TkA04G256670 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G256670

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 64930711-64931735 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

587 bp · TkA04G256670|TK1151|cDNA

TACCAGTTGACAGCACCGGCGTTGGCGCTTTTGCTGGTTTTCAGAACGGAAGCTTCGTATTCAAGGTTTGAGGAAGGGAGGAAGGCTTGGACGAAGGTGATTTCAGGGACAAATGACTTCGCTCGCCAAGTGATTGTTAGCGTGGAGACCGAATCCGTACTGAAAACGGCGATTTTGCAGTATATTTTAGCATTCCCAGTAGCTCTTAAGTGCCATATGATTCATGGATCCGATATTGGAGAAGACCTTAAGAATCTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

516 bp · TkA04G256670|TK1151|CDS

TACCAGTTGACAGCACCGGCGTTGGCGCTTTTGCTGGTTTTCAGAACGGAAGCTTCGTATTCAAGGTTTGAGGAAGGGAGGAAGGCTTGGACGAAGGTGATTTCAGGGACAAATGACTTCGCTCGCCAAGTGATTGTTAGCGTGGAGACCGAATCCGTACTGAAAACGGCGATTTTGCAGTATATTTTAGCATTCCCAGTAGCTCTTAAGTGCCATATGATTCATGGATCCGATATTGGAGAAGACCTTAAGAATCTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

171 aa · TkA04G256670|TK1151|PROTEIN

YQLTAPALALLLVFRTEASYSRFEEGRKAWTKVISGTNDFARQVIVSVETESVLKTAILQYILAFPVALKCHMIHGSDIGEDLKNLLEDDDLDLVLSSNHRPRCIIQLISQCLQLLNLESSTRTTLESKVTCFHEGIGVCEQITSIPIPLSYTRLTSRFLVLWHLTLPIIL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G256670`
TK1151 ID	TkA04G256670
OH-1004 ID	LXL04_010702
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 41.505 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G256670

位置 Chr04:64930711-64931735 (+)

描述 Similar to At3g61320: UPF0187 protein At3g61320, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45870`	电压依赖氯（Cl）通道，可能通过阴离子流入腔体参与类囊体膜上的质子驱动力（PMF）分配。	暂无已核实直接文献
`At3g61320`	电压依赖性氯通道对于质子动力在照明期间通过阴离子流入管腔在类囊体膜上的分配至关重要，因此需要在波动的光照条件下进行光保护。	A voltage-dependent chloride channel fine-tunes photosynthesis in plants.2016 · DOI: 10.1038/ncomms11654 K + and Cl - channels/transporters independently fine-tune photosynthesis in plants.2019 · DOI: 10.1038/s41598-019-44972-z

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010702 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006811 monoatomic ion transport 生物过程

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0019684 photosynthesis, light reaction 生物过程

GO:0042548 regulation of photosynthesis, light reaction 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009533 chloroplast stromal thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0034707 chloride channel complex 细胞组分

GO:0042651 thylakoid membrane 细胞组分

GO:0005247 voltage-gated chloride channel activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ana:alr2987

ath:AT2G45870

ath:AT3G61320

rso:RSc3414

syn:sll1024

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.231

排名 1 · TkA04G256670 · TK1151

细胞质0.146

排名 2 · TkA04G256670 · TK1151

细胞膜0.136

排名 3 · TkA04G256670 · TK1151

内质网0.131

排名 4 · TkA04G256670 · TK1151

线粒体0.099

排名 5 · TkA04G256670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25539Bestrophin_21-171 aa

PF30996FunZ_C8-36 aa

PF08008Viral_cys_rich17-40 aa

PF30996FunZ_C98-118 aa

PF08008Viral_cys_rich112-157 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G256670	`PF25539`	Bestrophin_2	1	171	4.7e-53	181.3
TkA04G256670	`PF30996`	FunZ_C	8	36	0.01	16.4
TkA04G256670	`PF08008`	Viral_cys_rich	17	40	0.16	12.7
TkA04G256670	`PF30996`	FunZ_C	98	118	0.01	16.4
TkA04G256670	`PF08008`	Viral_cys_rich	112	157	0.16	12.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80832`	拟南芥	sp\|O80832\|VCCN2_ARATH Voltage-dependent chloride channel 2, chloroplastic	71.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9M2D2`	拟南芥	sp\|Q9M2D2\|VCCN1_ARATH Voltage-dependent chloride channel 1, chloroplastic	70.100%	Swiss-Prot	高置信

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