TkA04G109420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G109420

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 28428000-28431785 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3574 bp · TkA04G109420|TK1151|cDNA

TAATTATTAGCGTATGTAACCCAAAGAGTTAACCCACCACACAACTTCACCCAGTTAAAAATTCGTGCCCTTTCTACAACAACAACAAACCCCGTCAGTCGAAACACCCAAGTTATGGCCACCACCACCGGCGTTATCGCCACCGTCGATTCTGACCGACCTCCGCCTCTCCCACTAGACTCCATCCCCATCATCGATCTTAGCCTTCTCTCCCAGTCAGAACTATTTTCCCTCTCCATGTGCTCCAATTCCTCATTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1875 bp · TkA04G109420|TK1151|CDS

ATGGCCACCACCACCGGCGTTATCGCCACCGTCGATTCTGACCGACCTCCGCCTCTCCCACTAGACTCCATCCCCATCATCGATCTTAGCCTTCTCTCCCAGTCAGAACTATTTTCCCTCTCCATGTGCTCCAATTCCTCATTCGATCTCAATCGCTGTGACGACGTTGTTATCCCCAAAATCGATCGCTCGGTTTTCAATGAATCCGCCGGTAGTCGTAAACAAACTTACTCACGCCTTCGCCTTGCCCCCGCCGAGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

624 aa · TkA04G109420|TK1151|PROTEIN

MATTTGVIATVDSDRPPPLPLDSIPIIDLSLLSQSELFSLSMCSNSSFDLNRCDDVVIPKIDRSVFNESAGSRKQTYSRLRLAPAESPTSTKTTIHRRTPRLRSSHTPAPNNITGAEQAENSKIICMLKELFKSDHNFQDLVPVDVETDSNVVVPELLTLETTRKRGRPRKHENDVFIHPPAAKRVCNNTIKKVVAYDADRDTELVNSSGVEVDLKNLGRLEDPFGVEIRRKTEGMSTKDELLGFLGGLDGEWGTSRKKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G109420`
TK1151 ID	TkA04G109420
OH-1004 ID	LXL04_035779
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	93.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.679 / OH-1004 58.077 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G109420

位置 Chr04:28428000-28431785 (-)

描述 Similar to MBD8: Methyl-CpG-binding domain-containing protein 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g22310`	可能的转录调控蛋白（通过相似性）。	AtMBD8 is involved in control of flowering time in the C24 ecotype of Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1399-3054.2009.01218.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035779 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0008327 methyl-CpG binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22310

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.973

排名 1 · TkA04G109420 · TK1151

细胞质0.077

排名 2 · TkA04G109420 · TK1151

细胞膜0.023

排名 3 · TkA04G109420 · TK1151

内质网0.014

排名 4 · TkA04G109420 · TK1151

质体0.010

排名 5 · TkA04G109420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29169Teflon_N41-61 aa

PF02178AT_hook163-174 aa

PF01429MBD271-315 aa

PF02178AT_hook283-288 aa

PF13894zf-C2H2_4301-311 aa

PF09779Ima1_N389-398 aa

PF29169Teflon_N392-418 aa

PF13894zf-C2H2_4393-415 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G109420	`PF29169`	Teflon_N	41	61	5.3	8.0
TkA04G109420	`PF02178`	AT_hook	163	174	0.011	16.2
TkA04G109420	`PF01429`	MBD	271	315	1.2e-05	25.5
TkA04G109420	`PF02178`	AT_hook	283	288	0.011	16.2
TkA04G109420	`PF13894`	zf-C2H2_4	301	311	0.00041	21.5
TkA04G109420	`PF09779`	Ima1_N	389	398	0.24	13.0
TkA04G109420	`PF29169`	Teflon_N	392	418	5.3	8.0
TkA04G109420	`PF13894`	zf-C2H2_4	393	415	0.00041	21.5
TkA04G109420	`PF00096`	zf-C2H2	393	416	0.00075	20.5
TkA04G109420	`PF09779`	Ima1_N	437	547	0.24	13.0
TkA04G109420	`PF13894`	zf-C2H2_4	438	460	0.00041	21.5
TkA04G109420	`PF00096`	zf-C2H2	438	460	0.00075	20.5
TkA04G109420	`PF29169`	Teflon_N	438	458	5.3	8.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LME6`	拟南芥	sp\|Q9LME6\|MBD8_ARATH Methyl-CpG-binding domain-containing protein 8	33.300%	Swiss-Prot	中等置信

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