RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G167720
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 43344266-43348354 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1689 bp · TkA04G167720|TK1151|cDNA

ATGATGACAGGGCTGATCACCTGCTACAATGCCCTGGTTACTGGCGAACTAGCTCCTCCCGTCATGATGAGTGAGCTCGATCAGATTCATCCTGATGATGTAGAAGAAATGGACATCTCTTGGCATATCGGAATGGCTGTGTTTCGTGCCAAGAAATTCACACAGCGTACTGGGAAAAATGCTTGGGGAATAGGTGGTGATCGCAGGATGGGGTTGAACAAAAGCAAGCTTAGGTGTTTTAACTGTCACGAAGAAGGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1689 bp · TkA04G167720|TK1151|CDS

ATGATGACAGGGCTGATCACCTGCTACAATGCCCTGGTTACTGGCGAACTAGCTCCTCCCGTCATGATGAGTGAGCTCGATCAGATTCATCCTGATGATGTAGAAGAAATGGACATCTCTTGGCATATCGGAATGGCTGTGTTTCGTGCCAAGAAATTCACACAGCGTACTGGGAAAAATGCTTGGGGAATAGGTGGTGATCGCAGGATGGGGTTGAACAAAAGCAAGCTTAGGTGTTTTAACTGTCACGAAGAAGGTCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

562 aa · TkA04G167720|TK1151|PROTEIN

MMTGLITCYNALVTGELAPPVMMSELDQIHPDDVEEMDISWHIGMAVFRAKKFTQRTGKNAWGIGGDRRMGLNKSKLRCFNCHEEGHFARECTKPKVENHHYNPNQAQNSVRTMVPAGNNNRDAPANNDRALVAQQFNWEDQLQALNLEDHHSANLAQIKEAEETEDQVMELQHAFMVSATPEKEKVSETSCSPSCSAKLKLCKEQIDSLIREIEDLKYDGYELRKAQKPLKENLEAKTKDFKQVYEELYHKTNAYKMAN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G167720
TK1151 IDTkA04G167720
OH-1004 IDLXL04_007375
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)79.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.754 / OH-1004 26.616
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G167720
位置Chr04:43344266-43348354 (+)
描述Similar to RE1: Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007375 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006310 DNA recombination 生物过程
GO:0006508 proteolysis 生物过程
GO:0015074 DNA integration 生物过程
GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程
GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分
GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能
GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能
GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用暂无功能描述
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.574
排名 1 · TkA04G167720 · TK1151
细胞核0.420
排名 2 · TkA04G167720 · TK1151
线粒体0.064
排名 3 · TkA04G167720 · TK1151
细胞膜0.046
排名 4 · TkA04G167720 · TK1151
内质网0.033
排名 5 · TkA04G167720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00098zf-CCHC7-10 aa
PF30379SLU7_N75-92 aa
PF27939DUF836376-97 aa
PF00098zf-CCHC78-94 aa
PF13696zf-CCHC_279-92 aa
PF14392zf-CCHC_479-93 aa
PF27605ODF2_C152-300 aa
PF28733PII1_coiled_coil195-310 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G167720PF00098zf-CCHC7107.5e-1142.3
TkA04G167720PF30379SLU7_N75920.004917.0
TkA04G167720PF27939DUF836376972.28.9
TkA04G167720PF00098zf-CCHC78947.5e-1142.3
TkA04G167720PF13696zf-CCHC_279920.1412.7
TkA04G167720PF14392zf-CCHC_479932.38.6
TkA04G167720PF27605ODF2_C1523000.3210.8
TkA04G167720PF28733PII1_coiled_coil1953100.04912.7
TkA04G167720PF30379SLU7_N4374480.004917.0
TkA04G167720PF30379SLU7_N4724900.004917.0
TkA04G167720PF27939DUF83634744932.28.9
TkA04G167720PF14392zf-CCHC_44754922.38.6
TkA04G167720PF00098zf-CCHC4764927.5e-1142.3
TkA04G167720PF13696zf-CCHC_24774920.1412.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看