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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G163040
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 42094963-42097825 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1190 bp · TkA04G163040|TK1151|cDNA

ATAACCCTTGCTGAGCCTGTCCCATTAGTCTGTATTCCCCAAAATACCCTCAAGAAAATACCAAAATAACAAGGTTTACGTTTCTTTCACCCCCAAATCCCACTTGAATCATCGGGCGCAGATAAAACCCTATTTTCACTCGCTCAGTTCCGAACACACAACGCAAAATCGTGTGTATTCAGTCGCGCACAATCACAGTTCCGTGTGATCTGTAAAGAGAGTTAACAAGTTATGGATCACACGGCGGAGCAAGATCAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

675 bp · TkA04G163040|TK1151|CDS

ATGGATCACACGGCGGAGCAAGATCAAGAACACGAAGTCTACGGTGGAGAGATACCAGATGAAGGAGAGATGGACACAGATTTCGAGATGTCGAGGGACGAGGCGGAAGACGTTGAAAATAATAGTTCCAAGGATTTGGAGGATATGAAGAAGAGGCTGAAGGAGATTGAAGAAGAGGCAGGGGCGCTTCGTGAAATGCAGGCAAAAGTTGAGAAAGAGATGGGCTCAGTTCAAGATCCATCGAGTGCATCTGCTACACT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

224 aa · TkA04G163040|TK1151|PROTEIN

MDHTAEQDQEHEVYGGEIPDEGEMDTDFEMSRDEAEDVENNSSKDLEDMKKRLKEIEEEAGALREMQAKVEKEMGSVQDPSSASATLAEKEEADARSIYVGNVDYACTPEEVQQHFQSCGTVNRVTILTDKFGQPKGFAYVEFVELESVQNSLLLNESELHGRQLKVAAKRTNVPGMKQFRGRRPSPYAGFRSRRPYMPGPPVFPPYGYGRIPRARRPMWYRPY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G163040
TK1151 IDTkA04G163040
OH-1004 IDLXL04_035153
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G163040
位置Chr04:42094963-42097825 (+)
描述Similar to PABN2: Polyadenylate-binding protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g51120 通过向上游裂解产物添加 200-250 个核苷酸的 poly(A) 尾，参与 mRNA 前体（pre-mRNA）3'-末端的形成。 暂无已核实直接文献
At5g65260 通过向上游裂解产物添加 200-250 个核苷酸的 poly(A) 尾，参与 mRNA 前体（pre-mRNA）3'-末端的形成。 暂无已核实直接文献
At5g10350 通过向上游裂解产物添加 200-250 个核苷酸的 poly(A) 尾，参与 mRNA 前体（pre-mRNA）3'-末端的形成。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035153 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程
GO:0033621 nuclear mRNA surveillance of meiosis-specific transcripts 生物过程
GO:0180010 co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0000785 chromatin 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G10350
ath:AT5G51120
ath:AT5G65260
dme:Dmel_CG2163
spo:2539733
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.830
排名 1 · TkA04G163040 · TK1151
细胞质0.313
排名 2 · TkA04G163040 · TK1151
线粒体0.029
排名 3 · TkA04G163040 · TK1151
细胞膜0.026
排名 4 · TkA04G163040 · TK1151
内质网0.019
排名 5 · TkA04G163040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30191LAG2_N4-93 aa
PF09789CC1496-91 aa
PF07295DUF145124-98 aa
PF09787Golgin_A526-82 aa
PF30116HTL141-59 aa
PF01517HDV_ag43-131 aa
PF00076RRM_198-166 aa
PF30116HTL1154-179 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G163040PF30191LAG2_N4932.97.6
TkA04G163040PF09789CC1496910.02714.5
TkA04G163040PF07295DUF145124980.03714.9
TkA04G163040PF09787Golgin_A526820.3611.0
TkA04G163040PF30116HTL141590.1312.6
TkA04G163040PF01517HDV_ag431310.004117.9
TkA04G163040PF00076RRM_1981661.3e-1557.7
TkA04G163040PF30116HTL11541790.1312.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q93VI4拟南芥sp|Q93VI4|PABN1_ARATH Polyadenylate-binding protein 174.000%Swiss-Prot高置信
Q9FJN9拟南芥sp|Q9FJN9|PABN2_ARATH Polyadenylate-binding protein 269.100%Swiss-Prot高置信
Q9LX90拟南芥sp|Q9LX90|PABN3_ARATH Polyadenylate-binding protein 366.100%Swiss-Prot高置信

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