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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G049940
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 13382247-13383803 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1158 bp · TkA04G049940|TK1151|cDNA

ATGGGATTTTGCTCGCATGTACATATCAGCACTGCTCTTGTGGACATGTATGGTAAATGTGGTGTGATATCCGATGCTCAGAACCTATTCGACGAAACGCCTCACAGAAACGTGATCACTTGGAACTCGCTAATTTCAGGTTACCTTCATACCCAATTCGTTGATGTTTCCATCGATTTGTTTGTCGCAATGCTTAGATTGGGAATACATCCAACTCAATTTACCGTTTCCACCATTCTCGTTGGGTGTTCAGAGTTAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1158 bp · TkA04G049940|TK1151|CDS

ATGGGATTTTGCTCGCATGTACATATCAGCACTGCTCTTGTGGACATGTATGGTAAATGTGGTGTGATATCCGATGCTCAGAACCTATTCGACGAAACGCCTCACAGAAACGTGATCACTTGGAACTCGCTAATTTCAGGTTACCTTCATACCCAATTCGTTGATGTTTCCATCGATTTGTTTGTCGCAATGCTTAGATTGGGAATACATCCAACTCAATTTACCGTTTCCACCATTCTCGTTGGGTGTTCAGAGTTAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

385 aa · TkA04G049940|TK1151|PROTEIN

MGFCSHVHISTALVDMYGKCGVISDAQNLFDETPHRNVITWNSLISGYLHTQFVDVSIDLFVAMLRLGIHPTQFTVSTILVGCSELESLELGQQVHGLITKSGPDKNVVVWTSMITGYSQNQETEMAMDMITQMLVSDHKPDSITYNTLLSSFSGIKDMIHCQQIHCLIIKQGLHSDVYLANGLISMYSKCGQINKSIKIFTSMADHDTVSWNSLLSGYAQHGYCNKAIEVFEQMRESKVKPDLTTFLVLISACGHVGLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G049940
TK1151 IDTkA04G049940
OH-1004 IDLXL04_024214
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)30.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.961 / OH-1004 48.361
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G049940
位置Chr04:13382247-13383803 (-)
描述Similar to PCMP-E90: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02330, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g33680 含五肽重复序列的蛋白 At2g33680。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At3g09040 含五肽重复序列的蛋白 At3g09040，线粒体。 暂无已核实直接文献
At2g03380 含五肽重复序列的蛋白 At2g03380，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g49170 可能在胚胎发生中起作用。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024214 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0060090 molecular adaptor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G02330
ath:AT3G09040
ath:AT4G39530
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.623
排名 1 · TkA04G049940 · TK1151
质体0.174
排名 2 · TkA04G049940 · TK1151
细胞核0.052
排名 3 · TkA04G049940 · TK1151
细胞质0.037
排名 4 · TkA04G049940 · TK1151
过氧化物酶体0.007
排名 5 · TkA04G049940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_211-32 aa
PF01535PPR11-32 aa
PF12854PPR_111-32 aa
PF10602RPN712-46 aa
PF18768RNPP_C35-61 aa
PF13041PPR_236-84 aa
PF12854PPR_136-48 aa
PF13812PPR_337-81 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G049940PF13041PPR_211325.7e-47158.3
TkA04G049940PF01535PPR11329.7e-44145.3
TkA04G049940PF12854PPR_111327.5e-30103.1
TkA04G049940PF10602RPN712460.02914.8
TkA04G049940PF18768RNPP_C35610.001119.2
TkA04G049940PF13041PPR_236845.7e-47158.3
TkA04G049940PF12854PPR_136487.5e-30103.1
TkA04G049940PF13812PPR_337819.4e-2380.8
TkA04G049940PF01535PPR39699.7e-44145.3
TkA04G049940PF23276TPR_2440804e-0937.2
TkA04G049940PF29070MSC6_N431274.7e-1246.4
TkA04G049940PF10602RPN755700.02914.8
TkA04G049940PF12854PPR_168807.5e-30103.1
TkA04G049940PF01535PPR75989.7e-44145.3
TkA04G049940PF23276TPR_24782034e-0937.2
TkA04G049940PF17177PPR_long882001.8e-0938.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P93005拟南芥sp|P93005|PP181_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g3368030.800%Swiss-Prot中等置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic30.500%Swiss-Prot中等置信
Q9SS83拟南芥sp|Q9SS83|PP220_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g09040, mitochondrial35.600%Swiss-Prot中等置信
Q9ZQ74拟南芥sp|Q9ZQ74|PP146_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03380, mitochondrial29.200%Swiss-Prot低置信
Q5G1T1拟南芥sp|Q5G1T1|PP272_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49170, chloroplastic29.200%Swiss-Prot低置信

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