RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G169740
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 43836315-43838371 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1254 bp · TkA04G169740|TK1151|cDNA

AAGAAACCAAAGATCGGACGGCTGTAGTTTCACCGAACCCGTAAAAAAGGTCAAAATTCCTTCGGATAGCCAGTTCTTCCCCCTTTCAGCCTCCCATCTTTTTTTCTCTCTCTTCTTGACGGGCAAATGCATCTGACAAACTGTGTGATCCCTTCCTACTGAAACCTTCAAATTCATCTATGGCGGAACAACATCAACCGTCGATTCTTCTCTGACTCTCTCTCCTCACTCGATCCGTCTCCAGTTTTTTAGATCTGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

729 bp · TkA04G169740|TK1151|CDS

ATGGAAATGGCTGCAATTTCTTCAAGCCCCCGCACCGTCGAGGAGATCTTCAAGGATTACAGCGCTCGTCGCTCCGGCATCGTCCGAGCTCTCACTTACGACGTCGATGAATTCTATGCGACCTGTGATCCAGAAAAAGAGAATCTGTGTCTATACGGACATCCAAATGAAACATGGGAAGTAACACTTCCAGCAGAAGAAGTCCCTCCAGAACTCCCGGAACCAGCTCTCGGAATCAACTTTGCAAGAGACGGAATGCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

242 aa · TkA04G169740|TK1151|PROTEIN

MEMAAISSSPRTVEEIFKDYSARRSGIVRALTYDVDEFYATCDPEKENLCLYGHPNETWEVTLPAEEVPPELPEPALGINFARDGMQRRDWLSLVAVHTDSWLLAVAFYFGARLNRNERKRLFSLINDLPTVFEVVTERKHVKDKPNVDNGNKSRSSTKRSSDGQAKITPRAYDESYAEDEDEHGETLCGSCGGNYSGDEFWIGCDICERWYHGKCVKITPAKAESIKQYKCPSCSTKKGRP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G169740
TK1151 IDTkA04G169740
OH-1004 IDLXL04_035092
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G169740
位置Chr04:43836315-43838371 (+)
描述Similar to AL1: PHD finger protein ALFIN-LIKE 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g05610 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
At3g11200 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: B8B8I3 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
Os07g0233300 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
UniProt: B8AMA8 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035092 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006325 chromatin organization 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0003712 transcription coregulator activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0042393 histone binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G05610
dosa:Os05g0163100
dosa:Os07g0233300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.860
排名 1 · TkA04G169740 · TK1151
细胞质0.212
排名 2 · TkA04G169740 · TK1151
细胞膜0.034
排名 3 · TkA04G169740 · TK1151
线粒体0.026
排名 4 · TkA04G169740 · TK1151
内质网0.020
排名 5 · TkA04G169740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12165Alfin12-137 aa
PF30811PHD_UBR7-like178-192 aa
PF08271Zn_Ribbon_TF181-193 aa
PF03107C1_2181-217 aa
PF00130C1_1186-223 aa
PF14446Prok-RING_1187-218 aa
PF22908PHD_NSD188-233 aa
PF13639zf-RING_2188-235 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G169740PF12165Alfin121372.4e-70235.0
TkA04G169740PF30811PHD_UBR7-like1781921.1e-0526.0
TkA04G169740PF08271Zn_Ribbon_TF1811933.77.9
TkA04G169740PF03107C1_21812177.17.8
TkA04G169740PF00130C1_11862231.29.8
TkA04G169740PF14446Prok-RING_11872182.19.3
TkA04G169740PF22908PHD_NSD1882330.05714.4
TkA04G169740PF13639zf-RING_21882350.9510.5
TkA04G169740PF00628PHD1892352e-0938.0
TkA04G169740PF31197PHD_JHD11892313.4e-0524.4
TkA04G169740PF27108PHD_Pygo1892350.002918.4
TkA04G169740PF16866PHD_42002350.3311.7
TkA04G169740PF30811PHD_UBR7-like2012381.1e-0526.0
TkA04G169740PF21257PHD_ash2p_like2042211.39.8
TkA04G169740PF00130C1_12272361.29.8
TkA04G169740PF03107C1_22282367.17.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FFF5拟南芥sp|Q9FFF5|ALFL1_ARATH PHD finger protein ALFIN-LIKE 179.200%Swiss-Prot高置信
Q9SRM4拟南芥sp|Q9SRM4|ALFL2_ARATH PHD finger protein ALFIN-LIKE 278.000%Swiss-Prot高置信
B8B8I3水稻sp|B8B8I3|ALFL2_ORYSI PHD finger protein ALFIN-LIKE 274.000%Swiss-Prot高置信
Q8H383水稻sp|Q8H383|ALFL2_ORYSJ PHD finger protein ALFIN-LIKE 274.000%Swiss-Prot高置信
B8AMA8水稻sp|B8AMA8|ALFL3_ORYSI PHD finger protein ALFIN-LIKE 370.000%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看