RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G139490
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 36140840-36142936 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1153 bp · TkA04G139490|TK1151|cDNA

TGGCAGTAAGGTTAAAAACAGAGATACCTCTTAAATTTCCATGTTTGTTACAAACTTCCTCTCCCATCTGTCGGTTTGTTAATATCATCCTCCCACCCTCATTGCCTTCCATTGATTGACGCATCAAGGTGCTATAATTCTCTTCTGCTCTTGCATTTTCCGGCGAAGATCCAGTTTACCAGCCGTCAGAGGGGACTTCCTTCACCGTTGGATCAGCCGGCCACGTTTTATATCACTGCAAATTCTTTATCATGAATCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

612 bp · TkA04G139490|TK1151|CDS

ATGAATCACGAATATGATTACTTGTTCAAGCTTTTGCTGATTGGAGATTCAGGAGTTGGAAAATCATGTCTATTGCTTAGATTTGCTGATGATTCATACCTCGACAGCTACATAAGCACAATTGGTGTGGACTTTAAAATCCGCACTGTGGAACAGGATGGAAAAACCATTAAGCTTCAAATTTGGGACACTGCTGGACAAGAACGATTCAGGACAATTACCAGTAGCTACTACCGTGGGGCACATGGCATTATAATAGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

203 aa · TkA04G139490|TK1151|PROTEIN

MNHEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDSYLDSYISTIGVDFKIRTVEQDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIIVYDVTDLESFNNVKQWLSEIDRYASENVNKLLVGNKCDLAESRAVSYDTAKEFADTIGIPFMETSAKDATNVEQAFMAMSADIKNRMASQPGSNNMRPPSVQLKGQPVGQKGGCCSG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G139490
TK1151 IDTkA04G139490
OH-1004 IDLXL04_035350
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.030 / OH-1004 86.522
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G139490
位置Chr04:36140840-36142936 (+)
描述Similar to RABD2A: Ras-related protein RABD2a
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g02130 蛋白质运输。
A rab1 GTPase is required for transport between the endoplasmic reticulum and golgi apparatus and for normal golgi movement in plants.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.11.2201
Redistribution of membrane proteins between the Golgi apparatus and endoplasmic reticulum in plants is reversible and not dependent on cytoskeletal networks.2002 · DOI: 10.1046/j.0960-7412.2002.01252.x
At4g17530 蛋白质运输。 暂无已核实直接文献
At5g47200 蛋白质运输。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0558600 具有GTP酶活性。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035350 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009860 pollen tube growth 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02130
ath:AT4G17530
ath:AT5G47200
dosa:Os01g0558600
zma:542396
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.506
排名 1 · TkA04G139490 · TK1151
细胞质0.495
排名 2 · TkA04G139490 · TK1151
溶酶体／液泡0.162
排名 3 · TkA04G139490 · TK1151
内质网0.149
排名 4 · TkA04G139490 · TK1151
细胞膜0.145
排名 5 · TkA04G139490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025Arf9-130 aa
PF00735Septin9-66 aa
PF00071Ras10-170 aa
PF08477Roc10-124 aa
PF04670Gtr1_RagA10-127 aa
PF02421FeoB_N10-161 aa
PF01926MMR_HSR111-121 aa
PF00009GTP_EFTU11-25 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G139490PF00025Arf91303.8e-1659.8
TkA04G139490PF00735Septin9660.1212.3
TkA04G139490PF00071Ras101705.7e-68228.3
TkA04G139490PF08477Roc101248.3e-37126.8
TkA04G139490PF04670Gtr1_RagA101270.0002221.4
TkA04G139490PF02421FeoB_N101610.0009219.5
TkA04G139490PF01926MMR_HSR1111212.4e-0628.4
TkA04G139490PF00009GTP_EFTU11255.6e-0626.8
TkA04G139490PF09439SRPRB111300.000520.2
TkA04G139490PF00004AAA11930.01416.5
TkA04G139490PF13555AAA_2911250.08713.3
TkA04G139490PF13191AAA_1611300.1313.5
TkA04G139490PF13401AAA_2211310.1712.9
TkA04G139490PF07728AAA_511290.311.8
TkA04G139490PF03193RsgA_GTPase12301.2e-0629.2
TkA04G139490PF07931CPT121290.05714.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P28188拟南芥sp|P28188|RAD2A_ARATH Ras-related protein RABD2a88.100%Swiss-Prot高置信
Q9SEH3拟南芥sp|Q9SEH3|RAD2C_ARATH Ras-related protein RABD2c84.200%Swiss-Prot高置信
Q9FPJ4拟南芥sp|Q9FPJ4|RAD2B_ARATH Ras-related protein RABD2b83.700%Swiss-Prot高置信
P40392水稻sp|P40392|RIC1_ORYSJ Ras-related protein RIC184.200%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看