PF17667`	Pkinase_fungal	316	346	8.9e-05	22.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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