TkA04G057750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G057750

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 15415017-15417899 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1617 bp · TkA04G057750|TK1151|cDNA

CCCATGTACCTTTTCATGGCTTTCCTTTATATAATGGAAAAAAGGTTAAAAACACCAAACAAGTCTCTAGATTACTCCTCCTTATCAACATCAACCTCCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATGTATATATAAGCTAACCATTTCTCTCTCTCTCTCACCTCCTGTTCTTCGTCACCACCATGACTGACCCTTACTCTTCAAATCTCTACTCGCAGTGGTTCAGATTCGATCGATTCTCCAATAATTCCACCACGAATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1155 bp · TkA04G057750|TK1151|CDS

ATGACTGACCCTTACTCTTCAAATCTCTACTCGCAGTGGTTCAGATTCGATCGATTCTCCAATAATTCCACCACGAATCTTCCTCACCATCTTCAGTATAACCCTCATCACCATCAACATCCTCAAAGCTACCACTACCACATGAACAGTACTCTCCAATCTTCTTCATATAATTCTATCACAAGAACCGCCAACAGTTTCTACTTCAATCCATCAACTTCTCTCACTAATCATCATCCAACTACCCCTCCTCCTTCCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

384 aa · TkA04G057750|TK1151|PROTEIN

MTDPYSSNLYSQWFRFDRFSNNSTTNLPHHLQYNPHHHQHPQSYHYHMNSTLQSSSYNSITRTANSFYFNPSTSLTNHHPTTPPPSPPLREALPLLSWSPSRKHEDYHPPSCSSTTHQDMDMEVGDDGEEEGDVTAVTVALHIGLPNASAADLASLISNSSNSSSTTCEIRVNNHCDNINDYKSNKEGDGDEDHLGYNPISKLNKGQYWIPTPSQILIGPTQFSCPVCFKTFNRYNNMQMHMWGHGSQYRKGPESLRGTQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G057750`
TK1151 ID	TkA04G057750
OH-1004 ID	LXL04_036292
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G057750

位置 Chr04:15415017-15417899 (+)

描述 Similar to WIP2: Zinc finger protein WIP2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57670`	维持子房输导管细胞正常分化和花粉管生长所需的转录调控因子。	暂无已核实直接文献
`At1g51220`	可能的转录调节因子。	暂无已核实直接文献
`At3g20880`	可能的转录调节因子。	暂无已核实直接文献
`At1g13290`	可能的转录调控因子（可能）。	暂无已核实直接文献
`At1g34790`	可能作为转录调控因子，参与年轻内皮分化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036292 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001709 cell fate determination 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009813 flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010500 transmitting tissue development 生物过程

GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048367 shoot system development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13290

ath:AT1G34790

ath:AT1G51220

ath:AT3G20880

ath:AT3G57670

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.977

排名 1 · TkA04G057750 · TK1151

细胞质0.084

排名 2 · TkA04G057750 · TK1151

细胞膜0.024

排名 3 · TkA04G057750 · TK1151

内质网0.017

排名 4 · TkA04G057750 · TK1151

质体0.012

排名 5 · TkA04G057750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12756zf-C2H2_227-42 aa

PF12344UvrB32-43 aa

PF00096zf-C2H269-79 aa

PF26408DUF8106101-115 aa

PF13465zf-H2C2_2219-234 aa

PF26408DUF8106221-231 aa

PF22995C2CH-3rd_BIRD-IDD222-232 aa

PF12756zf-C2H2_2222-243 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G057750	`PF12756`	zf-C2H2_2	27	42	0.38	11.7
TkA04G057750	`PF12344`	UvrB	32	43	1.7	9.2
TkA04G057750	`PF00096`	zf-C2H2	69	79	7.2e-06	26.9
TkA04G057750	`PF26408`	DUF8106	101	115	2.6	8.6
TkA04G057750	`PF13465`	zf-H2C2_2	219	234	0.0063	17.5
TkA04G057750	`PF26408`	DUF8106	221	231	2.6	8.6
TkA04G057750	`PF22995`	C2CH-3rd_BIRD-IDD	222	232	2.9e-12	46.7
TkA04G057750	`PF12756`	zf-C2H2_2	222	243	0.38	11.7
TkA04G057750	`PF23115`	zf-C2H2_STOP2_3rd	223	239	9.4e-19	67.9
TkA04G057750	`PF13894`	zf-C2H2_4	223	245	2.3e-07	31.7
TkA04G057750	`PF00096`	zf-C2H2	223	242	7.2e-06	26.9
TkA04G057750	`PF13912`	zf-C2H2_6	223	242	0.0053	17.4
TkA04G057750	`PF13465`	zf-H2C2_2	237	246	0.0063	17.5
TkA04G057750	`PF23115`	zf-C2H2_STOP2_3rd	269	303	9.4e-19	67.9
TkA04G057750	`PF22996`	C2H2-2nd_BIRD-IDD	273	302	0.02	15.6
TkA04G057750	`PF13894`	zf-C2H2_4	288	302	2.3e-07	31.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVY1`	拟南芥	sp\|Q9SVY1\|ZWIP2_ARATH Zinc finger protein WIP2	67.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q8W031`	拟南芥	sp\|Q8W031\|ZWIP5_ARATH Zinc finger protein WIP5	58.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q8W030`	拟南芥	sp\|Q8W030\|ZWIP4_ARATH Zinc finger protein WIP4	60.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FX68`	拟南芥	sp\|Q9FX68\|ZWIP6_ARATH Zinc finger protein WIP6	82.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q8VWG3`	拟南芥	sp\|Q8VWG3\|TT1_ARATH Protein TRANSPARENT TESTA 1	77.400%	Swiss-Prot	低置信

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