TkA04G087240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G087240

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 22848756-22852620 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2601 bp · TkA04G087240|TK1151|cDNA

GGCAAATTGAGAGAAAGTACATAGCGAAGAAGTTTCGAGTTGGATTTTTGATACGGCGAAGGGAAGTCGTCCGAGGTCTATGTATTCAATCAAACGGAAGTCGCCCAGATATTTTCTCCTTTTCTGATTATAGTATCTGGGTTGTATGGTTTTAGGATCATCTTCTTGTTCAAGAACCCCAATCGTATCGGGTTTCTCTAAATCGGAATTTTCTTCATGGGCTCACTTAGATTCTAATTACATTTTGCTGTCGGTTTAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1716 bp · TkA04G087240|TK1151|CDS

ATGGAAGAAAATGCAGCTGCTTTGCATACTGCTAAGAATTCGGTACAGGCATTGGGGAAGGGGTTTGATGTAAATTTTGACACAAGGTTGCTATATTGTAAGGGAGTGGCAGGGTCTAAGGTTGTGGAGATTGATGAAGAACACAAAAGGGATCTTTATTTGTATGATAACTTGGTTGTGCCAAATGTGTCAAGGGATATAGAAAACTGTCAGGATCCAATTAGCCGTAATAGTTCTGGAGTTTGCAATTATCACGAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

571 aa · TkA04G087240|TK1151|PROTEIN

MEENAAALHTAKNSVQALGKGFDVNFDTRLLYCKGVAGSKVVEIDEEHKRDLYLYDNLVVPNVSRDIENCQDPISRNSSGVCNYHEMVEYFNKRANLSSNIPLGSFNVAFSFTGSKHIDSAATKTLCMDGYFIPLVKFELTKSSLTLQETVKRAVPTSWDPPALASFIENFGTHVITSVTIGGKDVIYVKQHLSSPLSTVEIKNYVQDIGNHRFCNVENLTDSGLLRFKEKGGDPSLFSSQGIYPQPTNAPSLGGNAKED...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G087240`
TK1151 ID	TkA04G087240
OH-1004 ID	LXL04_034380
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	61.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.650 / OH-1004 97.487 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G087240

位置 Chr04:22848756-22852620 (-)

描述 Similar to CAD1: MACPF domain-containing protein CAD1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g29690`	负向调控植物免疫中水杨酸（SA）介导的程序性细胞死亡途径。	暂无已核实直接文献
`At4g24290`	负向调控植物免疫中水杨酸（SA）介导的程序性细胞死亡途径。	暂无已核实直接文献
`At1g28380`	负向控制植物免疫中水杨酸介导的程序性细胞死亡途径。	Loss of Necrotic Spotted Lesions 1 associates with cell death and defense responses in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1007/s11103-006-9001-6
`At1g14780`	负向调控植物免疫中水杨酸（SA）介导的程序性细胞死亡途径。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034380 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006955 immune response 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010337 regulation of salicylic acid metabolic process 生物过程

GO:0012501 programmed cell death 生物过程

GO:0052542 defense response by callose deposition 生物过程

GO:0072708 response to sorbitol 生物过程

GO:2000031 regulation of salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14780

ath:AT1G28380

ath:AT1G29690

ath:AT4G24290

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.351

排名 1 · TkA04G087240 · TK1151

细胞核0.235

排名 2 · TkA04G087240 · TK1151

细胞膜0.224

排名 3 · TkA04G087240 · TK1151

细胞外0.140

排名 4 · TkA04G087240 · TK1151

内质网0.095

排名 5 · TkA04G087240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01823MACPF14-324 aa

PF09329zf-primase64-92 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G087240	`PF01823`	MACPF	14	324	1.1e-28	101.3
TkA04G087240	`PF09329`	zf-primase	64	92	0.21	12.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7N2`	拟南芥	sp\|Q9C7N2\|CAD1_ARATH MACPF domain-containing protein CAD1	59.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9STW5`	拟南芥	sp\|Q9STW5\|MACP2_ARATH MACPF domain-containing protein At4g24290	41.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SGN6`	拟南芥	sp\|Q9SGN6\|NSL1_ARATH MACPF domain-containing protein NSL1	40.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8L612`	拟南芥	sp\|Q8L612\|MACP1_ARATH MACPF domain-containing protein At1g14780	35.900%	Swiss-Prot	中等置信

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